1、疏除不能過早。番茄側枝過小時，其所製造的營養大於消耗的營養，所以這時不應該將其疏除，尤其是當植株的葉片沒有完全覆蓋地面時。為充分利用側枝製造的營養，以側枝長5釐米左右時疏除為宜。而對於番茄每穗花下部的第一側枝則應適當早疏除，應在長3釐米左右時就疏除。如果番茄每穗花下部的第一側枝不及時疏除，由於其長勢很快就會超過主枝，從而使大量的營養浪費。
2、疏除不能過晚。如果番茄側枝摘除過晚，側枝長5釐米以上時，就會與主枝劇烈地爭奪養分，並且長勢也會逐漸超過主枝。側枝疏除過晚還會造成側枝的韌皮部老化，由於側枝與主枝的韌皮部連接緊密，在疏除側枝時容易將主枝的表皮弄破，給番茄生長造成影響。另外，在疏除番茄側枝時，不能留樁，以防從同一葉腋處再次萌發側枝。
3、疏除後要噴藥保護。如果疏除後不保護，病菌會從傷口侵染。所以疏除後及時噴施新高脂膜等，形成一層高分子膜，隔離病蟲害防病菌從傷口侵染。
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