簡憚噠筷樂
我是薩沙，我來回答。
美國人是注重實際，不注重形勢的民族。
二戰結束以後，美國做了三件事。
第一，廢除了天皇制度
美國幫助日本製定的新憲法明確規定政治責任要由內閣來承擔，從而在天皇與內閣之間劃清界限，釐清了天皇與政府的關係。從此，天皇只是一種象徵，不得參加任何政治。
第二，廢除了軍國主義制度。
徹底消滅了軍隊控制國家政治的行為。
戰後日本採用以立法權、司法權和行政權三權分立為基礎的議會內閣制，一人一票的全民選舉制度。
這樣一來，徹底消除了軍國主義的根基，也就是軍隊、財閥、政客勾結的小圈子獨裁製度
第三，嚴控軍事崛起
憲法規定，日軍永遠不能對外侵略：永遠放棄把利用國家權力發動戰爭、武力威脅或行使武力作為解決國際爭端的手段，為達此目的，日本不保持陸、海、空軍及其他戰爭力量，不承認國家的交戰權。
自衛隊被美國控制，原則上只能裝備防禦性武器，規模不大。
第四，解放思想
廢除日本教育的軍國主義和極端民族主義，用西方民主、文明、人權的教育思想給予取代。
同時加大教育的普及率，提高人民的文化水平，不再受軍國主義思想愚弄。
其實，從某種意義上來說第四點才是關鍵的。
以上四點實現了，美國目的就已經達到了，沒有必要趕盡殺絕，將日本國歌和國旗都廢除。
薩沙
我是軍事妹子，美國人做事比較講究實用主義，把日本都打下來了，日本人也服從統治了，有些面子基本都給日本留下了。
二戰結束後，象徵著法西斯的納粹國旗被西方國家徹底廢除，與此同時和法西斯相關的舉手禮和相應的話題也遭到了西方封禁，直到今天宣揚納粹在德國也是足以坐牢的敏感話題。那麼，同樣是法西斯國家的日本，為什麼在戰後的審判當中，美英等國家沒有廢棄掉象徵著罪惡的太陽旗呢？
圖為日本二戰軍旗
首先，和德意志第三帝國的新納粹政黨設計的國旗不同，舊日本帝國的軍旗和國旗是從明治維新時代繼承下來的，這就使得日本的國旗和軍旗被廢除之後，日本將不能像德國一樣使用德意志第二帝國的國旗。而且，各國雖然沒有立刻廢除掉日本國旗，也仍然在戰後的很長的一段時間內對保留日本“膏藥旗”進行了商議。
圖為日本海上自衛隊軍旗
一直到1999年，美國為首的西方國家才承認太陽旗為日本國旗。此外，國旗作為日本的精神圖騰，和天皇的地位一樣重要。日本可以忍受戰敗被“統治”的恥辱，但覺不會漠視各國對日本軍旗的銷燬，在太平洋戰爭中，日本軍旗也被美軍視為價值最高，最難獲得的戰利品，所以為了不必要的衝突，美國才將廢棄日本國旗的議案暫時擱置了下來。
圖為日本國旗
而在歐洲，由於德國民族的精神圖騰柏林已經被蘇聯徹底摧毀，且納粹政權後期對德國人民生命無視的行為，也使得戰敗後的德國對納粹政權處於牴觸狀態。所以不僅在紐倫堡軍事法庭上，在德國民間也有主動銷燬納粹旗幟的例子。所以，民心所向的美蘇才可以順利的推行廢除納粹黨旗的政策，而放棄了對日本國旗的銷燬。
軍事新觀察
一般我們說的日本國旗指的是日章旗（紅膏藥旗）；而軍旗指的是二戰時日本軍隊使用的旭日旗，它是帶有紅日和旭日光芒圖案的一種旗幟。
早在日本投降時，“旭日旗”作為日本法西斯的象徵曾被禁止使用，但自從上世紀50年代後，“旭日旗”又死灰復燃，被自衛隊沿用至今。 
二戰後，按照日本新憲法，解散了舊式軍隊，成立了新的自衛隊。由於國際形勢的變化，美國未對軍國主義勢力進行徹底的清除，因而被廢除的“旭日旗”又開始被沿用了。
陸自掩耳盜鈴，將原來的旭日紅道由16條改成8條，並在旗面的四周鑲上了黃邊。而海自徹底放棄治療了，直接照搬了二戰時的“旭日旗”，依然是16條紅道，太陽在左側。
日本政府很努力的給這兩面旗子洗白，但是這兩面旗子給亞洲人民帶來的傷害確實太深重了。直到1999年，日本國會才通過憲法將“日章旗”（紅膏藥旗）確認為日本國旗，並在2003年，發表了一個可恥的聲明“日章旗”和“旭日旗”都是日本的象徵，具有相同的地位。 日本右翼人士仍然頑固的洗白那段黑歷史，傷害領國感情。
2017年的亞冠小組賽G組比賽中，兩名日本球迷公然打出“旭日旗”。結果被沒收，並清除出場。
軍武小百科
這個問題令人費解。如果考慮德國國旗的變化，或許還可以研究一下。
第三帝國覆亡了，在東柏林和波恩分別建立的兩個國家都是被承認的主權國家，因此與第三帝國在法理上不是同一個法人主體。
日本沒有滅亡，只是投降。
