2005年，回民区有五大宗教，分别是伊斯兰教、天主教、基督教、藏传佛教和道教。宗教活动场所24处，教职人员132人，信教群众33 000人。其中，伊斯兰教清真寺 8个，分别是清真大寺、清真东寺、清真西寺、清真北寺、清真东北寺、清真小寺、清真西北寺、清真祥和寺，教职人员67人，信教群众20 000余人；天主教总堂1个，教职人员34人，信教群众3 000余人；基督教堂3个，分别为海西基督教堂、攸攸板镇基督教堂、什拉门更基督教堂，教职人员16人，信教群众3 000余人；藏传佛教召庙1个，为西乌素图召，教职人员8人；道教1个，为元山太清官，教职人员7人，信教群众1 000余人。
一、伊斯兰教
伊斯兰教是7世纪中叶穆罕默德于阿拉伯开创的一种宗教。伊斯兰，是阿拉伯语“顺从”之意，即顺从安拉旨意的人，阿拉伯语“穆斯林”，是对伊斯兰教徒的通称。伊斯兰教称其信仰为“伊玛尼”，其基本内容是信安拉、信天使、信经典、信使者、信前定、信后世，通称“六大信仰”。还有信仰表白、谨守拜功、坚持斋戒、完纳天课和朝觐圣地，简称念、礼、斋、课、朝“五大功课”。
清真大寺 位于呼和浩特市旧城北门外，通道南街路东。始建于清康熙三十二年(公元1693年)。中华人民共和国成立后，清真大寺为市级重点文物保护单位，“文化大革命”期间被封闭，“文化大革命”后作为呼和浩特地区最大的伊斯兰教活动中心而予以开放。呼和浩特清真大寺清光绪以前历任教长已不可考，自光绪初年以来历任教长为马谦谱阿訇、刘辑五阿訇、王振艺阿訇、刘辑五阿訇（重任）、王振艺阿訇（重任）、刘化春阿訇、王宽阿訇、苏振海阿訇、刘化春阿訇（重任）、李瑞林阿訇、韩统春阿訇、李希真阿訇、杨觐元阿訇、刘富瑞阿訇、张文斌阿訇、杨万禄阿訇、马时若阿訇、张殿亮阿訇、时福森阿訇、马宗仁阿訇、李瑞清阿訇、从吉明阿訇、哈吉•马建文阿訇、马天宝阿訇，现任教长马建军。
清真东寺 位于呼和浩特旧城新民街东寺巷内，始建于清嘉庆年间（公元1798～1820年），为一清真小学学堂，俗称“东学”，隶属于清真大寺管辖。1959年，实行宗教改革时与清真大寺合并，“文化大革命”期间全部封闭，后由新民街小学占用，沐浴室被拆除。1981年，该寺重新开放。该寺历任教长为李大阿訇、景宜亭阿訇、刘化春阿訇、刘化荣阿訇、李秉真阿訇、穆成广阿訇、张殿亮阿訇、刘富瑞阿訇、陈文斌阿訇、马振坤阿訇、佟振禄阿訇、马成阿訇、哈吉•刘永宽阿訇，现任代理教长底清华。
清真北寺 原址位于呼和浩特清真大寺北，通道街学道巷，现址在通道南街中段路西，呼和浩特回民中学校北。清真北寺前身为一清真小学堂，俗称“北学”，约建于清咸丰年间，隶属于清真大寺管辖。民国10年（公元1921年），重建北寺。建成后，命名为“甘绥清真礼拜堂”。1962年，由于城市建设规划将北寺大殿等拆除与清真西寺合并，称“西北寺”。1986年，经呼和浩特市人民政府批准，新拨地基重建清真北寺，1988年底竣工。1989年10月，开放使用。该寺历任教长为马金钟阿訇、杨二阿訇、哈吉·白福阿訇、哈吉·金德海阿訇、买道明阿訇、哈吉·马生玺阿訇、哈吉·王志忠阿訇、韩义阿訇、哈吉·杨四阿訇、吴之文阿訇、丁子清阿訇、哈吉·戴云清阿訇、哈吉·金德海阿訇（重任）、哈吉·马文云阿訇、马成祥阿訇、马忠雄阿訇、哈吉·马贤明阿訇，现任教长哈吉·马真福。
清真西寺 位于呼和浩特市—中后街，约建于清乾隆中期，“文化大革命”期间曾被关闭。1978年后，经过整修重新恢复宗教活动。该寺自清同治年以后历任教长为刘清源阿訇、王世恩阿訇、王世隆阿訇、景德禄阿訇、尹正阿訇、铁阿訇（名讳不详）、王祯阿訇、白贵庚阿訇、马成阿訇、时福森阿訇、白凤鸣阿訇、哈吉·金德海阿訇、哈吉·王魁真阿訇、哈吉·马长青阿訇、吴金贵阿訇、王文林阿訇，现任教长刘文俊。
清真东北寺 位于呼和浩特市清真大寺东北，前新城道路西，初建于清光绪十七年(公元1891年)，隶属于清真大寺的清真小学堂。先后于民国29年(公元1940年)、民国32年(公元1943年)扩建，1978年曾被拆除，1993年复建，1994年9月开放使用。该寺自建寺后历任教长为刘永祥阿訇、回绍先阿訇、李芳华阿訇、马成阿訇、马阿訇（名讳不祥）、马学仁阿訇、王文英阿訇，现任教长白利军。
清真小寺 位于呼和浩特市回民区通道街友谊巷60号。始建于1982年10月。该寺自建寺后历任教长为黄万钧阿訇、刘德孚阿訇、刘祯阿訇、王俊阿訇、马战元阿訇，现任教长黑福海。
清真西北寺 位于回民果园西路十六中对面。1990年建成并正式开始宗教活动。历任教长张海昇阿訇、马占武阿訇，现任教长赵勇刚。
清真祥和寺 位于县府街祥和小区东侧。2002年建成，历任教长周彦林阿訇，现任教长佟君俊。
二、藏传佛教
也称黄教，因教职人员称喇嘛，故俗称喇嘛教。
西乌素图召 位于呼和浩特市回民区攸攸版镇乌素图村西。始建于明朝万历三十四年(公元1606年)，后经多次扩建形成现在的规模。1998年，区划调整后划归回民区，召内有教职人员9人，为内蒙古自治区级重点文物保护单位。内蒙古佛教学校建在寺中。
三、天主教
天主教的基本信仰是相信宇宙间有一位造天地、造神人、造万物的真主，称之为天主，第二位圣子即耶稣基督，是他创造天主教会。
天主教呼和浩特教区总堂 清同治十二年（公元1873年），中蒙古教区（今西湾子教区）主教巴耆贤和张玛弟亚神父（中国人）传教来归绥市，在段文达先生协助下，以1 980两白银购得牛东沿9号店院一处，共22亩。南界义仓（后为绥远省模范监狱，今为市公安局家属楼），北界乔姓宅院，东界水磨街水渠，西界小河，购买后，当教堂缴纳契约税时，绥远将军拒不收纳，并将原房主兄弟4人扣押，勒令抽契退款，虽经多次交涉而不得解决。后来兄弟4人1死狱中，1人潜逃，2人具保获释。至清同治十三年（公元1874年），张玛弟亚神父又乘将军出缺，与其僚属协商，始得解决。随后便在此处新建教堂1处，但规模很小，起名“双爱堂”。清光绪二十六年（公元1900年），义和团运动时，牛东沿街9号天主堂院内，供传教人员来市内办事使用的1座小堂被焚毁，何济世、马赖德两位神父亦被杀害，事后清政府做过赔款，并树碑以示歉意。
民国11年（公元1922年），罗马教廷把原西南蒙古教区划分为包头以西为宁夏教区，包头以东为绥远教区。
同年，在“双爱堂”兴建主教座堂（即大教堂）。该座堂东西向，为哥德与罗马二式混合建筑，高而短。大堂北侧分建钟楼1座，高30米，楼梯为木板螺旋形式，上有大小铝合金钟各一个，由欧洲进口，钟声敲响，可闻六、七里。钟楼后，大堂北门内为1空室。大堂建筑工程由文神父指挥监造，耗资50 000银元，使用特制青砖20万块，当时为归化城宏伟建筑之一。同年秋，绥远教区主教葛崇德又根据上海主教会议，主教座堂应迁至附近城市，以利传教工作的决议，于同年秋将主教府由24顷地迁来归绥。
民国23年（公元1934年），在主教楼西侧又建一楼，为副主教室、会计室、会长室（圣母圣心会）及神父客室、库房等。另在大堂东建孤儿院，有房10余间。原天主教堂大门设在堂院西南角。
1950年12月19日，归绥市天主教人士600余人，召开革新座谈会，积极响应王良佐等人士的主张，强烈谴责帝国主义利用宗教侵略中国的罪行，一致表示与帝国主义割断一切关系，积极主张中国教会由中国人自己办，建立自治、自传、自养的新教会。1951年10月，天主教总堂王学明升为总教主，并举行祝圣大典。1951年12月28日，归绥市人民政府明令取缔反动组织圣母军，并正式成立归绥市天主教“三自”（自治、自传、自养）革新筹备委员会。1956年1月底，召开呼和浩特市天主教代表大会，成立呼和浩特市天主教爱国会。1966年，“文化大革命”期间，天主教的宗教活动中止。1980年5月，呼和浩特市天主教总堂恢复宗教活动，同时天主教爱国会也恢复工作。天主教主教堂迁到归绥后，先后办起圣家学校、崇德小学、恒清中学等，以上学校均在回民区管区内。
圣家学校 建校于20世纪30年代初期。抗日战争初期校址迁于旧城北门外牛东沿6号，并附设幼儿园。民国35年（1946年）秋，与天主教堂内的崇德小学合并。
崇德小学 创建于20世纪30年代初期，以第一任主教葛崇德而取名。中华人民共和国成立后，校名改为新华完全小学校。1952年春，市教育局接管后改名为十九完全小学校。
恒清中学 民国25年（公元1936年），绥远教区与集宁教区合并成立的1所私立中学，校名取集宁教区主教恒安的“恒”字，与绥远教区主教穆清海的“清”字合为“恒清”。校址于旧城北门外和合桥北（即今回民中学校址）。
神哲学院 民国24年（公元1935年），兴建，翌年竣工，共耗资5万银洋，初为归绥市哲学院。民国35年（公元1946年）8月，大同神学院与归绥哲学院合并，改名为归绥市神哲学院（地址在通道南街原回民区公安分局和呼和浩特市电视设备厂内）。该院于“文化大革命”中停办。1985年，迁至天主教总堂院内。
四、基督教
清光绪十三年（公元1887年），英国传教士华国祥来绥远后，租赁归绥市水渠巷永宁号院内的房屋，开设基督教堂，并经常借演出机会宣传教义，后又在东顺城街租房设立医院，施以恩惠，劝人入教。光绪十九年（公元1893年），从欧洲各国先后来到归绥的男女传教士增多，因而传教范围逐渐扩大，推及到四邻旗县乡镇。这一时期，除将县府街东口的旧教堂附近民宅全部收买归堂外，还在通顺街另建1处规模较大的新教堂。此后，又在东顺城街和新城、旧城等建立几处分堂。
海西基督教堂 始建于民国34年（公元1945年），原址位于旧城大西街光彩市场。2000年10月，迁建到海拉尔西路。2001年3月，正式开始宗教活动。
攸攸板基督教堂 位于回民区攸攸板镇攸攸板村。建于1992年5月。有基督教活动点10个。
什拉门更基督教堂 位于回民区攸攸板镇什拉门更村。建于1997年。
五、道教
元山子三清观 位于回民区攸攸板镇元山子村。建于1997年，占地10余亩。
1999年8月，呼和浩特市区调整区划，赛罕区(原郊区)划给回民区宗教活动场所13处。其中基督教正式活动场所2处，分别为攸攸板基督教堂、刀刀板基督教堂；家庭聚会点10处，分别为坝口子、东乌素图、—间房、东棚子、厂汉板、塔布板、什拉门更、孔家营、青山、淌不浪；藏传佛教（喇嘛教)正式活动场所1处，为西乌素图召。
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