據相關研究資料，很多小孢子蟲被認為是對蝦的病原體，其中之一就是腸道上皮細胞微孢子蟲（Enterocytozoonhepatopenaei，EHP）。腸道上皮細胞微孢子蟲是一種很小的孢子蟲，體長不到1µm。有研究表明，其主要感染對蝦的腸道表皮，進而感染肝胰腺，引起對蝦腸道吸收功能下降，嚴重的出現腸炎和肝胰腺萎縮。
腸道上皮細胞微孢子蟲最早於2008年由泰國科學家在養殖的斑節對蝦發現並報道。該報道稱：腸道上皮細胞微孢子蟲在肝胰腺細胞質中由早期原生質階段發育成成熟的孢子，胞質中的多核原生質體階段在原生質體表面存在大量的小泡，在早期原生質發育階段以質核二分裂方式形成大量的孢子前體，待胞質形成電子密度盤和極管前體後，早期孢子於原生質表面以出芽方式釋放。成熟孢子橢圓形，大小為0.7×1.1µm，具單核、5～6圈極絲、有一錨盤連著極絲、後端有一個空泡，孢子殼電子密度高，殼由質膜、透明芽孢和透明外壁組成。
腸道上皮細胞微孢子電鏡下圖
（摘自SomjintanaTourtip）
2010年越南報道稱，感染腸道上皮細胞微孢子蟲的斑節對蝦呈現“白便”症狀。
2013年在中國也發現這個疾病。同年，泰國報道腸道上皮細胞微孢子蟲不是南美白對蝦“白便”的原因。
2014年泰國科學家研究發現腸道上皮細胞微孢子蟲是近年來引起南美白對蝦生長緩慢的主要原因之一。
南美白對蝦感染腸道上皮細胞微孢子蟲之後，最明顯的特徵就是生長速度會變得緩慢，導致對蝦個體差異大、參差不齊。但感染了腸道上皮細胞微孢子蟲的蝦，並不會立即死亡，相反觀察蝦體，其腸道也是非常飽滿，食慾正常，一樣能正常吃料，腸、胃充滿著食物，肝胰腺略微萎縮，發軟，但顏色很深。所以從表面上看起來，蝦並沒有明顯疾病症狀，但就是不長個，偶爾伴隨有白便。因為患病對蝦也一直吃飼料，所以養殖戶會把所有的時間和飼料都用於養殖這種患病而根本長不大的對蝦身上，而到頭來往往得不到有效的收穫，造成巨大的經濟損失。
對蝦腸道上皮細胞微孢子蟲可以垂直傳播也可以水平傳播，如從種苗攜帶病原垂直傳播，或者被腸道上皮細胞微孢子蟲汙染了養殖池進行水平傳播。
腸道上皮細胞微孢子蟲病與對蝦微孢子蟲病的區別：
對蝦微孢子蟲病，又稱“棉花蝦”，主要感染對蝦的性腺和橫紋肌，引起肌肉白濁、不透明，失去彈性，故有人稱之為乳白蝦或棉花蝦。微孢子蟲病是一種慢性疾病，通常病蝦逐漸衰弱，最後死亡。普通微孢子蟲主要是經口傳播。腸道上皮細胞微孢子蟲與普通微孢子蟲感染的部位、產生的症狀不同。
感染微孢子蟲的對蝦（“棉花蝦”）
對蝦微孢子蟲光學顯微鏡高倍鏡下圖片
微孢子蟲的檢測方法：電鏡檢查病原體是目前最可靠的診斷方法，利用染色的活組織印片、塗片或切片光鏡檢查，也具有診斷價值，且易於推廣。糞便直接塗片用改良三色液染色，孢子壁呈鮮櫻紅色。
腸道上皮細胞微孢子蟲病與傳染性皮下及造血器官壞死病毒病的區別：
傳染性皮下及造血器官壞死病毒是南美白對蝦的主要病毒病之一，可使南美白對蝦患上慢性“矮小殘缺綜合症”，影響對蝦的生長。感染傳染性皮下及造血器官壞死病毒的蝦在整個養殖期無法長大，患病蝦表現為額劍和觸角彎曲、變形，甲殼粗糙無光澤或殘缺等病變，在組織學上通常表現為胃表皮、後腸、鰓、條紋肌、神經節、連接組織、血細胞、造血器官的炎症性病變，嚴重的表現為壞死。感染傳染性皮下及造血器官壞死病毒的蝦終生帶毒，可以通過相互感染傳染給其他群體，也可通過受精卵將病毒傳染給下一代，即存在垂直和水平傳播兩種情況。此外，該病毒能夠通過同類殘食的方式在個體間進行傳播。感染傳染性皮下及造血器官壞死病毒的蝦，在養殖水體環境惡化時，可能會伴隨著大量死亡。
腸道上皮細胞微孢子蟲病的診斷
南美白對蝦養殖過程中，引起生長緩慢的原因很多，目前，還未發現感染腸道上皮細胞微孢子蟲南美白對蝦區別於其他疾病的特徵性症狀，因此，需要對其進行電鏡觀察或實驗室PCR檢測進行確診。
對蝦腸道上皮細胞微孢子蟲病的防控：
目前，還沒有發現針對對蝦腸道上皮細胞微孢子蟲治療有效的措施，因此，做好預防工作非常重要。
1、選購大品牌優質蝦苗，經過嚴格檢測，防止苗種攜帶；
2、在發現該病的養殖區域，儘量少換水，如需換水，要經過消毒處理；
3、養殖過程中經常調節穩定水質，防水變誘發發病；
4、拌料投餵保健利腸道的添加劑，增強對蝦免疫力；
5、定期改底，改善池塘底部環境，可能減少孢子蟲的滋生。
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