八世班禪丹白旺修去世以後，扎什倫布寺派出代表多人，尋找轉世靈童，結果在西藏找到了三個"靈童"。遵照清朝政府批准擇定公元1888年（光緒十四年）正月15日，在布達拉宮皇帝牌位前面，舉行金瓶掣籤儀式，從金瓶中用象牙筷子抽出一名，是達布地區的倉珠嘉措的名字，於是就認定為第九世班禪額爾德尼。當天在布達拉宮的日光殿上，九世班禪拜十三世達賴土登嘉措為師，剃髮取法名為吉總羅桑曲吉尼瑪格勒南結貝桑布，簡稱曲吉尼瑪。
公元1892年（光緒十八年）正月初三日，九世班禪在扎布倫布寺坐床。攝政第穆呼圖克圖給九世班禪授了沙彌戒。為了祝賀九世班禪坐床，清朝政府特賜白銀一萬兩，由四川總督劉秉璋由"司庫提領"，"派員迅速解往"。九世班禪坐床以後，特派堪布羅布藏榮墊前往北京，向慈禧太后和清德宗"謝恩"。
1902年（大清光緒二十八年），由十三世達賴在大昭寺釋迦牟尼像前，給九世班禪授了比丘戒。同年五月初十日，九世班禪由拉薩返回扎什倫布寺。九世班禪從出生到受比丘戒這一時期，正是英帝國主義者向西藏地區進行軍事侵略時期，也是西藏僧俗人民進行英勇的抗英戰爭時期。
第一次抗英戰爭發生於公元1888年（清光緒十四年），當時英國人全部佔領了已於西藏接壤的哲孟雄（錫金），西藏方面為了阻止英人入侵，在與哲孟雄接壤的隆吐地方，構築防線，不準英人逾越。
為了表示西藏僧俗人民的抗英決心，1887年（光緒十三年），西藏三大寺、扎什倫布寺、西藏地方政府的七品以上全體官員，向駐藏大臣文碩上了一道公稟，聲明"縱有男盡女絕之憂，惟當復仇抵禦，永遠力阻，別無所思。"當時的駐藏大臣文碩忠於職守，站在西藏人民一邊，全力支持他們的抗英正義鬥爭。但是，由於當時清朝政府執行對外屈服政策，加上英國的新式武器與藏軍的弓箭刀矛和火槍的相差懸殊，隆吐防線被英軍攻佔。這是西藏曆史上第一次抗英戰爭。
在第一次抗英戰爭中達賴方面和班禪方面的態度是完全一致的。達賴方面是由三大寺出面，班禪方面是由扎什倫布寺帶頭出面。開赴前線的藏軍中，也有班禪管轄地區的民兵。
1904年（清光緒三十年）元月4日，英軍攻佔春丕，6日攻佔帕裡。4月11日英軍進抵江孜，在此雙方又發生激烈的戰鬥，江孜堡壘被毀，藏軍損失很大，英軍也死傷不少。這就是西藏曆史上著名的江孜保衛戰。
8月初，英軍攻佔拉薩。十三世達賴在英軍抵拉薩的前夕，為了避免被英軍俘獲，被迫出走，經過青海，到了外蒙古。對此，駐藏大臣向清朝政府的奏摺中"彈劾"十三世達賴"平日跋扈妄為，臨事潛逃無蹤，請褫革達賴喇嘛的名號"。清朝政府回電："著即將達賴喇嘛名號暫行革去，並著班禪額爾德尼暫攝"。
然而，九世班禪是有政治遠見、顧全大局的。他考慮到十三世達賴離藏期間，由他代理達賴的職權，只會增加他們之間的隔閡，對西藏內部的團結是很不利的。因此，九世班禪接到駐藏大臣的通知後，以"後藏為緊急之區，地方公事須人料理，且後藏距江孜僅二日程，英人出沒靡常，尤宜嚴密防範，若分身前往前藏，恐有顧此失彼之虞。"沒有接受要他前去代理達賴職務的要求。
英帝國主義者乘十三世達賴逃亡之機會，命在江孜留駐的鄂康諾大佐於1905年（光緒三十一年）9月24日，率英軍50餘人，突然到達日喀則，藉口他不日即將回國，特來向九世班禪告辭。
九世班禪很有禮貌地接待了鄂康諾。在接見中，鄂康諾突然提出讓九世班禪赴印度。"班禪當即回稱：我往印度不難，但須稟陳欽憲，奏知大皇帝殊批照準，方可起程，否則難以從命。該英員即稱，該國有信，不去不行，請細思之等語"。
並且以英軍要佔日喀則和扎什倫布寺為由進行威脅。在此情況下，九世班禪於公元1905年（光緒三十一年）10月12日離日喀則去印度。九世班禪到印度後見英皇太子時，鄂康諾要班禪跪拜，"班禪未從，當稱我只在大皇帝前跪拜，其餘不行。仍行執手常禮。"
當時清朝政府外務部"已電達駐印欽使及印督等，班禪來印赴會則可，若逼令干預藏事，即令班禪親自畫押，蓋用印信，均作為廢紙"。這樣，英人的陰謀未遂，不得不厚禮送歸九世班禪。
九世班禪一行於1905年12月返回江孜，在江孜休息兩天後返回扎什倫布寺。這次班禪被迫赴印，未做絲毫有損中國主權的事情。
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