光武帝到了懷城，派吳漢率領兩個將軍在軹縣西面打敗了並且招降了青犢賊寇。
三月，任命大司徒司直伏湛為大司徒。彭寵攻陷薊城，因此自立為燕王。光武親自率軍征討鄧奉，到了堵陽。四月，在小長安大敗鄧奉，殺了他。吳漢率領七個將軍在廣樂和劉永的大將蘇茂大戰，大敗了他。虎牙大將軍蓋延在睢陽圍困劉永。
五月，光武返回洛陽。六月，又大赦天下。耿弇在穰這個地方和延岑大戰，大敗了他。七月，徵南大將軍岑彭率領三軍討伐秦豐，在黎丘這個地方大戰，打敗了他，捉到他的將領蔡宏。蓋延攻下睢陽，俘虜了劉永，但是蘇茂、周建又另立劉永的兒子劉紆為梁王。
十一月，涿郡太守張豐謀反。這一年，李憲自稱天子。西州大將軍隗囂受命管理涼州事務。建義大將軍朱祐率祭遵在東陽和延岑打戰，殺了他的將領張成。
四年正月，又大赦天下。二月，派鄧禹率兩位將軍在武當和延岑大戰，打敗了他。四月，派大司馬吳漢在箕山攻打五校賊寇，大敗了他們。五月，派徵虜將軍祭遵率領四個將軍在討伐在涿郡謀反的張豐，打敗並且殺了他。
七月，派捕虜將軍馬武、偏將軍王霸在垂惠圍攻劉紆。董憲的大將賁休率領蘭陵的百姓士兵投降，董憲包圍了他。虎牙大將軍蓋延率平戎將軍龐萌援救賁休，沒有成功，蘭陵被董憲攻下了。八月，太中大夫徐惲擅自殺害了臨淮太守劉度，徐惲也應為過錯被殺了。派楊武將軍馬成率領三個將軍討伐李憲。九月，在舒城圍困了李憲。
十月，太傅卓茂去世了。十一月，派建義大將軍朱祐率領兩個將軍在黎丘圍困秦豐。這一年，徵西大將軍馮異在陳倉和公孫述的大將程焉大戰，大敗了他。
五年二月，大赦天下。捕虜將軍馬武、偏將軍王霸攻下垂惠。封商王族的後代孔安為殷紹嘉公。彭寵被他的奴僕殺死，漁陽得以平定。大司馬吳漢率領建威大將軍耿弇在平原攻打富平、獲索賊寇，打敗並且招降了他們，又派耿弇率領兩個將軍討伐張步。
三月，調任廣陽王劉良為趙王，開始前往封國。平狄將軍龐萌造反，殺害了楚郡太守孫萌又向東依附董憲。派徵南大將軍岑彭率領兩個將軍在津鄉這個地方討伐田戎，大敗了他們。
四月，大旱，又發生蝗災。河西大將軍竇融開始派使者進獻。六月，建義大將軍朱祐攻下黎丘，俘虜了秦豐；另一邊龐萌、蘇茂圍攻桃城。光武帝這時恰好在蒙城，就親自率軍討伐他們。先在任城整理軍隊，再援救桃城，大敗龐萌等人。
七月光武帝來到了湖陵征討董憲。又來到了蕃，於是在昌慮攻打董憲，大敗了他。八月，來到了郯城，留下吳漢攻打劉紆、董憲等人，自己去巡視彭城、下邳。吳漢攻下了郯城，俘虜了劉紆，吳漢又繼續進軍在朐城圍困了董憲、龐萌。
十月，光武帝來到了魯地，派大司空祭祀孔子。耿弇等將軍在臨淄和張步大戰，大敗了他們。光武帝巡視到了臨淄，又繼續前進到了劇。張步殺了蘇茂投降了，齊國舊地的土地都平定了。
開始興辦太學。光武帝回到洛陽，親臨太學巡視，按等級賞賜了博士弟子。
十一月，大司徒伏湛被罷免，任命尚書令侯霸為大司徒。十二月，盧芳在九原自稱天子。西州大將軍隗囂派他的兒子隗恂入朝侍奉光武帝（實際上是作為人質讓光武帝可以放心）。交趾牧鄧讓率領七個郡的太守派使者入朝貢獻。光武下詔書免除濟陽兩年的賦稅。這一年，野生的植物逐漸減少，老百姓耕種的田地越來越多了。
六年正月，將原來的舂陵鄉改為章陵鄉，世世代代都免除徭役，和豐、沛一樣（這時因為舂陵本是光武帝的老家，漢代注重衣錦還鄉，所以劉秀當了皇帝之後也要給家鄉送福利，之前劉邦也這麼做，劉邦家鄉就是豐、沛）。揚武將軍馬成等人攻下舒城，俘虜了李憲。二月，大司馬吳漢攻下了朐城，俘虜了董憲、龐萌，函谷關以東的地方都平定了。各位將領都返回京城洛陽，光武帝擺酒席對眾將大加賞賜。
三月，公孫述派將領任滿侵擾南郡。四月，光武帝到了長安，祭祀漢高祖的廟，又祭祀了西漢十一個皇帝的陵墓。派虎牙大將軍蓋延等七個將軍從隴道討伐公孫述。五月，回到洛陽。隗囂反叛，蓋延等人因此和隗囂在隴阺交戰，各位將領被打敗了。
六月，代郡太守劉興在高柳攻打盧芳的大將賈覽，兵敗戰死了。以前的時候，樂浪人王調佔領樂浪郡而不聽光武號令。這年秋天，派樂浪太守王遵攻打他，樂浪郡的官員殺死王調投降了。
派前將軍李通率領兩個將軍，在西城和公孫述的大將交戰，打敗了他。夏天的時候發生了蝗災。
九月，赦免了樂浪謀反性質不是很嚴重的人。
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