光武帝到了怀城，派吴汉率领两个将军在轵县西面打败了并且招降了青犊贼寇。
三月，任命大司徒司直伏湛为大司徒。彭宠攻陷蓟城，因此自立为燕王。光武亲自率军征讨邓奉，到了堵阳。四月，在小长安大败邓奉，杀了他。吴汉率领七个将军在广乐和刘永的大将苏茂大战，大败了他。虎牙大将军蓋延在睢阳围困刘永。
五月，光武返回洛阳。六月，又大赦天下。耿弇在穰这个地方和延岑大战，大败了他。七月，征南大将军岑彭率领三军讨伐秦丰，在黎丘这个地方大战，打败了他，捉到他的将领蔡宏。蓋延攻下睢阳，俘虏了刘永，但是苏茂、周建又另立刘永的儿子刘纡为梁王。
十一月，涿郡太守张丰谋反。这一年，李宪自称天子。西州大将军隗嚣受命管理凉州事务。建义大将军朱祐率祭遵在东阳和延岑打战，杀了他的将领张成。
四年正月，又大赦天下。二月，派邓禹率两位将军在武当和延岑大战，打败了他。四月，派大司马吴汉在箕山攻打五校贼寇，大败了他们。五月，派征虏将军祭遵率领四个将军在讨伐在涿郡谋反的张丰，打败并且杀了他。
七月，派捕虏将军马武、偏将军王霸在垂惠围攻刘纡。董宪的大将贲休率领兰陵的百姓士兵投降，董宪包围了他。虎牙大将军蓋延率平戎将军庞萌援救贲休，没有成功，兰陵被董宪攻下了。八月，太中大夫徐恽擅自杀害了临淮太守刘度，徐恽也应为过错被杀了。派杨武将军马成率领三个将军讨伐李宪。九月，在舒城围困了李宪。
十月，太傅卓茂去世了。十一月，派建义大将军朱祐率领两个将军在黎丘围困秦丰。这一年，征西大将军冯异在陈仓和公孙述的大将程焉大战，大败了他。
五年二月，大赦天下。捕虏将军马武、偏将军王霸攻下垂惠。封商王族的后代孔安为殷绍嘉公。彭宠被他的奴仆杀死，渔阳得以平定。大司马吴汉率领建威大将军耿弇在平原攻打富平、获索贼寇，打败并且招降了他们，又派耿弇率领两个将军讨伐张步。
三月，调任广阳王刘良为赵王，开始前往封国。平狄将军庞萌造反，杀害了楚郡太守孙萌又向东依附董宪。派征南大将军岑彭率领两个将军在津乡这个地方讨伐田戎，大败了他们。
四月，大旱，又发生蝗灾。河西大将军窦融开始派使者进献。六月，建义大将军朱祐攻下黎丘，俘虏了秦丰；另一边庞萌、苏茂围攻桃城。光武帝这时恰好在蒙城，就亲自率军讨伐他们。先在任城整理军队，再援救桃城，大败庞萌等人。
七月光武帝来到了湖陵征讨董宪。又来到了蕃，于是在昌虑攻打董宪，大败了他。八月，来到了郯城，留下吴汉攻打刘纡、董宪等人，自己去巡视彭城、下邳。吴汉攻下了郯城，俘虏了刘纡，吴汉又继续进军在朐城围困了董宪、庞萌。
十月，光武帝来到了鲁地，派大司空祭祀孔子。耿弇等将军在临淄和张步大战，大败了他们。光武帝巡视到了临淄，又继续前进到了剧。张步杀了苏茂投降了，齐国旧地的土地都平定了。
开始兴办太学。光武帝回到洛阳，亲临太学巡视，按等级赏赐了博士弟子。
十一月，大司徒伏湛被罢免，任命尚书令侯霸为大司徒。十二月，卢芳在九原自称天子。西州大将军隗嚣派他的儿子隗恂入朝侍奉光武帝（实际上是作为人质让光武帝可以放心）。交趾牧邓让率领七个郡的太守派使者入朝贡献。光武下诏书免除济阳两年的赋税。这一年，野生的植物逐渐减少，老百姓耕种的田地越来越多了。
六年正月，将原来的舂陵乡改为章陵乡，世世代代都免除徭役，和丰、沛一样（这时因为舂陵本是光武帝的老家，汉代注重衣锦还乡，所以刘秀当了皇帝之后也要给家乡送福利，之前刘邦也这么做，刘邦家乡就是丰、沛）。扬武将军马成等人攻下舒城，俘虏了李宪。二月，大司马吴汉攻下了朐城，俘虏了董宪、庞萌，函谷关以东的地方都平定了。各位将领都返回京城洛阳，光武帝摆酒席对众将大加赏赐。
三月，公孙述派将领任满侵扰南郡。四月，光武帝到了长安，祭祀汉高祖的庙，又祭祀了西汉十一个皇帝的陵墓。派虎牙大将军蓋延等七个将军从陇道讨伐公孙述。五月，回到洛阳。隗嚣反叛，蓋延等人因此和隗嚣在陇阺交战，各位将领被打败了。
六月，代郡太守刘兴在高柳攻打卢芳的大将贾览，兵败战死了。以前的时候，乐浪人王调占领乐浪郡而不听光武号令。这年秋天，派乐浪太守王遵攻打他，乐浪郡的官员杀死王调投降了。
派前将军李通率领两个将军，在西城和公孙述的大将交战，打败了他。夏天的时候发生了蝗灾。
九月，赦免了乐浪谋反性质不是很严重的人。
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