2008年10月5日，閻崇年到無錫新華書店進行現場籤售活動，當時閻崇年正給讀者簽著名，忽然粉絲群裡衝出個男人，對著閻崇年的老臉“啪啪啪”地扇了耳光。當然被打的閻崇年自然是一臉蒙，畢竟自己當時也算半個歷史文化名人，怎能有人這樣對待自己。經過一番瞭解之後，原來是有人對閻崇年在《百家講壇》之上宣揚的“揚州十日”“嘉定三屠”等滿清入關之後的一系列殘暴行為稱為“民族融合”極度不滿導致的。
關於閻崇年的理論，我們不妨先了解一下。作為所謂的清史大家，他曾經公開宣揚“剃髮易服是民族文化的一種交流形式，不能上綱上線。清軍入關更多的是促進了民族融合，其中造成的某些局部的破壞是不可避免的。禁海策和閉關令是有明顯的進步意義的，因為這維持了意識形態的穩定。等等”。這些理論在一些專業學歷史的人之中可能會有一定的理解，畢竟他們更能從整體歷史的角度來考慮。但作為大眾普及的《百家講壇》，閻崇年的此番言論自然是引起了軒然大波，畢竟這種民族衝突的話題實在是太敏感。
滿清當時入關之後，並沒有考慮當時的社會問題，尤其是掌握了政權之後，便開始進行了大刀闊斧的文化整頓，希望一下將明朝社會變成清朝社會，但是他們實在是低估了文化衝突的矛盾會引起多大的衝突。當時，多爾袞下剃髮令，讓漢族這些“身體髮膚受之父母”的士大夫們隔斷與傳統的聯繫，轉入清廷的懷抱。這自然引起軒然大波，各地起義不斷，這清廷也著實尷尬。這之後清廷才逐漸轉變了自己的突變政策，開始用漢文化來籠絡漢人，緩慢改造，納入統治之中。而康熙、雍正、乾隆時期的一些所謂的漢化行為也都可以理解為更好的統治漢人做的準備。
當時，明朝滅亡以後，仍有部分朱氏不死心，也可能是手下的大臣們不死心。在當時的中國南方建立過幾個所謂的“南明政權”。而第一個建立的南明政權就是朱由崧。朱由崧的家世也可謂傳奇，他的父親就是明朝萬曆年間的一個禍亂後宮的鄭貴妃的兒子，看來鄭貴妃的目的也算是達到了，畢竟兒子沒做到皇帝，自己的孫子也算做到了皇帝。
弘光元年（1645年），清兵在多鐸的率領下，分兵亳州、徐州兩路，向南推進，勢如破竹，直至揚州。揚州在激烈抵抗後失陷，清兵屠戮劫掠，十日不封刀。“幾世繁華的揚州城是時“堆屍貯積，手足相枕，血入水碧赭，化為五色，塘為之平”、“前後左右，處處焚灼”，““城中積屍如亂麻”。揚州居民除少數破城前逃出和個別在清軍入城後隱蔽較深倖免於難者以外，幾乎全部慘遭屠殺，僅被和尚收殮的屍體就超80萬具。
在文字獄盛行的清朝時期，所有有關揚州屠城的記載隨著清軍入主漢地之後被刻意掩蓋，導致清末以前大部分人對此屠殺事件一無所知。直到辛亥革命前夕才將《揚州十日記》從海外帶回中國，“希望使忘卻的舊恨復活，助革命成功”，揚州十日才廣為世人所知。
據統計，揚州十日、嘉定三屠、江陰滅城，清軍共殺害漢人200多萬人，當然數據可能有誇大的成分，但是深刻反映了當時滿清入關後給漢人帶來的沉重災難。如果這真的是閻崇年所解釋的“民族融合”，那歷史真的是一部所謂的“文明史”了。
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