基督教的基本信仰是認為人類是通過上帝之子耶穌基督而獲得救贖，上帝之子將會來到世間使人類擺脫罪惡。這一命題產生了許多問題，基督教神學家為此爭論了幾個世紀，經過漫長而激烈的爭論後才正式解決了這些問題。
邏各斯和上帝或者聖子和聖父的關係如何？
耶穌這個人同邏各斯-上帝之間的關係如何？
在拯救的計劃中人類處於什麼樣的位置？
第一個問題是公元325年著名的尼西亞會議的一個重要爭論的主題，阿里烏斯認為基督是上帝的創造物，被賦予自由意志，上帝預見到他將會用此來行善，因此在創造基督時賦予基督以上帝的尊嚴。而阿塔納修認為聖子作為拯救的基質，由勝負產生而不是製造；他與聖父共存，與聖父是同一實體，完全享有聖父的本性，既沒有使聖父受損，有沒有成為一個不同的人。歷史上的耶穌，即邏各斯-上帝或者聖子在本質上與人體結合，是一個完全的化身。聖靈是第三個存在者；上帝是三位一體，由三者構成，而在本質上是同一的。最終阿里烏斯以及他的追隨者的學說受到譴責，他們被開除教籍。“被產生而不是被製造，同聖父是一個實體”被寫入《尼西亞信經》的教義中。
第二個問題是基督論的問題，護教者們提出了許多答案，並形成了許多小派別以支持不同的理論。最終有一種解釋被公元451年的迦克墩會議接受，併成為正統的教義：基督具有兩種本性，每一種本性自身都是完善的，並與另一種相區別，卻在一個人身上完美地結合，這個人同時是上帝和人。
第三個問題的回答從摩尼教派那裡獲得支持，根據流傳的觀點，整個人類是因為第一個人或者墮落天使的罪惡而墮落，人類需要上帝以某種方式對其進行救贖。基督為了拯救人類而從天堂降到人間，顯然人類不可能將人類自己從罪惡中拯救出來，因為人類本身就是罪惡的奴隸，在本性上是罪人，或者在某種方式上成為罪人，無論哪種情形都無法拯救自己。另一個完全不同的角度來理解就是：基督將人類從罪惡中拯救出來。罪惡意味著人有罪，有罪意味著有罪的人要負責，只有能夠在錯誤和正確之間自由選擇的存在者才可能是罪人。因此，如果人類犯罪，他必定是自由的。上帝是絕對善和正義的，不可能對罪惡負責，因此人自身必定是罪惡的產生著，並且只有他可能是自由的，他才可能不犯罪。摩尼將波斯的二元論和諾斯替教的學說加入到對《聖經》的理解中，並將基督教和拜火教的學說結合起來。
經過幾個世紀才解決的這三個問題構成了基督教完整的教義體系，並且將新宗教產生初期不嚴謹的構想愈發的清晰化。純粹宇宙論和哲學部分在其中起著關鍵作用。
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