大量臨床試驗也發現：80% 以上的人在服用益生菌時，基本不會有什麼副反應的感覺，最多是肚子有些咕嚕咕嚕，產氣比平常稍多一點而已。
然而，對於一些腸道菌群已經失調的人，在服用益生菌的過程中，特別在剛開始補充益生菌的前1-4周，會出現病症加重的現象(如腹痛、多氣、拉稀加重，皮膚出痘痘比之前更厲害等)，這是為什麼呢? 這種現象叫做赫氏消亡反應(Jarisch-Herxheimer die-off reaction)。
赫氏消亡反應, 治癒疾病過程中黎明前的黑暗
在一個多世紀之前，兩位歐洲皮膚病學家阿道夫•雅裡希 (Adolf Jarisch) 和卡爾•赫克斯海默 (Karl Herxheimer) 各自獨自觀察到一種奇怪的現象：皮膚病患者在接受治療後，他們的症狀在最初往往會有所加重，甚至出現發熱和噁心等不良反應。然而這些不良反應持續幾天到一週後，病情開始慢慢好轉直至康復。繼續研究發現這種現象產生的原因其實是由於有害細菌死亡的過程中會釋放一些毒素，從而導致症狀加重。
他們將其適用範圍進一步擴大，以解釋病人在接受治療或者服用補充劑後出現不適症狀。例如補充益生菌可能出現消化道不適，如腸胃脹氣、排氣較多、大便不成形等症狀。有些人還會出現腹瀉、發熱、寒戰、頭痛、皮膚出痘痘等多種不適的症狀。
這個時候，其實在人體的消化系統中，益生菌大軍和有害菌正在展開劇烈的鬥爭。這場慘烈的戰爭，細菌們或者轉移陣地或者備戰死。有害菌為了存活會釋放比平時量更多毒素，或者改變代謝途徑生成新型毒素來對抗益生菌。而這些毒素在對抗益生菌的同時，也對人體產生了“副作用”的症狀。所以有這些副反應症狀的原因不是因為服用的益生菌，而是因為已經佔據體內腸道的那些有害菌。有時這些副反應反倒是一個好信號，因為說明益生菌起作用了，有害菌正在死亡。隨著堅持服用益生菌，病情就會逐漸好轉，逐漸戰勝有害菌，直至身體完全康復。
赫氏消亡反應多久才能改善？
首先，要了解80%以上的健康人服用益生菌時不會出現赫氏消亡反應。赫氏消亡反應多發生於腸道菌群已經失調的患者。服用益生菌產生的赫氏消亡反應通常時間不長，大多數人幾天至2周(及個別嚴重者會最長持續到4周)就會消失，從而轉向身體康復階段。
服用益生菌產生的赫氏反應通常並不嚴重，一般不需要接受治療。但有時赫氏反應較容易和過敏反應弄混。一般服用益生菌產生的赫氏反應集中在腸胃脹氣、排氣較多、大便不成形等症狀。個別人會出現發熱、寒戰、頭痛、皮膚出痘痘等不適症狀。而過敏反應的主要症狀是皮膚出疹子、哮喘，嚴重者有便血，脫水等症狀，此時，應該立即停止攝入過敏原，儘快去醫院就診。
服用的益生菌在身體內是一個漸變過程
通過跟蹤檢測益生菌服用者體內腸道菌群的變化，臨床試驗研究表明，如果按療程(一個療程12周)服用定量的益生菌，則這些益生菌在人體腸道內有這樣的生長變化過程：
競爭期1-4周
在開始服用益生菌的1-4周內，益生菌會和腸道內已經存在的有害菌及中性菌展開競爭，包括競爭營養、競爭生存空間、競爭能在腸道壁上附著的位置。這也是細菌們在腸道里戰爭的慘烈階段，赫氏消亡反應也會發生在這一階段。有害菌死亡時會釋放大量毒素和其它代謝產物，抑制益生菌生長及對人體造成不適，益生菌也會釋放大量細菌素(bacteriocin)和各種有機酸來消滅有害菌。雙方的死亡量都較大。
優勢期4-8周
由於堅持服用益生菌，這相當於在戰爭中不斷補充援軍，在4-8周這個階段，益生菌會逐漸佔領上風，這時腸道內的有害菌數量已經低於益生菌，有害菌釋放毒素和其它代謝產物的量也被大大減低，同時外來的益生菌也會幫助體內原有的有益菌生長起來，和體內原有的有益菌進行協同作用，維護腸道健康。所以這個時候人體會開始感受到病症的改善。
鞏固期8-12周
繼續堅持服用益生菌，益生菌和體內原有有益菌一起協同作用，在腸道內的比例越來越高，有害菌的比例越來越低。人體對病症的改善的感覺也可能越來越明顯，但這時決不能掉以輕心，因為有害菌的生存力也是極其頑強的。研究顯示，大部分腸道有害菌都有較強的耐酸鹼性，耐膽汁和酶解的特性。
有些有害菌還會產生孢子(休眠的細菌細胞，但有極厚的特殊細胞壁保護，抗各種惡略環境能力極強)或生物膜(細菌團體分泌的胞外多糖聚合物保護膜，對細菌有極強的保護作用)，在處於生長劣勢時這些有害菌會以孢子及被生物膜保護的休眠狀態下繼續存活。這樣的有害菌即使連抗生素也無能為力，研究顯示，只有益生菌這樣的生物武器才是目前對付這種有害菌的唯一辦法。所以服用益生菌一定要堅持到12周，使益生菌和體內其它有益菌的優勢最大化。
穩定期12周以上
當益生菌和有益菌在體內佔有足夠優勢後，各種益生菌帶來的正面效果才會逐漸體現出來。為了鞏固這一效果，防止體內的有害菌(有害菌很難被完全殺死，多數處於休眠狀態)捲土重來，以丹麥為主的健康專家建議在服用過12周的益生菌之後，可以將益生菌攝入量減到一半(其實不減半對身體不可能有壞處，只是要花更多的錢)，用來鞏固益生菌的效果，一直堅持到半年，然後可停用。對大多數人來講，停用後，這一最優化的效果可以維持一段時間，大約半年到一年。但由於生活、飲食習慣等各種原因，現代城市人的生活方式較容易使腸道菌群不能到達最佳狀態，那麼需要階段性的補充益生菌。
注意：生活習慣和飲食結構等因素會直接干擾腸道本身菌群平衡，補充益生菌調節到正常後，如果不改變本身的不良生活習慣，腸道的菌群平衡便會再次被打破，回到原先的不良狀態。世界上沒有萬能藥，益生菌也不是萬能藥，健康的生活方式才是最好的保健品。
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