甲午战争惨败对清朝打击很大，慈禧决定让光绪帝亲政，并且主持变法，整个官员群体基本对“变法”达成共识。
就在李鸿章去签《马关条约》之时，康有为到京科考，在阴暗的小旅馆里，他用了一个晚上，写了一万多字的《上今上皇帝书》。既然“变法”已是全国共识，他写得比较激烈，甚至警告光绪皇帝：如果再不改变，到时候您别说做皇帝，只怕做一个普通百姓都不可能（求长安布衣而不可得）！
为了起到更好的效果，他联合全国18个省的举人签名，然后发动他们在京城里到处找大官们投递，以示这是天下读书人的心愿。但很多官员没敢收！当时清朝媒体已经相当发达，某个小报在报道这个社会现象的时候，用了“公车上书”这个词。
读书人受朝廷尊重，在封建社会，为了收集读书人的意见，朝廷就派出很多牛车往来于城乡，这种牛车有专门的经费供养，所以叫公车，由此产生的消费叫“公车消费”（现在还用），“公车”也指关心天下大事的读书人。
甲午战败，给朝廷上书是当时的一种社会现象。据考证，跟康有为同时上书的，至少有十几起，媒体用“公车上书”说的是这种社会现象，而不是康有为上书这件事。事实上，康有为的上书刚写好，就传来他中举的消息，为了仕途，这份上书他没有签名。虽然有媒体宣传，但是光绪帝并没有看到康有为的“书”，所以影响很小。
后世把“公车上书”当成康有为的专利，主要来自于康有为、梁启超的回忆录，因为他们俩名气很大，各种史书也让他们成了“公车上书”代名词。
公车上书后的康有为，不断写文章、搞演讲，在媒体上曝光，名声越来越大，还组建了强学会。朝廷一直酝酿变法，很多官员加入了康有为的强学会，据说李鸿章也想加入，被狂妄的康有为拒绝（他认为李鸿章是签《马关条约》的汉奸）。袁世凯没有加入强学会，但是捐了500两银子。
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