康熙二十年（1681年）冬，清軍進駐雲南省城昆明，吳世璠被迫自殺，歷時八年的三藩之亂宣告結束。雲南收復以後，清政府面臨的最大問題是如何善後，即如何著手處理吳三桂反叛餘孽及其部署的諸多事宜。康熙帝的宗旨是本著懲治首惡、寬宥脅從的政策，根據罪行輕重予以區別對待。
首先是重懲吳三桂黨羽。康熙二十一年正月，議政王大臣會議作出決定，將吳三桂的屍骸分發各省，傳示天下；刑部將吳世璠首級懸掛示眾；逆黨馬寶、夏國相、李本深、王永清、江義等，俱凌遲處死；高起隆、張國柱、巴養元、鄭旺、李繼業斬首示眾，妻女財產籍入官。四月，兵部上奏將胡國柱、王緒、李匡等情罪重大者子弟悉行處斬，妻女、家口一律送交內務府。
其次是從叛官員從寬免死，革職回籍。康熙二十一年六月，言官上書參奏王輔臣之子原太僕寺卿王繼貞、原任總兵官郭義論罪正法。但康熙下旨認為他們之罪行為“從賊”，予以赦免死罪，令革職放回原籍，以示寬典。當年十二月，康熙再頒諭旨，對那些在三藩之亂中有效力朝廷的官員，酌情給予留任。
至康熙二十二年二月，朝廷對吳三桂部署的處理基本結束，涉案官員官員共有240人，除廣西巡撫陳洪明等極少數“情殊可惡”者，被流放寧古塔、籍沒財產外，其餘皆歸養故里，不予追究。
最後是遣散吳三桂藩屬。康熙二十一年四月，康熙帝下旨將吳三桂親屬、家口，及其將軍、總兵、副將以上者隨清軍分六次入京，參將、遊擊以下低級軍官令直接分發河南、山東、湖廣、江西四省安插。這既體現了朝廷的寬大政策，又使得叛逆者無法再聚眾謀亂。
其後，清廷又將吳三桂部分兵丁前往東北開原縣的尚陽堡臺站服役。同時又規定：“凡系逆犯應行入官匠役、家屬、人口，有私自入京者，令其送到部，若已私自放出為民者，亦令呈首，嗣後隱匿不報者，交部從重議處，系民人照例擬罪。”
持續八年的三藩之亂儘管給清廷帶來了嚴重的打擊，但對於康熙來說也是一次難得的機會。他藉著平定三藩的機會在制度上作出了一些重大的調整，有力的集中了皇權。
魏源曾說：“我朝自平定三藩之後，不復以兵權、土地世予臣下，凡元功親王，畢留京師。宗室自親王以下至奉恩將軍凡九等，有俸有莊田；功臣自一等公以下至恩騎尉二十六等，世襲有差。”“雖各有提鎮、駐防將軍，掌兵權而不擅財賦，與文臣互牽制。於封疆有其名而無其實，於藩鎮收其利去其害，損益百王二千年之法，至是而大定。”
也就是說，自三藩之亂後，朝廷收回了原先地方上的藩鎮勢力，地方上的將軍、提鎮定時入京朝覲，兵權集於朝廷，像吳三桂、耿精忠、尚之信之前不朝心生驕妄，以致反叛的事情就此杜絕。
三藩之亂後，藩屬盡歸朝廷，清廷自入關以來三十餘年的藩兵制度宣告結束，軍隊編制由此定型。在撤藩的同時，清廷又將一些從叛的悍將所部給予分別處置。如孫延齡部被收歸漢軍旗下，王輔臣部被裁撤，從而使軍隊的中央隸屬性大大增強。
此外，清廷還在邊疆與地方重鎮增設八旗與綠營駐防。康熙十九年，康熙帝撤除平南、靖南二藩後，在廣州、福州設八旗駐防軍，開始對軍隊進行整頓。康熙二十年十二月，議政王大臣便以雲南恢復，提出在湖廣的荊州、陝西的漢中設兵駐防。並議定：荊州設八旗將軍一人，副都統二人，八旗兵3600餘人；漢中設將軍一人，副都統二人，兵員3000人。在廣西和雲南，清廷則加強了綠營兵力。
清廷在荊州、漢中、西安等地派兵駐防，是在總結三藩叛亂之後，以加強對全國統治的一項有力措施。尤其是在居天下之中的荊州派駐防八旗六千餘人，使之成為天下第一重鎮，大大增強了清王朝統攝全國的威力。而此後，清廷以直隸於朝廷的官軍駐防，於廣州、福州等地設八旗駐防成為定製，更直接加強了中央的集權統治。
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