尿頻、尿急、尿痛的病因很多，主要是膀胱和尿道疾病，包括感染性疾病如普通細菌、結核桿菌、真菌、病毒、寄生蟲引起的膀胱炎、尿道炎、前列腺炎、尿道旁腺炎、尿道憩室炎、龜頭炎、陰道炎、尖銳溼疣；非感染性炎症如間質性膀胱炎、放射性膀胱炎、化學性膀胱炎（環磷酰胺、避孕藥或泡浴等引起）；結石如膀胱結石、尿道結石、輸尿管下段結石；膀胱、尿道、前列腺腫瘤；膀胱或尿道內異物等。
膀胱瘻、尿道狹窄、肉阜、尿道口過小、處女膜傘異常，包莖等也可以引起尿頻、尿急、尿痛。除膀胱和尿道疾病外，腎盂腎炎、腎積膿、腎結核等腎臟疾病，膀胱、尿道鄰近器官如子宮、卵巢、結腸等的疾病，癔病、神經性膀胱等精神神經系統疾病和白塞病等全身性疾病都可以引起尿頻、尿急、尿痛。
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