《神皇正統記》記載
日本最早出現的徐福東渡到日本的記錄是1339年日本南朝大臣北畠親房所著《神皇正統記》。而成書於8世紀時的日本典籍《古事記》和《日本書紀》只提到了秦朝人移民到日本的情況，沒有徐福東渡的記載。有觀點認為這是因為中國8世紀時尚未明確提出徐福東渡所到之地就是日本。最早提到徐福的是源隆國的今昔物語。
日本人認為徐福在日本的紀州熊野的新宮（今和歌山縣新宮市）登陸，目前當地還有徐福墓和徐福神社，每年11月28日是祭祀徐福的日子。在日本徐福的傳說中，日本人認為徐福帶來了童男童女、百工、榖種、農具、藥物及捕鯨技術和醫術，對日本發展起了重要作用，因此尊徐福為“司農耕神”和“司藥神”。和歌山有一熊野速玉大社與徐福有關。佐賀也有一座金立神社以他為主神。
再來聊聊徐福的去向，大致有以下幾種。
有人說徐福去了日本
去到日本，成為日本歷史上第一位天皇神武天皇，在考古研究中，結合“欠史八代”的疑點，在證明這九代天皇存在之前，這種說法不失為一種看來合理的說法。日本現有徐福墓，但成立年代頗晚，當是後世徐福來日傳說傳入日本附會所建。又，徐福墓數量過多，如楊貴妃墓，前前後後有數十座，徒增疑點。歷史上率先提出日本開國神武天皇為中國人的是中國清代同治年間（公元1862—1875年）駐日公使館一等書記官黃遵憲。他在所著《日本國誌》一書中指出：“至徐福之事……今紀伊國有徐福祠，熊野山有徐福墓，其明證也。日本傳國重器三，曰劍、曰鏡、曰璽，皆秦制也。君曰尊，臣曰命，曰大夫、曰將軍，又周秦語也。自稱神國，立教首重敬神；國之大事，莫先於祭；有罪則誦禊詞以自洗濯，又方士之術也。崇神立國，始有規模，計徐福東渡已及百年矣，當時主政者，非其子孫殆其黨徒歟？至日本稱神武開國基，蓋當週末，然考神武至崇神，中更九代，無事足記，或者神武亦追王之辭乎？”，這說法三笠宮崇仁親王也同意。
成為日本人的祖先。據‘日本國史略’提到：“孝靈天皇七十二年，秦人徐福來。（或雲，徐福率童男女三千人，齎三墳五典來聘。福求藥不得，遂留而不歸。或雲，止富士山。或雲，熊野山，有徐福祠。）”說徐福帶童男童女來日本修好，貢上三墳五典而尋求仙藥，然而不得仙藥，只等定居下來。在‘富士文書’中則提道徐福來到日本，協助當地農民耕種，帶來一些新的技術。然而‘富士文書’一般被學界認為是偽書。
有人說去了美洲
南京古物保存所、前暨南大學及輔仁大學教授衛聚賢認為徐福去了美洲，他在《中國人發現美洲》考證：“美洲特產四十多種動植物礦產為先秦人民所知”。 衛聚賢研究吳人《外國圖》“亶洲去琅琊萬里”，得出亶洲是美洲而不是日本，他還提到現在美國檀香山還有中國篆書刻字的方形岩石，舊金山還有中國篆文的古箭。
日本官方為紀念徐福之偉績，曾在很長一段時間舉行相關祭祀活動，從宇多天皇到龜山天皇由天皇主祭徐福達80多次，直到明治維新才停止。和歌山新宮市每年11月28日也慶祝徐福東渡，1980年他們慶祝徐福來日2200年。金立每五十年有一次徐福大祭。
那麼徐福究竟去了何方，到現在還是個無從考證的謎團。
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