13世紀後半期，蒙古軍兩徵日本，鎌倉幕府險勝，但是為了對抗蒙古大軍的侵襲，鎌倉幕府也在戰事中元氣大傷，鎌倉幕府以“蒙古襲來”為轉折點，開始走下坡路。為了對抗蒙古大軍，鎌倉幕府調動了西部地區上萬武士參戰，加上僱傭武士修築堡壘，鎌倉幕府的武士階級的力量被大大削弱了。戰後，武士們為了維持生計，只好變賣自己的土地。武士階級作為倉幕府統治的階級基礎，他們的力量衰落是鎌倉幕府滅亡的根本原因。
面臨危機的武士階級當然不會就此坐以待斃。地位高的武士紛紛動用手中的權力來搶奪農民的土地，鎌倉幕府在北條氏的統治下提高租稅的徵收標準，一時間，百姓怨聲載道。在近畿等一些商品經濟較為發達的地區，憑藉經濟上的優勢，一部分市民階層迅速崛起。他們為了保護自己的勞動果實，紛紛發動百姓，對抗幕府的統治。他們的崛起給幕府以沉重的打擊。
幕府內部同樣是矛盾重重。由於幕府統治後期北條氏的專權引起了其他有實力的大名的不滿，北條氏任人唯親，任用大量親信(御內人)壟斷朝政，與有力大名安達泰盛的矛盾迅速激化。御內人的首領平賴綱先發制人，於1285年11月，以“安達泰盛之子安達宗景有謀反之嫌”為口實，襲擊安達泰盛的府邸，安達泰盛猝不及防，慘遭滅門之禍。因事件發生在11月(也就是日本的“霜月”)，所以史稱“霜月政變”。霜月政變屬於鎌倉統治階級的內亂，它大大削弱了統治階級的力量。
後醍醐天皇
當時的鎌倉幕府手握天皇繼承人選的決定權，由於幕府的介入，使得天皇繼承的問題變得異常複雜，導致了皇族內部的離心，形成大覺寺統和持明院統兩大派別。離心的皇族們也對幕府統治極端不滿，他們逐漸認識到只有打倒幕府，才能一勞永逸地解決所有的問題。後醍醐天皇遂決定展開“討幕行動”。第一次討幕行動發生在1324年，討幕軍密謀襲擊六波羅探題，但是中途由於計劃洩露而夭折，史稱“正中之變”。但是後醍醐天皇的決心並沒有因為“正中之變”而動搖，1331年，他再次密謀討幕，但是由於“正中之變”後幕府加強了對皇族的監視，此次政變也因為計劃的洩露，以失敗而告終(元弘之變)。“元弘之變”後，幕府廢掉後醍醐天皇，改立持明院統的光嚴天皇繼承皇位。北條氏獨斷專行的行徑更加引發了朝野內外的不滿，反對情緒日益高漲。面對此起彼伏的叛亂，鎌倉幕府採取了血腥鎮壓的態度，北條氏調集各地軍事力量進入京都，但是各地的軍隊魚龍混雜，有異心者比比皆是。其中實力派足利尊氏進入京都之後，馬上倒戈攻陷六波羅探題。與此同時，另一名實力派新田義貞也高舉反旗攻入鎌倉本部。1333年5月，北條氏最後一代執權北條高時兵敗自殺，鎌倉幕府宣告滅亡。
足利尊氏
鎌倉幕府滅亡以後，後醍醐天皇返回京都，廢掉前幕府的傀僵天皇光嚴天皇，建立了以自己為中心的公家政權(由天皇主導的政權)。後天皇在1334年正月改元“建武”，於建武年間推行新政，史稱“建武新政”。新政是以實現天皇親政為根本，否定重臣、外輔政，推行復古政治。但是由於當時武士階級仍然有很大的勢力，所以不得已之下，新政也以鎌倉幕府的制度作為參考，推行公武協調的體制。在中央設立記錄所、雜訴決斷所、武者所、侍者所、恩賞方等機關，以完善中央行政職能，增強天皇的直接控制能力。在地方設立“國司、守護並立”制度，國司代表天皇、守護代表武士階級共同治理地方。新政雖然著於建立公武協調體制，但是試行結果卻並不盡如人意，公武不和的矛盾還是漸漸顯露出來，社會更加混亂。
建武新政的實行和足利尊氏的支持是密不可分的，後醍醐天皇繼位以後，冊封足利尊氏為武藏守，足利尊氏逐漸成為新政府的第一實力派。功高蓋主的足利尊氏馬上就遭到天皇和其他實力派的嫉妒。足利尊氏也是武士階級的代表，他既反感皇室厚此薄彼的卑鄙伎倆，又清楚地認識到形式的嚴峻，遂決心推翻皇族統治。機會很快來臨，北條氏雖然被推翻，但是餘黨尚存，他們立北條高時之子北條時行為王，起兵謀反(中先代之亂)。足利尊氏借平叛之名，揮師進京，在打敗新田義貞後，於1336年攻入京都，廢掉後醍醐天皇，擁立持院統的光明天皇，振興幕府。建武新政宣告失敗，後醍醐天皇在侍衛的保護下倉皇逃往吉野地區，在野地區建立族政權。由此，日本國內出現了南、北兩位天皇，這南、北天皇並立的五十多年，被稱作南北朝時期。
在對峙的五十多年中，南、北兩朝在政治上針鋒相對，互相論證己方的皇室為正統，在軍事上也是征戰不休。在對峙初期，由於北朝有實力強大的足利尊氏為後臺，故而在軍事上佔有絕對優勢。反觀南朝，名將名和長年、結城親光、新田義貞等相繼戰死。1348年，北朝足利尊氏的大將高師直率領大軍攻打南朝，南朝的楠木正行、楠木正時率軍應戰，由於雙方實力相差懸殊，南朝大敗而回，吉野朝也被攻陷，當時在位的後村上天皇倉皇逃往賀名生(今奈良五條)。但是北朝的形式也不容樂觀，繼足利尊氏上任的足利直義和足利家重臣高師直為了權力之爭，矛盾日益表面化。圍繞雙方的鬥爭，北朝內部爭亂四起，政治鬥爭失勢的足利直義無奈之下歸順了南朝。南朝接受了中國大陸明朝皇帝的冊封，受到明朝的支持，實力有所加強。雙方指揮武土集團征戰不已，內亂也隨之擴展到全國範圍。
足利義滿
就在南、北兩朝自佔山為王、爭鬥不休的時候，足利氏出現了一代明主——足利義滿。他善用權術、處世公平，加之足利氏的強大軍事力量，使他在全國享有極高的威望。戰亂給南北朝帶來了沉重的負擔，在硝煙下生活的百姓早已疲憊不堪，南比統一成了大勢所趨。1392年，終於在足利義滿的呼應下，南朝的後龜山天皇和北朝的後小松天皇達成共識，交互繼承王位——南北統一正式達成。
南北朝的存在是在武士政權大奏凱歌時出現的一個與時代潮流不相符的音符，在武土政權大行其道的當時，皇族政權是逆歷史大勢而行的，它最終還是會被歷史的車輪碾碎。隨後出現的室町幕府又迴歸到了歷史的主旋律。在南北朝時代的初期，鎌倉幕府滅亡，在南北朝時代的後期，室幕府開始起航一一南北朝在混亂中開創了新的篇章。
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