日军空袭锡兰后，自1942年4月起，英国皇家海军在印度洋的主要基地只剩下肯尼亚蒙巴萨附近的马林迪。此时，大西洋战争仍在激烈进行，要想保护从大西洋到比斯开湾以及苏联北极港口摩尔曼斯克的护航运输队，英国皇家海军着实有点捉襟见肘。
地中海被轴心国空军一分为二，英国皇家海军地中海舰队以亚历山大为基地，H分舰队则以直布罗陀海峡为基地，两支舰队不得不独立作战，二者只有突破德军对于马耳他的长久围困，才能够合二为一。这时，澳大利亚皇家海军和新西兰皇家海军经常参与美国海军的作战行动，他们要么编入第3舰队作战，要么编入第5舰队听从调遣，有时也和麦克阿瑟的西南太平洋司令部一起执行任务。
尽管美国海军可以单独打退日军，但英国海军太平洋舰队也发挥了不可或缺的重要作用，例如保护第3或第5舰队的侧翼，打击日本空军的增援部队。随着《租借法案》的实施，美国为英国提供了大量的物资和培训，英国皇家海军航空兵部队通过培训受益匪浅。
起初，英国皇家空军负责为海军航空兵培训飞行员，但随着战争日益激烈，飞行员的需求日趋紧张，甚至供不应求。英国皇家空军很难找到闲置的场地、飞机和教练员，到了最后，每架原本应当配备2名飞行员的轰炸机通常只配备1名飞行员。
为了解决这一问题，美国海军提出“托尔斯计划”，以美国海军少将托尔斯命名。根据计划，英国飞行学员和美国飞行员一起在佛罗里达州彭萨科拉空旷的空军基地一起培训。一旦考试合格，这些英国学员就将进入设在加拿大的皇家空军站，然后由海军航空兵部门按照皇家海军的方法对其进行实战培训。
随着英国皇家海军“卓越”号航母和美国海军“萨拉托加”号航母在苏门答腊岛实施联合作战，终于拉开了皇家海军大规模介入太平洋战争的序幕。接下来，英国东方舰队不断发展壮大，来自不同航母上的飞机经过编队演习后，很快就可以对荷属东印度群岛上的炼油厂单独发动大规模空袭。
总体而言，英国太平洋舰队是皇家海军中力量最强、最均衡、补给最充足的部队，虽然实力远远落后于美国海军，它却把与美国海军并肩作战的澳大利亚皇家海军、新西兰皇家海军以及加拿大皇家海军整合起来。1944年11月22日，在使用美国海军相关基地的请求被正式拒绝后，英国把澳大利亚新南威尔士州的悉尼作为主要军事基地，航母舰载机的航空站设在瑙拉。
在补充燃料方面，悉尼的距离太过遥远，英国人于是在阿德默勒尔蒂群岛的马努斯岛建立了前进基地，这个地方被英国官员曾评价为“长着棕榈树的斯卡珀湾”。与此同时，英国东方舰队被改编为英国东印度舰队，回撤到亭可马里。
起初，英国太平洋舰队曾经考虑将印度作为军事基地，却遭到长期被英国殖民的印度人的拒绝，虽然英国承诺战争一结束就允许印度独立，但后者仍不准许英国人这么干。这样一来，能够作为基地的只有澳大利亚，但这时候的澳大利亚全国仅有700万人口，英国太平洋舰队却打算招募67.5万人从事舰队训练、医疗救护和陆上设施等工作。澳大利亚的经济和人力资源本身就很紧张，这样一来，英国太平洋舰队的兵源只能从美国和澳大利亚军队中招募。
当时，伦敦方面并不了解内情，至少是布鲁斯·弗雷泽海军上将不怎么知情，他在1944年12月10日访问悉尼时，错误地认为是澳大利亚人主动请求英国太平洋舰队前来相助的，因此会提供所需的资源。两天后，澳大利亚代总理弗兰克·福德宣布为英国太平洋舰队提供21156500英镑。紧接着在1945年1月，美国陆军上将麦克阿瑟同意将美国在澳大利亚的物资储备出借给英国太平洋舰队。
即便如此，英国人犹嫌不足，很快地，澳大利亚就意识到英国太平洋舰队的贪得无厌，就连澳大利亚军方领导人都开始抱怨。1945年4月，英澳之间因海军资产问题的矛盾日趋激化，弗雷泽公开批评澳大利亚政府处置不当，又引发了一场外交冲突。最终，澳大利亚同意补偿英国太平洋舰队6562500英镑，但弗雷泽仍然不太满意。
随着战争的进行，英国太平洋舰队不断发展壮大，舰只也不断更新换代。到第二次世界大战结束时，它已拥有4艘战列舰、18艘航母和300架舰载机、11艘巡洋舰以及一些小型军舰，例如驱逐舰、炮艇、潜艇等，还有一些补给船，例如潜艇补给船、驱逐舰母船、维修船、医疗船、油船、物资船和给水船。
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