在东京的日本帝国大本营，决策层对下一步的作战计划各持己见。有很多人仍想按照原计划隔断澳大利亚和美国的联系，从而将太平洋战场一分为二。也有人反对，认为当务之急是要建立防线，这种观点在杜立特空袭东京之后得到了更多的支持。占领中途岛就属于这种谨慎作战行动，日本人企图诱使美国海军太平洋舰队出动，然后予以歼灭。在中途岛战役中，日军“瑞凤”号航母负责近距离空中支援，“凤翔”号航母负责为山本五十六亲自指挥的主力舰队护航。
当时，山本本人乘坐旗舰“大和”号战列舰，配备9门18英寸口径火炮，火力非常强大。南云忠一指挥的第1航空舰队为登陆行动实施远距离策应，准备随时攻击进入该海区的美军太平洋舰队。山本五十六的主力舰队在300英里之外，负责歼灭未被南云舰队干掉的美军舰机。为了分散美军注意力，日军派出“龙骧”号和“隼鹰”号航母组成的突击队，袭击驻阿拉斯加附近阿留申群岛的美军部队。
令人不可思议的是，南云虽然有着指挥航母作战的丰富经验，却不能参加讨论作战计划的会议，而只是执行上司的命令。甚至早在珊瑚海海战之前，有关的作战计划就曾引起过巨大争议，南云的参谋长草鹿龙之介认为，鉴于整个舰队刚刚袭击了珍珠港，远未做好下一轮进攻准备。日本舰队的船只需要维修，而非简简单单地添加燃料、装满物资。损失的飞行员需要更优秀的人选填补，新兵员需要训练才能投入战斗，老兵在连续作战后急需休息。
渊田美津雄也赞成草鹿龙之介的看法，他认为眼下经验丰富的飞行员实在太少，尤其是从锡兰战场回来的飞行员大都被派到其他战场。此外，袭击阿留申群岛美军的做法，也在一定程度上分散了舰队力量。渊田美津雄甚至认为，日军占领中途岛其实毫无意义。日本第2航空战队司令官山口多闻也支持渊田美津雄等人的观点，但反对派的声音却更高。
渊田美津雄甚至试图通过参谋佐佐木取得和山本五十六的联系，却未能实现。当时，没有人想到要向富有航空作战经验的指挥官请教，渊田美津雄有关日军主力舰队距离战场太远的担心，被比他军阶更高的军官轻而易举地排除了，后者认为美国海军太平洋舰队此时已经不堪一击，他们根本不把配备有高射炮的美军重型战舰放在眼里。
日军过于自信，低估了美军实力，酿成了更大的损失。此时，美军已经破译了日军情报，对其动向了如指掌，而日本人还蒙在鼓里。在对情报进行认真分析之后，美军太平洋舰队尼米兹确信中途岛就是日军下一个进攻目标，他和远在华盛顿的金上将交换了想法，两人一致认为占领中途岛后，日军下个目标就是夏威夷。
他们开始考虑究竟是把航母推进到太平洋深处，将日军阻止在中途岛，还是集中主力保护夏威夷。夏威夷不仅地理位置优越，还是重要的战略基地，此外，岛上还有着大量的美国居民。第三个办法就是把现有兵力一分为二。金认为，应该集中兵力保卫中途岛，如有需要再撤回夏威夷。
1942年4月28—29日，日本人在“大和”号战列舰上召开一次重要会议，讨论下一步作战计划，这是渊田美津雄和源田实表达自己想法的最后一次机会。会上，那些高官们认为渊田美津雄、源田实以及其他一些反对者的意见稀奇古怪，他们甚至重温了南云舰队的作战经验，看看能不能从中学点什么。渊田美津雄再次提议应当成立一支独立舰队，与山本五十六的第1舰队一起，协同6艘航空母舰、“大和”号战列舰和几艘巡洋舰实施作战。
然而，渊田美津雄的见解再次被置之不理，在距离“翔鹤”号航母在珊瑚海海战中受到重创不到一星期的情况下，长官们仍然充耳不闻。在珊瑚海战役中，他们就应当意识到美军远非想象的那样不堪一击，恰恰却是势如破竹。日军的失败是因为判断失误，尤其是山本五十六没能料到美国海军正日益恢复和壮大起来，美国的工业优势日益凸显出来。
日本海军情报系统似乎也出了严重纰漏，再加上计划不周、忽视对手的真正实力以及轻视中级军官例如渊田美津雄和源田实等人的经验，使得情况进一步恶化。很明显，美国海军航空兵经过战争洗礼，正变得越来越有信心，越来越有实力。
日本人认为美军在太平洋战场上只有2艘航母，事实上却是3艘，分别是斯普鲁恩斯海军上将麾下第16特混舰队的“企业”号和“大黄蜂”号，弗莱彻海军上将麾下第17特混舰队的“约克城”号。甚至在规划诸如突袭中途岛这样的大型作战行动时，日本帝国海军仍然忘不了分散部分兵力实施佯攻。
5月30日，为了攻打马达加斯加的迪耶果-苏瓦雷斯港（今安齐拉纳纳），日军动用了袖珍潜艇。这个港口此前被英军部队占领，这是英国人独自进行的最后一次大规模作战行动。当时，英军无法穿越地中海前往埃及，要想保卫苏伊士运河，就只能绕道南非好望角，这是唯一一条线路。
轴心国军队一旦占领马达加斯加，就可以在此拦截美英盟军的护航运输队。因此，英国海军少将赛弗雷特率领一支小型舰队（包括航空母舰“光辉”号和“不屈”号、“拉米利斯”号战列舰、2艘巡洋舰和11艘驱逐舰）进攻苏瓦雷斯港。
5月30日，日军袖珍潜艇击中了“拉米利斯”号战列舰，却未能将其击沉，这艘老式战列舰不得不维修了12个月。第二天，日军袖珍潜艇在悉尼发动了类似的攻击，但一无所获。倘若这些日军袖珍潜艇对美国海军舰队的某个主要锚地、港口或者巴拿马运河实施攻击，效果也许会好出许多。上述作战行动的唯一作用，就是证明了日本帝国海军在第二次世界大战期间曾经到达的最西和最南战场。
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