元太祖鐵木真出身於蒙古貴族，當時蒙古族信奉薩滿教(即珊蠻教)。薩滿教是比較原始的宗教，它反映了人類對萬物萬靈的崇拜。男女神巫被稱為薩滿，他們用跳大神的方式向天地祈禱，既充當天神的代言人，又代表人們向天神許願。這種原始宗教沒有創教的祖師和教主，沒有完整的倫理和哲學體系，也沒有固定的活動場所或寺院，神巫不完全脫離生產。由於薩滿教比較原始，對於要以武功征服世界的鐵木真來講，薩滿教不能發揮“以道護國”的作用，所以鐵木真喟嘆道：“薩滿和天神的距離比常人還遠，我們帶著薩滿隨軍，只是為了隨俗而已。”
鐵木真號封為成吉思汗以後，他在征伐金、西夏的過程中，發現道教在宋、金統治地區很盛行，道教中的一派全真教在中國北方勢力很大，成吉思汗在出兵西域途中，委派近臣持詔迎請全真教主長春真人丘處機去宣道，詔書中寫道：“我這裡常思量著神仙你，我不曾忘了你，你休忘了我。”丘處機當時已七十二歲高齡，他應召北上，同十八位弟子一路上飲風餐露，眠冰臥雪，經過長途跋涉後會到了成吉思汗。他竭力勸阻成吉思汗製造殺戮，此外，他還獻上了養生之術，甚得成吉思汗歡心，丘處機被封為“大宗師”，掌管天下道教。成吉思汗還諭旨各地，免徵道教徒賦稅，因此道教有了很大發展。
成吉思汗死後，其第三子窩闊臺即位，他對道教仍很重視，他獎勵道土獻經，並大力資助修建道觀。但也並不排斥本民族信奉的薩滿教，他的親屬曾請薩滿為他驅邪治病。事情發生在窩闊臺率領大軍出師居庸關去伐金的途中，忽得暴疾，人事不省，隨侍左右的人慌了手腳，連忙請薩滿為窩闊臺祈禳，卻不見效，薩滿宣稱：“全國被殺的軍民，屍積如山，引起神的震怒，向神祈禱無效，唯一的辦法是由一位親王領罪而亡。”
這時窩闊臺的弟弟拖雷從戰場歸來，聽了薩滿的話後，他表示願意代替哥哥去領罪。薩滿就對盛滿水的木缽唸了咒語，而後用缽中的水洗滌窩闊臺的身體，拖雷接過木缽，他禱告以後把木缽中洗澡水喝下去，拖雷因此病倒了，不幾日就死去，而窩闊臺卻病癒。
但薩滿教畢竟不如其它有組織、有完整哲學思想體系的宗教，在蒙古疆域越來越大的情況下，越來越多的宗教呈現在蒙古貴族們的面前。除道教外，還有基督教、伊斯蘭教、佛教、猶太教、喇嘛教(藏傳佛教)等，蒙古貴族們信奉的宗教也就逐漸開始多元化。當貴由繼承窩闊臺的汗位後，他對基督教很有好感，這是由於他受王傅合答黑的影響，合答黑是個基督教信徒，他對貴由的影響頗深。
蒙哥接替貴由執政後，他樂於同道士打交道，曾多次召見全真派道長李志常，並賜以重金，蒙哥委派李志常代表他到恆山、泰山、衡山、嵩山、華山等地去祭天。蒙哥不僅重視道教，他對伊斯蘭教也很尊重，這是由於他受母親唆魯禾帖尼的影響，唆魯禾帖尼出身於蒙古族克烈部，按部族傳統信奉景教(基督教的一種)，可是她對伊斯蘭教很崇敬，對伊斯蘭教給予支持，她曾出資修建伊斯蘭學校，併購買村莊捐贈給伊斯蘭學校作為資產，她還經常向貧窮的伊斯蘭教徒施捨財物。蒙哥從小就受母親的影響，因此，他掌權以後就大力扶持伊斯蘭教，親自對伊斯蘭教徒作施捨。
蒙哥死後，他的弟弟忽必烈繼位，這時國家從分裂走向統一，改制稱元朝，當他率領軍隊向吐蕃進軍時，會見了當地喇嘛教薩迦派代表人物八思巴，忽必烈即位後就拜八思巴為“國師”，封他為“大寶法王”，並派他為吐蕃地區政治領袖，從此確定了吐蕃與元朝政府的隸屬關係。元朝由忽必烈開端，拜喇嘛為國師，以後各代皇帝都循例奉養喇嘛，因此喇嘛地位十分顯赫，他們除做佛事外，還參加政治、宗教、文化活動，喇嘛教由此成為蒙古貴族們的主要信仰。
忽必烈死後，蒙哥的孫子鐵穆耳繼位，他一上臺就宣稱要奉好先朝成規，其中包括扶植道教、喇嘛教。他曾想幹預部下的宗教信仰，強制他們信奉某種宗教。有人向他告發，他的堂兄弟阿難答信奉伊斯蘭教，並且其統率下的軍人也都成為了伊斯蘭信徒，鐵穆耳對此非常生氣，就派人向阿難答傳達命令，要求阿難答停止齋戒，立即到喇嘛寺廟中去燒香磕頭。阿難答拒絕執行這項命令。
鐵穆耳大為惱怒，下令把阿難答囚禁起來，而阿難答仍不悔改。鐵穆耳的母親伯藍也怯赤勸告說：“阿難答有很多軍隊，他統轄下的軍民都是虔誠的伊斯蘭信徒，如若他們叛亂，那就不得了，你還是讓阿難答自己選擇信仰吧！”這番話打動了鐵穆耳，他就釋放了阿難答，並對他加以撫慰，待之以禮，派遣他回去繼續統轄軍民。從此以後鐵穆耳就不再限制部下的宗教信仰。
元朝統治者對各種宗教不加限制，唯獨禁止白蓮教活動，他們防止白蓮教徒秘密結社。但事與願違，白蓮教在長期禁錮下，仍在秘密活動，當元末韓山童，劉福通起義時，他們仍然繼承白蓮教傳統，向彌勒佛燒香磕頭。元朝最後40多年，統治者日益腐化，每年用於佛事的錢物，多得驚人，而作為“帝師"的喇嘛依仗權勢，無惡不作，元朝末代皇帝妥歡帖睦爾，受喇嘛伽璘真的蠱惑，終日沉溺酒色，不理朝政，盛極一時的元帝國最終土崩瓦解。
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