藏密
廣東韶關的南華寺，建於何時？南朝梁武帝天監元年。
梵僧智藥三藏率徒，來五臺山禮拜文殊菩薩，路過廣東的曹溪口時，掬水一飲，覺此水甘美異常，溯溪到源頭，環顧四周奇秀的山川，流水潺潺，向徒眾說：“此山可建梵剎，吾去後一七Ο年，將有無上法寶於此弘化，得道者如林。”韶州官員將此事上奏朝廷，梁武帝準其所請，敕頒寺額為寶林寺，梁武帝天監三年建成。
六祖慧能未出家前，家貧在市集賣柴，聞有人誦《金剛經》，駐足聆聽，問人：“何處可學此經？”有人報知：“蘄州黃梅馮茂山弘忍禪師，勸持此法，說可見性成佛。”慧能備妥奉養母親的財物後，即北上蘄州黃梅。在廣東韶陽遇常誦《涅槃經》的無盡藏比丘尼，慧能為他辨析經義，無盡藏大為歎服，勸慧能待在寶林寺修行。慧能志在參學，婉拒了，轉輾到蘄州黃梅。
經弘忍大師多方測試，知慧能是可寄法之人，密將法衣傳授，叮嚀他：“後世受吾衣者，命若懸絲，小子識之。”慧能離開黃梅，隱藏在廣東的四會、懷集兩地之間獵人堆中，長達十七年。
廣州法性寺（今光孝寺），印宗法師開講《涅槃經》，法會上，慧能因論“不是風動、幡動，是仁者心動”，印宗法師方知他是五祖傳人，為他鬀度，並在法性寺受滿分戒，又應證了梁朝末年真諦三藏在法性寺的預言：“此後一百二十年，有開士（菩薩）於其下，說無上乘，度無量眾。 ”慧能受具足戒後，返回逃亡時待過的寶林寺，大弘五祖弘忍的“東山禪門”，人稱曹溪法門，長達四十六年。
唐玄宗先天二年八月三日，六祖在廣東新州國恩寺忽然示疾，有人問：“和尚入滅後，衣、法當付何人？”六祖說：“今為汝等說法，不付其衣。”又說一偈：“兀兀不修善，騰騰不造惡，寂寂斷見聞，蕩蕩心無著。”用完飯食，沐浴更衣，氣息漸微，雙目合瞑，永辭世間。王維撰《六祖能禪師碑銘》：“飯食訖而敷坐，沐浴畢而更衣，彈指不絕，水流燈焰，金身永謝，薪盡火滅。”
六祖肉身不壞，奉於龕內。十一月初，廣州、韶州、新州三郡的官僚，及門人僧俗，爭迎六祖真身，眾人無法決定。於是焚香向六祖禱告：“香菸指歸何處，就是六祖歸向之處。”結果，香菸直貫曹溪寶林寺。十一月十三日，六祖神龕及所得衣缽，遷歸寶林寺。隔年七月，六祖全身出龕，以薄鐵片、漆布固定頸部，再供奉塔裡。
唐代的達官、詩家，如宋之問、張燕公、武平一等，都曾到寶林寺瞻仰六祖真身，有詩讚雲：“大師捐世去，空餘法力在；遠寄無礙香，心隨到南海。”黃巢作亂，侵犯寶林寺，盜走六祖的左指一節，至迷軍山，忽然四下生起黃霧，大軍失去道路方向。黃巢知是六祖威德不可犯，將左指送返寺裡，禮謝而去，並舍一塊軍營之地，作為“供瞻田”，將此田稅供養六祖真身，至明末還有一塊名為“黃巢田”，魔王因緣際會而成為護法。
唐末，劉隱在番禺（今廣州）稱王，每逢上元節，迎請六祖真身入城，焚香祈福。宋太祖平定南方後，改寺名寶林為南華。韶州大盜周思瓊，兇暴跋扈，焚燒寺塔，眼看大火燎原燒到六祖真身了，平時六祖肉身要好幾個人才搬得動，這時煙火逼近，兩位僧人抬著，輕得像是麻布與漆的夾紵而已。
到了明末，南華寺過了八百多年，歷經天災、人禍、兵燹，叢林遭民佔據，開設賭局淫房，大好風水破壞殆盡。這時，憨山德清大師，因朝廷遷罪，發配到廣東雷州充軍。正逢雷州旱災，憨山大師發起民眾掩埋屍體防止疾疫，又啟建道場超度亡魂。當地官民不嫌他是帶罪之身，經常請他說法，更請他住持南華寺，開始了他中興南華寺的事業。
憨山大師仔細觀察南華寺的形勢，發現了六祖當年的用意，全山有如一頭雙牙跪地的大象，山形完整，卻遭後人無知之輩濫建，壞了風水寶地，以致僧人多有意外之災。憨山大師建請幾位地方官員，合力將佔據寺產的流民惡棍勸離，然後按著原來的山勢，補填缺口，興建僧房。
六祖真身，雖經八百多年，宛然在世，寺裡僧人“朝暮茶湯”早晚供茶供水，香燈供奉如生。憨山大師以六祖肉身不壞之相，告誡寺裡沙彌：“人人一個臭皮袋，死了三五日，便臭爛不堪。為何六祖一具肉身，千年以來，如生一般？此是何等修行，得如此堅固不壞？”只要參透“本來無一物，是個什麼？如何是不惹塵埃的光景？”若參到自信不疑，就能真見六祖的真面目。
六祖為世間留下全身舍利，以顯“戒根堅固，慧命延長”，六祖嚴守戒律，雖已入滅，但是慧命永存於世，有如法身常住。憨山大師在給山陰王的信裡，勸他學佛方能享受法性真常，大師說：“觀佛骨金剛舍利的光明，是以不生不滅之心，薰這有漏身軀，使佛性常住不壞。只要在南華寺瞻仰了六祖的全身，便信佛言不妄。”有人勸憨山大師隱居，大師說：“六祖道骨如生，乃法身常住。若依此中，則與法相依為命。”六祖道骨，如佛的常住法身，吾人只要與“法”相依為命，就是安全無憂之地。
明熹宗天啟三年，憨山大師七十八歲，居南華寺。十月十一日，大師飲水沐浴，焚香開示：“大眾！當念生死事大，無常迅速。”一心端坐而逝。過了三日，面色如生，髮長唇紅，鼻端微微流汗，手足柔軟如綿，奉於龕內。二十年後開龕，大師“全身堅固，衣服鮮明，爪發俱長，皮膚黃白，光潤如生。遂金漆護之，同六祖肉身供養。”（見蕅益大師〈十八祖像贊〉）
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