光緒二十三年（1897年），董福祥在平定河湟回亂之後，奉命率甘軍進京。隨後被編入榮祿的武衛軍，與袁世凱的新建陸軍、聶士成的“武毅軍”共稱北洋三軍，駐防河北、山西。過了兩年，再次復任甘肅提督。
自甲午戰爭之後，大清的國際地位一落千丈，列強加快了瓜分中國的步伐，百姓不堪清廷和外國的經濟掠奪，於是出現了暴力運動“義和團”。義和團是從反教會開始的，主要針對耶穌教，他們拔電杆、毀鐵路、燒教堂、殺洋人和教民。列強遂要求清廷出兵鎮壓，如果清廷不鎮壓，他們就出兵鎮壓。清廷當然惹不起洋大人，比起來捏義和團要容易得多，於是答應每國進京兵力不超過30人，實際上進京兵力遠遠超過了這個數。
為了加強京畿防衛，慈禧遂召董福祥入京。1900年6月9日，董福祥率部進入北京，駐守永安門。11日，日本使館書記生杉山彬乘車欲出城郊探望進京保護使館的日本警衛隊24人，董福祥部營官喝問“何人”，杉山彬據實回答，然而，話未說完即被營官抽刀刺殺，並以馬糞侮辱其屍。事後，慈禧趕緊派榮祿及啟秀到日本使館致歉，並召董福祥及端郡王載漪面斥，準備懲治兇手，但李鴻章認為，如果懲罰董部，恐怕引起甘軍譁變，慈禧一想也是，鎮壓陝甘回亂，董福祥立下汗馬功勞，於是作罷。載漪事後稱董福祥是了不起的好漢！
也就是在6月11日這一天，英國海軍中將西摩爾率領八國聯軍2000多人乘坐火車由天津駛往北京。12日，義和團與董福祥、聶士成部聯合阻擊，切斷了侵略軍與天津的聯繫，將其包圍在廊坊、落岱、楊村一帶，打死打傷敵軍300餘名，西摩爾潰不成軍，被迫退回天津。
聯軍當然不肯罷休，16日夜裡10點左右，聯軍艦隊向天津大沽炮臺的清軍守將羅榮光讀了最後通牒，限令中國守軍在次日凌晨2點之前必須讓出南北炮臺，以便聯軍進駐，否則將開炮奪取。羅榮光當即拒絕了最後通牒。在距通牒最後時間70分鐘的時候，聯軍開始向大沽炮臺開炮，清軍立即還擊，戰爭正式爆發。結果清軍僅抵抗了6個小時後，南北炮臺即相繼陷落。
慈禧知道先要有大清國，才有她的統治地位。於是聽信了義和團能夠刀槍不入的神話，在主戰派官員佔多數的情況下，遂於光緒二十六年（1900年）6月21日正式對七國宣戰（因為這時日本還未參加），命令榮祿攻打使館區。榮祿因怕當替罪羊，先是裝病交出兵權，後因懿旨難違，便命只裝備有土炮的董福祥部圍攻東交民巷使館區，而按下自己有德式裝備的武衛中軍。也就在這一天，德國公使克林德離開東交民巷，前往清政府總理衙門交涉公使撤離之事，在途中恰好遇上載漪的虎神營官兵巡邏，克林德也被清軍擊斃，這就是著名的“克林德事件”。
7月14日，七國聯軍完全佔領了天津。然後各國主張增兵後才進攻北京，遂同意日本加入。於是日軍第5師團8000餘人趕到天津。因為德國堅持要等到自己的遠征軍到達後再前進，所以向北京進發的實為“七國聯軍”。
8月14日，16000餘聯軍輕鬆攻進北京，10餘萬清兵防禦完全崩潰，然後蠻夷開始大肆燒殺淫掠，放火了燒了圓明園，劫掠一空！董福祥率軍在廣渠門與英國軍隊作戰。下午2點，廣渠門被攻佔，董福祥後撤至東便門、朝陽門、正陽門一帶繼續抵抗，擊斃了沙俄軍團長安寧科夫，擊傷其將軍。清軍兵敗如山倒，8月15日，慈禧攜光緒帝西逃，董福祥以隨扈大臣護駕。嗚呼！唯一一個能打的將軍在亡國時刻卻被慈禧老妖婆調去當了保安。
慈禧一路西逃，餐風宿露，終於嚐了一回難民的生活。先是到了山西太原，隨後繼續向西，於10月26日抵達西安。於是派李鴻章議和，接下來就是割地、賠款、籤合同及懲辦主戰派官員，120餘名主戰官員被殺。董福祥自然被指控為“首兇”，要求清廷將其處死。慈禧在維護統治方面倒也不糊塗，因為董福祿護駕有功，於是百般迴護，最終以革職永不敘用論處。董福祥對此決定非常不滿，一度計劃自行招募軍隊赴山西繼續戰鬥。慈禧恐其破壞和談，令光緒帝賜其手書：“他日聞鼙鼓思將帥，舍爾其誰屬哉！”要求他守時待變，以圖再舉。於是董福祥回到寧夏固原，終老田園。但比起被殺的官員，也算不錯的結局了。
等到李鴻章在北京把一切都擺平了，洋兵也退出了北京。1901年10月6日，在西安住了一年多的慈禧開始鸞駕返京，像打了勝仗似的吹吹打打地回到了北京。
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