（1）：心乃万象之主宰：万象，指宇宙间一切事物和现象，开篇第一句，便讲明了心与万事万物的关系及作用。
（2）：佛家注于明心，道家注于修心，儒家注于存心，皆不离心为道：佛家注重“明心见性”，即明澈人人本自具足，清净无杂的妙明之心；道家注重”修心炼性“即运用一定的修炼方法和理论指导，使心性还于本原，返璞归真；儒家注重”存心养性”，即以仁义礼智信为主导思想，含养心性而至圣人。佛、道、儒都是从认识自心入手，作为修持的根本。
（3）：其心有两性，一曰人心，二曰道心，也即有“惟危”、“惟微”、之别：心，可表现为两种性质：一是人心，二是道心，且具有人心“惟危”和道心“惟微”的区别。人心，指人们进行判断的意识之心，它是由无数的刹那生灭而又连绵不断的念头组成，随时都在喜怒哀乐情欲中翻转，加上贪著、嗔恨等念，更使得意识心难以预测，变化无常。因此古人有“人心惟危”之说。道心指心性的本体，无形无相，人人具足，微，具有玄妙无穷难知之意，以此形容道心，必须有大智慧观照，方能证悟到。朱熹在《朱文公文集。答郑子上》中指出：“此心之灵，其觉于理者，道心也；其觉于欲者人心也。”并认为情欲不加控制则流于不善，所以是“危”，道德意识潜存于心灵深处，所以为惟“微”。
（4）：守心而执象：守持虚妄之心，执着于事物的表象和外在形式。
（5）：理气难半道辨：理、气在此分别指事物本体规律和现象，理气难辨指人们对事物的本质现象分辨不清，互相混淆。
（6）：无极混沌：道家专用语，指宇宙万物未化分形成之前的道体性状。
（7）：感物而动，见境情生：指人们通过感应万物而起思维判断，见到外在境象而生七情六欲。
（8）：其性为欲性，其心即尘心是也：指人心受欲念的驱使，因此人心以“欲”为其特性的。尘心，即离失清净本心，受欲念熏染之心。如佛家为，众生的尘心都含有贪、嗔、痴三种不善根而起的。
（9）：心性合一，神形专原：指人去除种种欲念、染著而使心归还于如如不动的本性，心神与形体静寂统一，神不外驰而形神相抱。
（10）：道心之性，人人皆有，而拘于气禀，蔽于物欲之中：静止无为，如如不动的心性，人人具有，但道心是体，以气为相，气，代表有形事物及其表现形式。体无形。相有形，体要通过相来表现，因此道心要禀受“气”表现出来，同时人的心性还被蒙蔽于各种欲念之中。
（11）：未生之心境：指未被欲念染著的性本来境界。凡夫后天的每一个起心动念，都是攀缘我执和贪嗔痴等根本烦恼，成为有杂染的心。但心性本身是清净无为的。因此，称之为未生之心。
（12）：平常心：指自本清净之心。
（13）：华藏无相法门：华藏法门，指华藏的修炼方法和途径。无相，为佛家术语指一切事物、现象都是由因缘聚合而成，都处于成、住、坏、空的运动变化之中，是因缘的幻化与显现，在本体上是空的，即缘起性空。因此事物最本质的实际性状是无相，即没有永恒不变的实相。无相法门，是破除一切虚妄，直达本源的根本修持大法。因此佛家称赞华藏法门是一真法界（最高境界）的大总持门。其智慧与道体相合
（14）：潜固有之心，本然之性：指清净无染，本自具足的心性。
（15）：佛者，具统体大道之智慧：佛，意为觉者，是自觉觉他、觉行圆满的成就者。佛是一切智者，其智慧与道体相合，能体察宇宙万物的一切实相。
（16）：尽其心者，即知其性：证悟到自身及众生心念的虚妄、染着和空性，即可明了众生的本来心性，从而达到心性合一。
（17）：知其性者，则知宇宙十方世界之察：彻悟本心，见到了心性本体，就明了了一切事物的本源，就可以体察到宇宙中一切事物的发展变化规律。
（18）：天人万物本同一体：即万物同源，古人认为一切事物都源于“道”并由阴阳二气相互作用而形成，即道生一（太极）一生二（阴阳）二生三（天地人），三生万物。
（19）：四时：指春、夏、秋、冬。
（20）：四端：为儒家用语，指仁、义、礼、智四种道德观点的端绪、萌芽，孟子云：恻隐之心，仁之端也；羞恶之心，义之端也；辞让之心，礼之端也；是非之心，智之端也，犹其人有四体也，即四端与四体一样，是人们生来固有的。
（21）：天地具性，人性悉知：土地万物所具备的性体和特性，人们通过心性的功用都可体察、感知而获得。
（22）：尽性致知：明了自性，通晓事理。
（23）：致知之功，由格物入门：格物，儒家用语，意为度量，推究事物，遍知事物的功用，要从深入审衡、推究事物的原理入手。
（24）：事物者，即流溯源学，经律三藏：审衡、推究存在的物体和现象，可研究、参考前人的经典或记载，将其作为认识客观事物的理论基础。如佛家的经律三藏，记载了释迦牟尼及其后来弟子证悟到的宇宙人生观和修持解脱方法，成了后人研习和认识事物的理论指导。
（25）：物欲之物者，即末本之学，物质之辨，三维世之现实是也：物欲，指在客观事物的基础上，加以主观的分析判断。末本，本意指树叶和根干。末本之学是指对事物的始终、原委、本源与派生关系等进行研究。三维世，即三维世界，指目前人们认识知的有形事物生存的空间。
（26）：若格事物而忘末本，则落于执象：如果单一地观察客观事物的外在形体或现象，而忘记结合事物本身的特性进行分析判断，就会执象在事物的表象上。
（27）：格物欲而不明心性之真，经藏之理，则落于顽空：若单凭主观意识分析判断事物，只知意识之心，不明心性的本源，不懂前人对客观物质世界所论述的真理，就无法寻求到事物的本源，将事物的本源归结为绝对空。顽空，佛家用语，指绝对的空。佛家是“不二法门”。空与有是相对的，任何事物都是虚、实高度统计一，是“真空妙有”，并非绝对的“空”或“有”。
（28）：一气不来即成秽臭：指人一口气上不来，生命就会终止，现有的肉身马上成为尸体而腐烂。佛曾问弟子：“人的生命于多久”？有人说：“在几天之中”，有人说：“在饭食之间”，佛说：你们都没有悟道，又有一弟子说：生命只在一呼一吸之间“佛说你悟道了。
（29）：不因生有，不因死灭，虚灵不昧之佛心也：不随生灭而断灭，灵明清净的心是人的自性本心。佛家认为，人虽有生死，外在躯体会经历形成、生长、衰老、死亡的过程。但人的自性本心是不生不灭、不垢不净、不增不减的，不随生死的有无而变化。
（30）：宇宙未判阴阳之时，气具于理，宇宙判分阴阳之后，理寓于气：理，指事物的本体和规律，气能够形成事物的精微物质，道家称其为精气。气也泛指有形物质。宇宙一片混沌，未化分成阴阳之前，精气含育于混沌的道体之中，宇宙判分阴阳之后，物质形成，则物质的本体和规律就隐寓在物质的形体之中。
31）：理为气之主，气者理之充：理是气的本体，气是理的充盈显现。
（32）：物象非理象不生，理象非物象不显：有形的物质脱离了无形的本体就无法形成，无形的本体和规律只有通过有形的事物才得以显现。
（33）：理、气、象会于天、地、人：理，（本体，规律）、气（有形物质）、象（物质运动变化所呈的现象）含盖了天地的运行，乃宇宙间一切事物的生长变化现律和现象，即任何事物都有理、气、象三个方面。
（34）：三相：指理、气、象。
（35）：贤人通气：贤明的人能够明察事物及变化。
（36）：圣人明理而三才皆汇：有智慧的人能通达天地间一切事物的本质和规律。三才，通常指天、地、人。
（37）：何为先天，生天者是：先天，指化生宇宙万物的本源体性，即如如不动，清净无为的道体。
（38）：何为后天；天生者是：后天，指本性中通过阴阳二气相互作用而形成的物质
（39）：宗动：宗气运行。宗气，由阴阳二气相互作用而化生万物的原动之气。
（40）：天：这里指道体。
（41）：造此天者谓之圣域：含覆道体的宇宙时空，被称作圣域
（42）：理之同归：指体性相合，同归一源。
（43）：有常之天：指有形之体所在的空间。
（44）：上应经纬，贤人之乐，伏人之心也：通晓天地间的事物是贤明人的乐趣，隐士的心境。
（45）：明善复初：返还清净无染的本心。
（46）：因果轮回：佛家用语。因果即因缘、果报，事物发展变化的内在因素是内因，外在可促成事物发展变化的条件是外缘。佛家认为，任何事物的发生、发展都是由因缘聚合而成。种下怎样的因，就会获得怎样的果报。轮回，指众生在生生死死的无尽的烦恼中轮转往复，不得解脱。
（47）：穷尽理性，至命合虚：通达宇宙间一切事理，身心还于虚净无染的本性。
（48）：圣神合天之心：有修证的人与道体相合的心性。
（49）：降裹：降生，包裹，指刚刚出生。
（50）：禀受：指禀持，受承先天之性。
（51）：覆昌万物：载覆长养万物
（52）体物不遗，两在不测：任何事物都不遗失道体。与道体相合而成一体，不可片刻分离而测得。
（53）：无物不理：没有哪一事物不含具其体性的。
（54）：先天下而开其物，后天下而成其务：指道体在事物形成之前，它是生化万物的总根，事物形成之后，又可载育成万物。
（55）：通权之变：变通，随机应变。
（56）：冰炭相投：冰冷、热炭。用以形容性质完全相反事物相互不容。
（57）：心若悬鉴：鉴，镜子。用以形容心性象悬于空中的镜子一样高远明净。
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