自從後金第一次入關直接把北京城給圍了，為了給北京城解圍把後金趕出關外，朝廷從各地調集軍隊前來勤王。因為北部邊境是邊防重心，軍隊比較多，援軍自然要從甘肅、陝西、山西等地調集；這些地區都是農民起義鬧得兇的地方，將軍隊抽調走勤王了，一部分還要守城，沒有什麼軍隊鎮壓起義軍，那李自成、高迎祥等人領導的起義軍發展迅速，陝西等地立馬變成遍地起義軍，陝西全境一片糜爛。
更糟糕的是朝廷沒有足夠的錢糧發給勤王的部隊；因為明朝規定軍隊在自身防區有固定的糧餉來源，可是一離開防區就要所經地區提供糧餉，因為軍隊一次只能準備足夠支用三天的糧食，每到一地由地方提供糧餉，這樣軍隊的控制權可以牢牢地掌握在行政官員手裡。因為東林黨主張少收稅，遼東軍費開支浩大，朝廷沒有足夠的銀子來支付糧餉了。就這麼欠著，採用了給軍隊不斷換防區的辦法來拖欠糧餉，因為軍隊到新駐地要到第二天才發餉。所以不要勤王軍隊在一個地方超過一天，甚至出現三天換了三個地方。就這樣拖欠糧餉也不是辦法，軍隊也需要吃的，沒完沒了的調動就出現了軍隊搶劫的問題；比如山西巡撫耿如杞就被朝廷以失職罪判處死刑；甘肅巡撫梅之煥因為缺餉士兵半路就譁變了。大量士兵逃離朝廷也沒有地方可去就加入了農民起義軍的隊伍。這下問題可大了，農民起義本來就是無組織無紀律，人數眾多但戰鬥力比較小，但是職業士兵本來就接受過系統的軍事訓練，比被武裝的農民能打，他們的加入農民起義軍戰鬥力立馬增強，這種情況下朝廷根本不可能短時間鎮壓農民起義。這也是明末農民起義的顯著特徵。這種局面對明朝極為不利，外部被後金打的很被動，內部數股農民起義軍在各省活躍，腹背受敵處境很嚴重。這也就造成後金進攻就派軍隊去打後金；農民軍大肆擴張再把軍隊調過來鎮壓，就這樣來來回回搞得軍隊疲憊不堪。
明軍去鎮壓農民起義軍還可以應對，但是要鎮壓同樣訓練有素的後金騎兵就不是個了。再說軍隊已經非常腐敗，吃空餉問題嚴重，好多將領把軍隊視為自己的私人武裝，所以這會比普通軍隊待遇好點，訓練也好點，戰鬥力自然強點，但這是他們在軍隊地位的基礎，怎麼可能拿出來跟後金去硬拼；最擅長的是象徵性的完成朝廷給的任務，看著是在追擊敵軍，實際上距離敵軍好遠，更不要提什麼交戰。每個將領都有自己的小算盤，希望敵軍去別人的地盤不要來自己的地盤以保存實力，這種各自為政的現象也很突出。這種樣子的軍隊後金還有什麼好怕的，敵國統帥都敢率領大軍親自跑來劫掠，從喜峰口入關一路大肆劫掠，暢行無阻，好像“得到了明朝默許一樣”，北方的經濟基礎被後金大肆破壞。
後金還沒走農民起義軍鬧得就夠兇了，好不容易後金退兵了；又要把軍隊調過來鎮壓發展大的農民起義軍；當起義軍眼看被鎮壓的時候後金又進犯，軍隊又調過去，這樣來來回回不斷地消耗明朝的各種資源。農民軍和後金這兩個軍隊都是很靈活的部隊，農民起義軍本來就是流竄作戰，很靈活；後金騎兵更靈活，明朝軍隊在長達數千裡的戰線上來回奔波，四下應付、疲於奔命，明軍根本不可能消滅任何一方。這種情況下明朝已經沒有改革內政的空間和餘地，朝廷哪還有精力和時間搞改革，只能為來回調集軍隊籌錢。要籌錢只能多徵稅，商稅想都別想，因為有東林黨在，那只有往農業稅上加收，再加上有權有勢的官員擁有免稅特權，大地主也有避稅手段，那稅收最終還是會加到無權無勢的農民頭上，農民的負擔會變得更沉重。農民忍受不了就會參加起義軍，沒有參加的農民繼續加派，最後也迫使造反，這就是惡性循環，農民起義會越剿越大，直到明朝滅亡。
當三邊總制楊鶴費了大量錢財才招撫了陝西境內幾支較大的農民起義軍，可是這時候遼東的大淩河堡之戰開打，大量軍隊調往關外，招撫農民起義軍錢財也沒了著落，被招撫的農民起義軍復叛。楊鶴的努力功虧於潰，崇禎下旨斥責楊鶴，楊鶴最終憂憤而死。
東江鎮的劉興治搞起內亂期間，東江鎮將領孔有德等人逃往山東半島的登萊；此時的登萊巡撫是孫元化，是孫承宗二次督遼時提拔到登萊巡撫的位置的，他是堅城大炮戰略的忠實擁護者；當時山東接收了大量遼東逃過來的難民，兵力緊缺，孫元化就從遼民中招募了三千人組成軍隊。後金一圍大淩河堡就從關內各個地方抽調軍隊去救援，孫元化直接命孔有德率領這三千人的軍隊去支援遼東。前面說了明朝的行軍制度，準備的行軍糧只夠用三天，每過一地要一點，這樣子。可是地域衝突很快凸顯，山東地區因為大量遼東難民的到來出現很多問題，山東官民都認為這是遼民帶來的，不僅百姓不喜歡遼民，將領、士兵以及行政官員對遼東兵也採取了不合作的態度，孔有德的軍隊每經過一地不僅什麼都不提供，還閉門歇業。人餓得慌了就回去找吃的；也就是在濟南北二百里的一個叫吳橋的地方餓的不行的士兵自己出來找吃的，有個士兵偷了農戶家的一隻雞吃了，這隻雞沒什麼，但是這家農戶是山東士紳王象春家的。王象春是純正的東林黨人，做過南京的吏部尚書。依靠權勢在山東等地集聚了大量田產和財富，王象春家在濟南，可他的田產遍及山東、河北。王象春家僕仗著有王象春撐腰，直接把偷雞的士兵扭送軍營，也都知道王象春是山東有頭有臉的人物，惹不起，就趕緊賠禮道歉。可是這個家僕卻堅決要求把偷雞的這個士兵殺掉；軍隊最後沒辦法，給這個士兵以羞辱性的懲罰——穿箭遊營；士兵無法忍受這種羞辱就團結起來直接把王象春的家僕給殺了軍隊譁變，王象春兒子知道後馬上要求地方官逮捕殺人者，譁變的士兵要求孔有德帶著大家造反，但是孔有德不幹，三千士兵還說誰要允許王家來抓人就把他殺了。前面還有毛文龍的惡劣先例，孔有德最終決定反了，率軍把王象春兒子一家殺掉，王象春自己也緊急逃出山東。孔有德很快率軍殺回了登萊，一路連克臨邑、商河等地，很快就抵達登州城下，孔有德本來就是受王化貞的恩，想勸王化貞也反了，但王化貞堅決不同意。孔有德強攻登州城，最終攻陷。俘獲六千山東兵（六千人居然沒有打過三千人）還有大量物資，另有二十門紅夷大炮，三百門西洋炮，但王化貞還是不肯造反，孔有德感念收留之恩放走了王元化，到達北京後就被朝廷處死了，還不如直接造反呢。看似是一隻雞引發的“吳橋兵變”，其實有它發生的必然性；國家已經沒有足夠的糧餉來供給軍隊了。獲得了紅夷大炮的叛軍更是戰鬥力增強，圍攻萊州。山東局勢一片糜爛。大淩河堡之戰結束後再次把軍隊調回關內鎮壓山東的叛亂，面對巨大的軍隊數量差異，叛軍在山東半島堅持一年之久被迫遠走海外，西面已經被包圍了。孔有德再次到達東江鎮投降了後金，後金因此獲得了紅夷大炮、西洋炮以及大量船隻。明朝的城防更是不堪一擊，用紅夷大炮不斷地轟炸總會轟塌。經過這麼一鬧山東半島是徹底荒廢了，明朝為此損失了數萬軍隊和大量物資。
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