民间传说的“六扇门”则是指捕快之中一个特殊的旁支。这个“六扇门”通常只接手江湖帮派斗争和久为官府通缉的要犯，同时与各大门派有相当的交情，在朝廷和江湖中都有着举足轻重的权力，江湖中有身份的人犯案只要不上动天庭，都可以不了了之。
古代衙门为显示威严、气派，多开六扇门。后遂以六扇门代指官府、衙门。
关于六扇门名称的由来。古代衙门以门为名，在这个建筑群里，各式各样的门户当然就具有头等重要的意义。不过最重要的是中轴线上的大门、仪门、宅门。故宫的门也是六扇。故宫每道门都是三个门，每个门两扇，共六扇。为了突出大门的重要性，大门前面有照壁，两侧有“八字墙”，门口有的还放置一对呲牙咧嘴的石头狮子。后来，六扇门指的是三法司衙门的合称。三法司衙门的合称，明清时分别指刑部、大理寺和都察院，元代指大宗正府、刑部、宣政院，宋代指大理寺、刑部、御史台，唐代只有大理寺和刑部，汉代指廷尉、御史中丞和司隶校尉，秦代《商君书·定分》：“天子置三法官，殿中置一法官，御史置一法官及吏，丞相置一法官。”这是中国最早的三法司。
唐贞观年间，朝廷初建六部。为彻底解决隋末农民起义的残余势力和各地绿林豪强，刑部建立“六扇门”秘密训练基地，训练新锐少年，名为“鹰犬”。
明朝万历年间，朝廷为了处理有关国家大事的案件，专门成立了一个集武林高手、密探、捕快和杀手于一体的秘密组织。因为这个组织的秘密性，又因为总部大殿是一个坐北朝南、东南西三面开门、每面两扇门总共六扇，所以叫做“六扇门”，组织成员因行动机密也叫总部为“六扇门”。因为这个组织行动诡异、手段凶狠、专办大案，民间广为传诵六扇门的威严恐怖。时间久了，六扇门在江湖上也就无人不知、无人不晓了。这个“六扇门”组织在查办魏忠贤的斗争中表现出色，但随着明朝灭亡也最终消失。
“六扇门”独特的社会地位和工作内容，形成了“六扇门”办案风格的神秘性。一方面，“六扇门”是朝廷之官，要接受正统的朝廷制度的约束；另一方面，“六扇门”又要直接和黑道的江湖人士打交道，必须要熟悉江湖规矩。正因为如此，“六扇门”的人进得衙门，出得江湖。他们遇到的事情千奇百怪，处理事情灵活多变；他们是衙门中的江湖人物，是江湖中的衙门掌门。他们代表衙门统管江湖一方，在江湖上拥有极大的权力，却也同时被不为朝廷效命的江湖豪杰所不齿。
《武林外传》中，如果一来些奇怪的人，老白经常心想：“诶呀，该不会是六扇门的人吧？”显然，六扇门是明朝专门逮捕罪犯的群体。曾逮捕了盗神：姬无命。当然，盗圣：白玉汤（后更名为白展堂）也是六扇门通缉的罪犯。六扇门里，有天下第一女捕头、白展堂的母亲白三娘，以及郭芙蓉的父亲郭巨侠，和他的徒弟四大神捕……
温瑞安在《四大名捕》中虚构了一个属于官府的组织——六扇门，专门办案。在明清小说中也有以六扇门代指衙门，温瑞安的虚构从此而来，而《武林外传》中的六扇门影射的是四大名捕。
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