具体的结果并不能确定，但可以肯定的是一定比现实中的情况好很多，至少在较长一段时间能保住半壁江山，甚至有希望收复一些失地。因为如果迁都对明朝而言虽然丧失了一些土地却少了一些劣势，而明朝的对手李自成和清军则增添了很多劣势。分别看看他们三家的情况会怎么变化。
一、明朝：保持相对于南明来说有更高效的政府运作和更团结的状态。
明朝的灭亡与其说是1644年李自成攻入北京崇祯自缢，不如说是1645年弘光帝朱由崧在南京被清军俘获。因为南京本来就具有“留都”的地位，在崇祯死后很快推举出了新皇帝朱由崧，弘光政权也拥有比李自成、清军更多的土地和军队。只有朱由崧被俘虏后，继续南逃的南明小朝廷才真正变成了“流亡政府”。而朱由崧的弘光政权不到一年就倒台，所存在的问题恰恰就是崇祯亲自到南京能够解决的。
朱由崧是崇祯的叔叔第一代福王朱常洵的长子。因为朱常洵是万历皇帝最宠爱的儿子（一度要立为太子，被群臣苦谏阻挠最终作罢），所获赏赐非常丰富，而被李自成残杀，尽夺其财富。朱由崧悲惨逃亡，终于躲到南京，正逢清军攻破北京，而南京马士英等大臣为了找一个与崇祯血缘近又没势力好控制的人当皇帝，才把皇冠戴到他头上。而朱由崧不仅重用马士英、阮大铖等奸佞，排挤史可法等正人君子，更是贪图享乐不思进取。而众王与大臣对其不服，导致弘光政权不到一年土崩瓦解。
试想如果是崇祯迁都南京，就不存在继承人纷争，崇祯是理所当然的皇帝。以他的性格也不会被马、阮等人控制，更不会贪图玩乐。我们可以想见，南明（姑且还是这么叫）会成为一个保持高效运作的政府。
二、李自成：取代明朝位置被明、清两面夹击
上面那张1644年的地图已经说明，李自成占领北京后，南边依然是南明掌握，北方则是清军虎视眈眈那。之所以南明没有北上收复失地，主要是因为崇祯已死，朱由崧不能服众，南明陷入内部派系林立，军阀割据的情况。如果是崇祯回到南京，定然会继续组织北上与李自成交战。
另一方面，吴三桂投降清朝的事件依然会发生，多尔衮照样会率军南下与李自成交锋。于是，原本是明朝面临西边的李自成、东北的清军，现在则变成了中间的李自成被北方清军南方明军两面夹击，势必败亡。
三、清朝：失去“为明朝复仇”的“正义”旗号，难以顺利占领土地
清朝在入关之初之所以能非常迅速地占领北方地区，最根本的原因是有一个“正义”的旗号，那就是：替明朝复仇。现在很多人觉得当时的官员百姓应该恨清朝多过李自成，实际上恰恰相反。由于是李自成占领了北京，逼死了崇祯，所以清军是正大光明地替明朝复仇。这点南明方面也承认。南明的史可法在与多尔衮通信时还多次对清军赶走李自成、安葬崇祯的“义举”表示感谢（即使心里知道他们不坏好心，表面上也只好这么做）。南明军队也不能与之对抗。而对普通百姓来说，明朝灭亡了，被清朝占领和被李自成占领也没有多少区别。真正受到大规模抵抗是清朝南下后实行“剃发令”，引发了汉族百姓的强烈反感。这时才有了“扬州十日”、“嘉定三屠”。
故而，没有了为明朝复仇的旗号，有崇祯主政的明朝依然是最权威的，北方也会坚持继续抵抗，不会轻易落入清军手中。而已经退守南方的明朝军队也势必会适时反扑，清军想要入主中原，可能性怕是微乎其微，最多只能与李自成交手夺取一些土地钱财。
综合以上三方面，如果崇祯退守南京，则明朝（南明）实力加强，而李自成、清朝都会被削弱。三家实力此消彼长，一切情况都朝着对明朝有利的方向发展。即使不能一举收复失地，也至少可以保证半壁江山。
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