光緒二十一年(公元1895年)八月十四日，東陵守護大臣溥齡、麟嘉和馬蘭鎮總兵文瑞等人上奏：菩陀峪萬年吉地寶頂、寶城、琉璃花門、大殿、配殿、宮門、朝房、碑亭、神廚庫等各建築均有滲漏、糟朽、爆裂、酥鹼等情形，要求朝廷派人查勘，迅速修理。於是，光緒帝派大臣前往查勘。光緒帝在諭旨中特別強調：“寶山壽藏規制崇隆，殿宇城垣觀瞻所繫，理宜隨時修整，以為萬年鞏固之基。……應如何墁築地面，挑換木石，繪圖貼說，詳細具奏。其各敬謹從事，不準稍有遷就”。這道諭旨為重修工程的進一步擴大和升級提供了合法的藉口。其實光緒帝是在看著慈禧的臉色行事的。所派的勘估大臣都是慈禧的心腹，他們早已摸透了慈禧的心理和脾氣：只要自己遂心合適，從來都是肯花錢的。
經過幾次勘估，最後決定將慈禧陵的方城、明樓、寶城、大殿等一律拆除重建，其他建築揭瓦大修。並在東砂山外面增建兩座值班房，拆建三座值班房，揭瓦一座值班房，添建豆渣石護腳泊岸一道。在任命承修大臣一事上，慈禧親自決定派慶親王奕劻和兵部尚書榮祿榮任此職。這兩個人都是慈禧的心腹和死黨。任命他們倆重修陵寢，慈禧自然放心滿意。
光緒二十二年（公元1896年）二月二十五日動工，九月下旬，大殿拆卸完畢。發現部分大木構件有糟朽、裂縫現象，這是原估時未料到的。經過現場勘視，決定將235件大木件中的208件更換為新木件，僅留用27件，更換了88％。按原估做法，三殿更換的新木件均用 楠木，更換的石料用艾葉青。維修大臣奕劻、榮祿為討好慈禧，決定三殿所有大木構件全部改用珍貴的黃花梨木；寶城、方城的壓面石、荷葉溝以及大殿周圍的石欄杆一律改用艾葉青石料。
這次重修慈禧陵，不僅地面建築無一漏掉，而且地宮內的金券、門洞券、石門、閃當券、隧道券、罩門券、寶床等也進行了維修，重修工程曾因八國聯軍的入侵北京，慈禧及光緒帝西逃到西安而中斷了一年。
翌年回京後，於光緒二十八年（公元1902年）三月，慈禧借謁陵之便，親自到菩陀峪工地閱視了重修工程。光緒三十四年（公元1908年）十月全工告竣。重病中的慈禧聽說自己的陵寢已經建完，於十月十四日派奕劻去驗收工程。十八日驗收畢，將重修一新的慈禧陵移交給東陵守護大臣和馬蘭鎮總兵官看管。四天後，即光緒三十四年十月二十二日慈禧一命歸天。慈禧陵重修工程歷時13年之久，是初建時用時的二倍。
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