对于慈禧及载漪集团为一己私利而大行废立、“抚团灭洋”的政策，以东南督抚为主的汉族势力集团始终反对，但他们无法扭转乾坤。面临亡国灭种之危局，汉族集团空前团结，以保国为宗旨，与列强达成局部和平约款，是为“东南互保”。期间维新派、保皇派、革命派与东南督抚等趋新势力分合交错，动作不断，抗清排满意识凸显。庚子国变后，晚清政治的状貌已经大不相同，满汉矛盾亦进入新阶段。
义和团初起，与把持中央权力的满洲贵族顽固派集团不同，汉族开明官僚，如两广总督李鸿章、两江总督刘坤一，山东巡抚袁世凯等，都主张坚决镇压。
1899 年，义和团在山东兴起时，清廷先剿后抚，说明顽固派在中央已经逐渐占了上风，其后地方上拳民最盛的也多属旗人督抚。袁世凯是最早向清廷提出异议的地方大吏，他对山东境内的义和团严惩不怠，迅速控制了局势。1900 年 5 月 19 日，他在《遵旨筹议官练私团事不可行据实复陈折》中说: 义和拳……与白莲教同出一源，……其充总办、统领者，皆险鹜教师。充前敌、催阵者，皆凶横匪类……是宜严禁预防，未可权宜迁就。 5 月 31 日，张之洞电奏请剿，但未被采纳。6 月 15 日，江督刘坤一、鄂督张之洞合词沥陈，“拟恳明降谕旨，定计主剿。先剿后抚，兵威既加，胁从乃散，或可转危为安。即此了结，将来商办善后，已属不易。若一方宣抚，一面拳匪仍痛杀教民，各国断难忍耐。……从来邪术不能御敌，乱民不能保国。外兵深入横行，各省会匪四起，大局溃乱，悔不可追”。
清廷从 16 日到 19 日连续召开四次御前会议，讨论战和问题，主战派与主和派进行了激烈辩论。虽然朝廷收到刘、张电奏，京中袁昶、许景澄等主和派官员也强烈反对，但最终无法改变慈禧的决心。6 月 19 日，清廷正式决定“向各国开战”，给北京义和团发放粳米二万石、银十万两，并下令攻打使馆区。得此消息，刘坤一、张之洞认为大祸临头，但还想作最后努力。6 月 20 日，张之洞、李秉衡、刘坤一、鹿传霖、王之春等督抚联合上奏，指出义和拳是“邪教、乱民、土匪、劫盗”，“即不与各国开衅，亦应痛剿，况无故戕害洋人、洋房，杀日本参赞，今海口已被占夺，都城布满洋兵，增兵增舰日来日多，祸在眉睫，直不忍言。从古无国内乱民横行惨杀而可以治国者，亦未闻一国无故与六七强国一同开衅而可以自全者。……宗社安危所关，间不容发，再过数日，大局决裂，悔无及矣”。他们认为“剿内匪即所以阻洋兵”，希望避免与各国开战，要求朝廷停止“抚团灭洋”的政策。很显然，慈禧等为公报私仇不惜江山社稷，而以东南督抚为代表的汉人开明派重在保国保种，双方存在严重政见分歧，此亦后来东南互保之根源所在。
东南督抚的集体反对未能阻止直隶地区形势日趋恶化，但清廷也不可能视而不见。同日刘坤一、张之洞通过袁世凯收到了朝廷的一道密旨：
近日京城内外，拳民仇教，与洋人为敌，教堂教民连日焚杀，蔓延太甚，剿抚两难。洋兵麇聚津沽，中外衅端已成，将来如何收拾，殊难逆料。各省督抚，受国厚恩，谊同休戚，事局至此，当无不竭力图报者。应各就本省情形，通盘筹画于选将，练兵，筹饷三大端。如何保守疆土，不使外人逞志，如何接济京师，不使朝廷坐困；事事均求实际。沿江沿海各省，彼族觊觎已久，尤关紧要。若再迟疑观望，坐误事机，必至国势日蹙，大局何堪设想？是在各督抚互相劝勉，联络一气，共挽危局。时势紧迫，企盼之至。
该密旨不仅与历来上谕再再告诫一切必须听命于朝廷大相径庭，而且似乎在鼓励地方大胆放手、自筹生计。见过密旨的英国代总领事霍必澜在 6 月 29 日的一封电报里讲：“总督(刘坤一)通过山东巡抚收到了 6 月 20 日一道密旨，……措辞非常奇怪，中国人认为它是一个垂死政府的遗命，……上谕的词句实际上是给予各总督以绝对的权力。……李鸿章收到了荣禄 6 月 21 日的信，告诉他对北京的谕旨不必继续予以重视，李鸿章同长江各总督一起已同意不再承认北京政府”。 电报最后讲：“我认为端王在 6月 21 日前后可能篡夺了朝廷的权力，据说荣禄正企图同汉族总督们合作并反对端王”。许多人认为，这道措辞奇怪的密电，乃主和的朝中大佬荣禄、王文韶趁机合拟，字字推敲，暗藏玄机，以便为东南督抚共谋互保提供政策依据。京师拳匪蔓延，剿抚两难，而外省并无此种难处，所谓“应各就本省情形，通盘筹划”，即是暗示不必以朝廷的举措为准。而“保守疆土不使外人侵占”，刊在“接济京师，不使朝廷坐困”之前，亦明明指出重轻急缓所在。至于“事事均求实际”六字，更有深意，意思是只要于国家实际有益，不仅不为遥制，甚至不必重视上谕中的宣言。这是针对即将明发的宣战诏书，预先作一伏笔。
实际上，在义和团高涨的相当长时期内，清廷对于义和团的态度也是摇摆不定、模棱两可。不同日期的上谕，甚至同一天发出的不同上谕，在逻辑上及实际行动上常有自相矛盾之处。譬如，对于拳民既剿又抚，对于列强时软时硬，对于外国使馆既攻打又保护等。这首先反映了慈禧本人首鼠两端、进退失据的心态，同时表明清廷中枢内部主战派和主和派的冲突，并与时局变化、东南督抚及列强反应等息息相关。对于这些变化不定的谕旨，执行者必然会根据自身的立场和利益加以选择，职是之故，以满人为主的守旧派和以汉人为主的改革派都可以自相选择、各行其是，于是出现了庚子年南北之间督抚行动的尖锐矛盾。
清廷战意已决，整个中国即将陷入疯狂和战乱之中。面临“千古未有之局，必为千古未有之法”。戊戌政变以来，满洲亲贵顽固集团为泄私愤、谋私利，不惜将国家民族引向灭亡的边缘，在汉族士绅们看来，已经丧心病狂。在此情状下，东南士绅始相联络一谋对策，以“保境安民”为主旨，是为“东南互保”。它是特殊时期下的特殊产物，是开明派督抚、东南上层绅商和西方列强出于各自利益相互妥协的产物，具有明显的抗清意识。
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