辛亥革命後，民國建立，圍繞著南、北二京的都城地位問題而展開了一場政治鬥爭。
在孫中山決定建都南京之後和袁世凱正式就任大總統以前，中國事實上存在著兩個首都、兩個政權、兩個總統。
按法統，南京為民國開基，中華民國臨時政府在南京誕生，臨時大總統在南京就職，臨時參議院議決定都南京，南京自應是民國的法定首都。
而袁世凱在北京則接收了一整套清朝中央政權，袁氏政權既得之於辛亥革命，又得之於清廷，成為革命時期的唯一贏家。袁氏控制下的北京事實上也成了與南京相對立的另一政治中心。
轟轟烈烈的辛亥革命以南北“和議”的方式而結束，清朝皇帝被逼退位，南北方形式上完成了“統一”。這樣，“革命黨人締造了民國的基石，而袁世凱卻得到了臨時大總統的“名器”。
孫中山在其辭職諮文中附有條件：臨時政府地點設於南京，為各省代表所議定，不能更改；辭職後，俟參議院舉定新的總統親到南京受任之時，大總統及國務各員乃行辭職。
三個條件的真意就在於調袁世凱離開他的北方老巢，置於革命勢力影響較大的南方，借在南京建立起來的資產階級共和制度來約束袁世凱。
南京又是掃滅胡元，克復漢土的朱元璋復國的根據地，明孝陵象徵著民族魂，建都於此，既是一種對滿清王朝的徹底否定，也是對光復漢族事業的永遠紀念。南京的近海條件和天然河道有利於和世界各國的聯繫。
袁世凱心裡明白孫中山的真意，堅持留在北京，不肯南下就職。袁世凱不願南下就職，又不便明言，就找出種種光冕堂皇的理由來拖延搪塞。在2月15日臨時參議院通過“以南京作為臨時政府地點”的決議後，袁世凱立即致電孫中山表示難以南下就職，並以“退歸田園”相威脅。
孫中山建都南京的決定一開始就遭到袁世凱和立憲黨人及革命黨人內部等多方面的反對。最先站出來反對建都南京者當首推革命黨人章太炎。2月13日，在孫中山向參議院提出定都南京的同時，章太炎發表了《致南京參議會論建都書》，提出建都北京的主張。
同一天，《民立報》發表了《建都私議》的社論，提出八大理由，來論證首都宜建於北方。同盟會的重要領導人宋教仁也表示反對建都南京。
從2月中旬參議院議決臨時政府地點設於南京起，至3月10日袁世凱在北京舉行大總統就職典禮止，這段時間是南北建都之爭的高潮時期。
各新聞媒體、社會團體、軍政單位及各方面人士都紛紛捲入這場爭論，報刊文章連篇累牘，通電或電函飛傳全國。儘管參議院通過了定都南京的決議，但孫中山在這次爭都中顯然處於不利地位。
2月15日，江蘇都督莊蘊寬致電孫中山等人，對孫中山辭職諮文所附的條件表示“期期以為不可”。幾日之間，孫毓筠、蔣尊簋、蔡鍔、錫山等通電附和，也有支持孫中山建都南京的，如陸榮廷、陳炯明、胡英等，但他們是少數，呼聲顯得微弱。
在這場建都之爭中，章太炎表現得異常活躍。他曾主張過建都武昌，後又主張建都於“鄴洛間”，隨著形勢的發展，又放棄建都“鄴洛間”的主張，改主建都北京。
作為首義之區代表人物的黎元洪最初曾主張建都武昌，並通過湖北議會正式決議以武昌為國都。但當他看到建都武昌的願望無法實現時，就倒向袁世凱一邊，主張建都北京。
孫中山不為袁世凱的軟抵硬抗和一片反對聲浪所動，依然堅持建都南京，要袁南下就職。派出歡迎團前往北京，迎接袁世凱南下就職。
就在歡迎團準備陪同袁氏一起南下時，2月29日晚，北洋第三鎮統制曹錕奉袁世凱之命發動“北京兵變”。接連幾天，通州、天津、保定等地亦相繼發生兵變。而駐北京的外交團則藉口“兵變”，決議要求派兵來北京“保護”僑民和使館。
日本首先調兵由秦皇島登陸，向北京進發。英、俄、德等國也紛紛從旅順、香港、哈爾濱、青島等地增調兩千多士兵進京“護衛”，進一步為袁世凱製造北方的恐怖氣氛。
“北京兵變”給人們造成的印象是：非袁氏坐鎮北京，不能收拾北方乃至全國局勢。袁氏在京尚且變亂，若袁氏南下，則必致北方魚爛。這便為袁氏不能南下提供了最好的藉口。
全國輿論繼續朝向對袁世凱有利的方向發展，《申報》接連發表評論，江蘇臨時省議會通電指責南京臨時政府強行要袁南下，致使統一政府不能成立。
蔡元培及其他迎接大員，不得不放棄自己的使命。迎袁專使都不再主張迎袁南下了，孫中山再也無法堅持要袁南下就職、定都南京的主張。
3月6日，南京臨時參議院開會決定，允許袁世凱在北京組織政府。3月10日，袁世凱在北京宣佈就任中華民國臨時大總統。4月1日。孫中山宣佈解除臨時大總統職務，以黃興為南京留守使。
4月5日，參議院議決臨時政府遷於北京。至此，以孫中山為代表的革命黨人建都南京的努力宣告失敗。
北京數百年的建都傳統，已經在世人的心目中留下了深刻印象，甚至內化為一種傳統的政治文化觀念。相比較而言，以南京為都者，多為短命或偏安王朝，以至使人們產生一種偏見，南京不是一個“長駕遠馭”和“長治久安”的都城。
傳統的都城方位觀念和政治文化的影響，以及現實的政治軍事控制的需要，與孫中山建都南京的主張正相矛盾。這是孫中山的建都主張遭到眾多人抵制的原因之一。
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