1、單位給職工發福利，購買酒，茶葉，即使取得增值稅專用發票，單位不論是用於業務招待還是用於職工集體福利都不能抵扣進項稅，單位招待客戶取得的住宿費增值稅專票不能抵扣， 納稅人的交際應酬消費屬於個人消費。單位既有簡易計稅項目、又有一般計稅項目，把簡易徵收項目取得的進項稅用到一般計稅項目進行虛假抵扣。
2、公司購買的不動產作為員工餐廳食堂，取得的專用發票不能抵扣，如果把不動產用於企業的生產經營就可以抵扣了，公司存在取得的進項抵扣憑證證據鏈不足，如取得辦公用品的增值稅專票沒有銷售清單、取得大額服務費的專票卻沒有服務合同，企業發生一些不能抵扣的項目，卻虛列培訓費、辦公費、住宿費、等並未真實發生的費用項目，通過修改稅收分類編碼，開具增值稅專用發票來虛假抵扣。
3、從小規模納稅人企業購進貨物，對方不能自行開具增值稅專用發票，去稅務代開嫌麻煩，於是小規模納稅人就讓自己的上家直接把發票開給購貨方，購貨方沒有跟小規模納稅人的上家發生業務關係，所以小規模納稅人的上家不能給小規模納稅人的購貨方直接開具發票。這樣取得的專用發票不能抵扣。
4、企業新增不動產或者不動產在建工程，取得了增值稅專用發票後，是否按照稅法規定分2期進行抵扣，增值稅一般納稅人2016年5月1日後取得並在會計制度上按固定資產核算的不動產，以及2016年5月1日後發生的不動產在建工程，其進項稅額應按照本辦法有關規定分2年從銷項稅額中抵扣，第一年抵扣比例為60%，第二年抵扣比例為40%。
5、公司發生貸款業務，貸款方收取公司的手續費後，給公司開具了增值稅專用發票，公司收到這種貸款手續費的發票不可以抵扣增值稅。根據《營業稅改徵增值稅試點有關事項的規定》的規定：納稅人接受貸款服務向貸款方支付的與該筆貸款直接相關的投融資顧問費、手續費、諮詢費等費用，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。如果公司發生貸款業務，向第三方擔保公司支付的手續費，對方收到手續費開具增值稅專用發票，公司收到增值稅專用發票可以抵扣。
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