梁元帝焚書的間接原因是西魏的入侵和防禦戰的失敗。公元554年11月（梁承聖三年十月），西魏遣大將於謹、宇文護、楊忠率五萬大軍從長安出發，直指江陵。其實，二年前梁元帝定都江陵，就已經註定了他覆滅的命運。江陵背靠長江，北方無險可守，而且遠離南朝長期的政治、軍事中心建康。為了應付兄弟和宗族間的衝突、控制潛在的敵對力量，他又將軍隊分駐在各地，對北方的強敵西魏非但不加防範，還妄想利用它來消滅異己，甚至在接到梁朝舊臣馬伯符從西魏發來的密件時，還不相信對方已在作入侵的準備。
11月20日，武寧太守（治所在今湖北荊門市東北）宗均報告了魏軍即將南下的消息。梁元帝召集大臣商議，大將胡僧和謀臣黃羅漢說：“兩國關係友好，並沒有什麼利害衝突，必定不會如此。”上年曾出使西魏的侍中王琛說得更絕：“我當時揣摩宇文泰（西魏太師，實際統治者）的神色，肯定沒有入侵的道理。”梁元帝決定派王琛再次出使西魏。可是三天後，魏軍已到達襄陽（今湖北襄樊市）一帶，元帝這才下令內外戒嚴。但王琛跑到石梵（今湖北鍾祥縣境）後又給黃羅漢送去急信：“邊境秩序井然，以前的消息都是兒戲。”這使元帝又將信將疑。直到11月28日，他才派人到建康去徵召握有重兵的大將王僧辯來江陵任大都督、荊州刺史，率軍入援。但他對抵抗魏軍毫無信心，12月1日晚上在鳳凰閣上已發出“今必敗矣”的哀嘆。即使在這樣的形勢下，他對部屬的防範控制卻絲毫沒有放鬆，郢州刺史（治今武漢市）陸法和出兵援江陵，他派人阻止：“我這裡能夠破敵，你只要鎮守郢州，不必調動軍隊。”就這樣失去了一支最近的援兵。
12月10日，魏軍渡過漢水，於謹派宇文護和楊忠率精騎襲佔江津（今荊沙市沙市區東南），截斷了江陵以東的長江水路。當天梁元帝在江陵外城的津陽門外舉行了一次閱兵，但北風大作，暴雨驟降，只得草草收場。第二天，魏軍攻下武寧，俘獲太守宗均。一向坐轎的元帝騎馬出城，部署在城周豎起一道六十餘里長的木柵，命胡僧、王褒分別負責城東城西的防務，太子巡守城樓，百姓搬運木石。當天夜裡，魏軍到達離江陵僅四十里的黃華，14日進抵木柵下。15日，梁軍開門出戰，新興太守裴機殺了魏將胡文伐。可是到了24日柵內失火，燒掉了幾千家民房和二十五座城樓，魏軍乘機大舉渡過長江，於謹下令築起包圍圈，江陵與外界的聯繫完全斷絕。儘管梁元帝已多次向四方徵召援兵，但沒有一支到達。實力最強大的王僧辯遠在建康，雖已作了部署並派出前軍，卻準備採取等待時機、襲擊魏軍後路的策略，可惜還來不及實行，江陵就已陷落。
另一支援兵由廣州刺史（治今廣州市）王琳率領，雖日夜兼程，但剛趕到長沙。27日，深感絕望的梁元帝撕下一塊帛親筆寫上：“吾忍死待公（你），可以至矣！”催王僧辯進軍，但早已無濟於事。555年1月4日，梁軍分路開門出戰，全部敗還。10日，魏軍全面攻城，梁軍主將胡僧中流矢而死，軍心動搖，有人開西門放入魏軍。元帝退入金城（內城），立即派兩位侄兒作人質，向於謹求和。城南將領紛紛投降，城北的將士苦戰到黃昏，聽到城陷的消息才四散而逃。
元帝在焚書時想赴火自殺，被左右阻止，於是準備投降。謝答仁等勸他乘夜突圍，只要渡過長江，就能得到駐在江南馬頭的一支梁軍的救援，但元帝不慣騎馬，認為“事必無成，徒增辱耳”。在王褒的挑撥下，元帝還懷疑謝答仁的忠誠，因此在他建議收集內城殘部五千餘人固守後又拒絕與他見面，氣得謝答仁吐血而去。元帝換上白馬素衣出東門投降，備受羞辱後，於1月27日被殺。魏軍從梁朝王公大臣和江陵百姓中選了數萬人為奴婢，作為戰利品押回長安，其餘老弱幼小全部殺盡，得到赦免的只有三百餘家。當時天寒地凍，冰雪交加，又有二三成人沿途凍死或被人馬踩死。
這場戰爭實際只進行了一個月，而且梁軍根本沒有什麼有效的抵抗，最大的損失還是這十四萬卷書和江陵城中的無辜百姓。
江陵焚書又是梁元帝主動犯下的罪行，因為魏軍兵臨城下時並沒有焚書的必需，他要戰要降也與是否焚書無關。在他被俘後曾被問到焚書的原因，回答是：“讀書萬卷，猶有今日，故焚之。”這固然說明他至死也不瞭解亡國的真正原因，或者知道了而不願承認，但也證明了他一生愛書，愛讀書，由極度的愛突變為極端的恨，要讓這些書成為他的替罪羊或殉葬品。
但是歷史的悲劇也正發生在皇帝身上。一旦圖書為皇帝所收藏，就成了他個人的私產，不僅從此與民間絕緣，而且隨時有被篡改或銷燬的可能，也會成為一位皇帝或一個朝代的殉葬品。梁元帝焚書後，又把所佩寶劍在柱上砍折，自嘆：“文武之道，今夜盡矣！”在他眼中，十四萬冊書與一把寶劍一樣，不過是他的私產，有用時用之，無用時毀之，何罪之有？
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