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叛賊孫恩被追擊到海中落入海水，小命不保之後，他的妹夫盧循頗有些才能，長得也是俊美不比尋常。那些被打落四散的孫恩的部下就推舉盧循為首領，又開始在江浙一帶攻城拔寨起來。當時權傾一時的桓玄【（369年-404年6月19日）， 字敬道，小字靈寶，譙國龍亢（今安徽懷遠龍亢鎮）人】都督荊、司、雍、秦、梁、益、寧、江八州兼豫、揚八郡諸軍事，荊、江二州刺史，但早已被司馬元顯【（382—402），字朗君，河內溫縣（今河南溫縣西）人。東晉宗室、權臣。晉簡文帝司馬昱之孫，會稽文孝王司馬道子之子，晉孝武帝司馬曜之侄。初任中書令、尚書令，後官至驃騎大將軍）】懷疑上了，因而也開始舉兵作亂，並授權盧循做了永嘉（大致為今浙江溫州）太守。
東晉安帝看到桓玄作亂，立即任命司馬元顯為驃騎大將軍，征討大都督，劉牢之為先鋒，劉裕為參軍，討伐桓玄，大軍即日開拔。說來也巧，討伐大軍經過歷陽（大致為今天的和縣，隸屬於安徽省馬鞍山市）時，正好與桓玄的的叛軍相遇。 這桓玄也是個會來事的人，就派了劉牢之的舅舅何穆去劉牢之軍營裡做說客，想讓劉牢之也一塊歸附與他。劉牢之對於司馬元顯也是頗有不滿，害怕終有一天會被司馬元顯或殺或奪了軍權，對於舅舅何穆的分析，覺得還是很有道理的，就下定決心投奔桓玄。期間，縱有劉裕和劉牢之的外甥何無忌的極力勸阻，也無濟於事。很快，桓玄得到劉牢之的歸附軍後，如虎添翼，進擊建康（今南京），如入無人之地，司馬元顯根本無力抵抗。桓玄很快佔領了建康，併除掉了司馬元顯及其黨羽，自封為丞相，掌管全國大權。之後又封了劉牢之為會稽內史，奪了劉牢之的兵權。劉牢之頓時有兔死狗烹之感，每日裡心驚膽戰，如履薄冰。
劉牢之的兒子劉敬宣看到父親這樣，就力勸父親舉兵襲擊桓玄，但是劉牢之害怕自己的兵力沒有辦法和桓玄對抗，就找來劉裕商量事情，說：“當初我沒有聽你的建議，投奔了桓玄，現在落得這步田地；我現在想襲擊桓玄，去攻打廣陵（大致為今江蘇揚州廣陵區），以匡扶社稷，你願意率領你的軍隊跟隨我來嗎？”劉裕說：“當初你手握重兵，非但沒能討伐桓玄，反而為虎作倀，導致桓玄叛賊得了建康，威震天下，您現在已經為天下人所失望，您覺得您能打的下來廣陵嗎？我情願回到老家京口去，也不願看到將軍到時候孤軍失敗之時。”說完，劉裕便大踏步地走了。
