肝功能檢查是診斷肝膽系統疾病的一種輔助手段，如果要對疾病作出正確診斷，還必須結合患者病史、體格檢查及影象學檢查等，進行全面綜合分析。需要指出的是，肝功能檢查的項目有很多，但是並不是每一個檢查項目都需要做，通常醫生會結合患者病史和症狀選擇一組或其中幾項檢查。
肝功能檢查是協助診斷各種肝病的常用檢查手段，諸如急性病毒性肝炎、慢性肝炎、肝硬死、肝癌等，幫助瞭解肝臟損害的程序、轉歸及預後等，但不能檢查出肝癌，這主要是因為肝功能主要是反映肝實質損害、膽紅素代謝及膽汁淤積、肝纖維化以及肝臟合成功能的指標，並不能直接反應肝臟是否有佔位性病變。所以，肝功能不能直接檢查出被檢查者是否患有肝癌。
目前，臨床上診斷肝癌的方法主要有肝癌血清標誌物甲胎球蛋白（AFP）測定與醫學影像學檢查，肝病B超、CT、磁共振成像（MRI）等。臨床上出現甲胎蛋白偏高的原因大多是肝細胞發生癌變引起的，AFP的異常可早於影像學和臨床症狀，AFP測定結合超聲檢查是目前對肝癌高危人群普查的主要手段。
值得注意的是：肝癌時肝功能檢查項目中的乳酸脫氫酶、γ-谷氨酰轉肽酶、鹼性磷酸酶等指標都可明顯高出正常值，所以肝功能檢查常做為肝癌的輔助檢查項目，也就是說當發現肝功能中上述三項明顯高出正常水平時，特別是慢性肝病患者應引起高度重視，及時去醫院做相關檢查以明確診斷。
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