1644年，崇祯自缢而亡，李自成终于进入了他梦寐与求的北京城，但他遇到的不是夹道相迎的百姓，也没有遇到激烈的巷战，而是一副人间地狱的局面，因为由于鼠疫，北京城里已经没有多少个能够站立的人了。鼠疫怎么会那么厉害，它对明朝的命运产生了什么样的影响。
鼠疫的爆发是由于鼠疫杆菌传染给人导致的。时值小冰河时期，明朝末年的气候异常寒冷，旱灾频发，粮食减产，老鼠也出来找食物，难民没有粮食可吃，只好挖老鼠洞里的粮食，于是鼠疫杆菌通过传染给了难民。不久，鼠疫首先在干旱严重的山西爆发，并随着难民的迁徙，鼠疫蔓延。
1643年，鼠疫传到了北京城，并迅速蔓延，据记载北京城内每天有上万人死亡，鼠疫发生前的北京城有100万人左右，过后只剩下60-80万人，可见鼠疫的惨烈。最可怕的是明政府的反应迟钝，崇祯对此不太上心，他更关心的是辽东和各地的起义，二月发生的鼠疫，七月才有人上疏请求赈灾，崇祯这才下旨，拨银20000两，令五城巡城御史收埋死尸，再拨1000两银子给太医院，令其医治病民。但这些措施根本不起作用，北京城里，病人、死人层出不穷，大批的死人、死鼠无人处理，以致城门都被棺材堵住，百姓的恐慌根本无人顾及。对北京城致命的一击是鼠疫传染到了北京的军队，当时守卫北京的三大营共有十万人左右，由于鼠疫，竟然死了一半，剩下的也是残兵了，根本无力抵抗李自成，还比不上崇祯派上城斗的四千太监，结果，李自成只用了两天时间久攻下了北京，大明就此灭亡。
明朝末年政治腐败，灾害连年，北方战事吃紧，但明朝基本都挺过来了，但一场鼠疫下来，更加加剧内部的混乱，导致起义不断，先前被明军打得只剩十八个人的李自成又东山再起，不费吹灰之力就打下了大同等重要关隘，鼠疫可谓功不可没。明朝的灭亡，鼠疫虽然不是主因，但却是压死骆驼的最后一根稻草。
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