1945年8月14日，日本宣佈向盟軍無條件投降，美國總統杜魯門立刻任命麥克阿瑟為佔領日本的盟軍最高統帥，全面負責佔領期間的一切事宜。
1945年8月30日，麥克阿瑟抵達日本東京，馬上頒佈了一系列法令。包括嚴禁盟軍人員攻擊日本平民，嚴禁盟軍人員從日本平民手上奪走糧食，並嚴格限制“太陽旗”的使用。
日本投降
此時，由於舊日本政府的垮臺，以及主要的大城市都被美軍轟炸摧毀，全日本都在飢餓中掙扎。麥克阿瑟當務之急是建立一套食品分配系統，美國政府為此投入了數10億美元的食品援助。儘管採取了緊急食品援助措施，仍然有數百萬日本人生存在飢餓的邊緣。
麥克阿瑟
其他盟軍領導人極力要求審判天皇的戰爭罪行，但麥克阿瑟力排眾議，堅持不對天皇提出指控。因為麥克阿瑟認為，天皇在日本人心中就是活著的神，通過天皇來統治日本會更加的容易。麥克阿瑟還拒絕了對其他皇室成員的指控。
麥克阿瑟和天皇
麥克阿瑟一邊保護天皇，一邊也撕下了天皇的神秘面紗。9月27日，麥克阿瑟穿著沒有打領帶的普通制服，而不是軍禮服，會見了裕仁天皇。於是就有了這張歷史上著名的照片，照片上身材高大的麥克阿瑟與旁邊矮小的天皇形成鮮明的對比。日本政府大為惱火，認為此舉破壞了天皇的神聖性，要求禁止刊登該照片，但麥克阿瑟堅持所有的日本報紙必須登出這張照片。
麥克阿瑟
1946年，麥克阿瑟的參謀人員給日本起草了一部新憲法。這部在盟軍監督下的日本戰後憲法，增加了專門的“和平條款”，宣佈放棄戰爭，禁止日本擁有軍隊，防止日本以後成為侵略性的軍事大國。誰知幾年後朝鮮戰爭爆發，駐日美軍紛紛調入朝鮮半島參戰。日本正式建立自衛隊，一支除了名字以外實打實的軍隊。為了避免與和平憲法相沖突，對外只是聲稱為警察部隊的擴張。
審判戰犯
從1947～1949年，日本政府從地主手中買下500多萬英畝土地，再低價賣給農民。300萬日本農民獲得了屬於自己的土地，徹底摧毀了整個地主階層。到1950年底，89%的農田屬於私人擁有，只有11%的農田是租借的。
1945年底，盟軍在遠東總共審判了5700多名日本戰犯。其中4300多人被判有罪，大約1000人被判死刑，數百人被判無期徒刑。但是為了獲得細菌戰的實驗數據，麥克阿瑟赦免了731部隊石井四郎等人的罪行。
麥克阿瑟
直到1949年，麥克阿瑟才把大權交還給日本政府。作為日本那幾年的實際統治者，麥克阿瑟給日本帶來了天翻地覆的變化。日本人也把麥克阿瑟看作“幕府將軍”一樣的人物，稱他為“外人將軍”，意思是“來自外國的軍事統治者”。
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