当二十一岁的秦孝公登上王位时，秦国的种种境况使他深感愤怒。虽然献公时期已经进行了一些初步的变革，但由于一些反对势力的破坏，制度贯彻得非常不彻底。同其它的诸侯国比起来，秦国就像是愚昧而落后的野蛮人。那些诸侯国不仅耻于同秦国来往，甚至连会盟也不让秦国参加。于是，发愤图强的秦孝公在做好了加强统治、增强军事等各方面准备，又得到了从魏国赶来的商鞅以后，就在商鞅的鼓动下，开始了浩浩荡荡的的封建改革。
秦孝公根据商鞅的意见发布的第一道变法政令是垦草令，也就是开垦荒地的命令。由于奴隶制的崩溃，许多的奴隶纷纷反抗逃亡，导致土地大片荒芜。而且秦国本就疆域广阔人烟稀少，有很多土地没有开垦。为了增加收入，必须设法发展农业，所以秦国的改革，就首先从垦草令开始了。关于如何促使人们耕垦土地，商鞅主要从四个方面下手。第一是改善地税制度，实行租税制。朝廷根据农民收入的粮谷多少来征收地税，如此就能使农民的负担趋于公平。第二是整顿政治制度，使官吏不敢胡作非为，加强了国家机关的主动性。第三则是压制商人和商业行为，以便强迫所有的人都参加农业生产。最后就是实行愚民政策，使人们处于愚昧状态，只知种地干活。
除了垦草令外，公元前356年，商鞅被封为左庶长，又实行了户籍制度的改革。他将全国人民编入户籍,采用什伍连坐的方式,将人民用军事的组织形式编制起来，并登记在户籍之上。他规定：全国人民五家相互监视，发现有奸人应向官府告发，告发奸人的可以得到和在前线斩首敌人一样的奖赏。如果隐瞒而不告发，就要受到同奸人一样的处罚；如果藏匿奸人，就要受到和投降敌人一样的刑罚，这就是著名的什伍连坐法。由于全国人民都编到了户籍之中，所以路途比较远的来往和留宿的旅馆都需要有凭证。没有凭证的，旅馆主人不得收留。否则，主人就要同罪连坐。这种什伍连坐的统治方法是秦国镇压人民的重要手段，继任的统治者不断对它进行改善和加强，后来已经变得非常严密。
商鞅推行新法的第三个方面是奖励为封建政权作战，而严格禁止私斗。凡是有军功的人，都可得到赐爵赐地赐官等奖赏。在商鞅变法以前，秦国的官爵并不细密，但商鞅在变法的过程中对秦的爵制进行了系统整理，明确规定了二十等级，并将它与奖励军功紧密关联起来。与爵相适应的还有一定特权和待遇，比如说得爵一级的就可以役使农奴性质的弟子一人，爵至九级就可以坐食三百家的税收。如果犯罪，爵高的也可以用爵抵罪，还可以用爵为亲属中有奴隶身份的求得赎免。商鞅规定，没有军功的人即使是宗室贵族，也不得超越标准占有田宅和臣妾，甚至连穿衣着屦都有限制，不允许任意铺张。这一切，都是鼓励人们为秦国的封建政权去作战。
与此同时，商鞅变法时还制定了禁止私斗的刑罚条款。当时所谓的私斗，并不是一般人之间的打架纠纷，而是指各城的奴隶主们为争夺土地和财产所发生的争斗。这在春秋战国时代是普遍现象，秦国也不例外。但商鞅严厉禁止这种争斗，违犯者就会根据他们的轻重情况进行不同的惩罚。商鞅的主要目的就是通过这些惩罚消除奴隶主的力量，使封建的中央集权得以加强，这是与奖励军功相辅相成的办法。而这个法令实施的结果是很卓越的，各个乡城都得到了很好的治理，人民勇于为国征战，而不敢去私斗。这使奴隶主们的势力大大削弱，从而加强了秦国封建政权的武装力量。
秦国变法时还鼓励耕织，发展封建经济。规定凡是由耕田和纺织而生产粟帛多的人，可免除自身的徭役；凡因经营商业及怠惰而贫困的，要连其妻子儿女一同没入官府为奴。当时，将农业称为本业，将从事商业称为末业，重本抑末从此成为了秦国的传统。商鞅还制定了严厉的法令以维护封建地主阶级利益，这些法令制定的一个原则是轻罪重刑。就是说即使只犯了比较轻的罪，也要进行非常严重的刑罚。因为先秦的法家都认为，只有对轻罪处以极重的刑罚，人们才不敢犯更大的罪。为了加强思想方面的统治，商鞅还曾将不符合地主利益的一些诗书烧掉。这不仅表现了地主阶级一开始登上统治地位，就非常重视思想领域内的专政，也表现出了他们的愚蠢和反动。
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