元朝後期，以蒙古族貴族為主的統治階級，對各族特別是漢族人民的掠奪和奴役十分殘酷。他們瘋狂地兼併土地，把廣闊的良田變為牧場，如大臣伯彥得賞賜土地就達2萬頃。大地主廣佔土地，“驅役佃戶”（趙天麟元中統五年奏疏稱：“又江南豪民廣佔農地，驅役佃戸，無爵邑而有封君之貴，無印節而有官府之權”）。農民失去土地淪為奴婢。官府橫徵暴斂，苛捐雜稅名目繁多，全國稅額比元初增加20倍。
元順帝至正十一年，很多平民百姓都被召集到黃河治理水患，但問題在於元朝的統治者們並沒有給農民們足夠的糧食，農民們天天餓著肚子幹活，這給誰也受不了啊。當時北方白蓮教首領韓山童和劉福通等決定在這個高壓時期發動武裝起義。
韓山童和劉福通先是在百姓中傳播“彌勒下生”、“明王出世”的言論，讓百姓們覺得自己的救星來了，緊接著他們趁著修河的時機將一個獨眼石人放入暗道，並四處傳播”石人一隻眼，挑動黃河天下反“的民謠。待獨眼石人挖出後，他們登高一呼，周圍百姓無不跟從，在很短的時間裡就聚集了大量的百姓，戰火瞬間被點燃！根據清代孫承澤《春明夢餘録》記載：“元末任非其人，酷刑橫歛，臺溫處之民樹旗村落曰：天高皇帝遠，民少相公多。一日三遍打，不反待如何？由是黃岩方谷珍因而肇亂江淮，紅巾徧四方矣。”
在紅巾軍的影響下，全國各地農民紛起響應。人數較多的有蘄水的徐壽輝部、蕭縣的芝麻李部、南陽的布王三部、荊樊的孟海馬部、濠州的郭子興部等。一時間，中華大地處處烽煙，元統治者應接不暇，元末農民起義的大幕就此拉開。
1355年，劉福通於安徽亳州立韓山童的兒子為“小明王”，建國號“大宋”。1357年，劉福通決定進行北伐，此次北伐分兵三路。東路由毛貴率領，經山東、河北進攻大都；中路由關鐸、潘誠等人帶領，從山西、河北一帶，經大同直搗元上都，放火燒燬“富誇塞北”的蒙古皇宮，繼續轉戰遼東各地；西路由大刀敖、白不信、李喜喜率領，直趨關中，攻下興元、鳳翔，轉戰四川、甘肅、寧夏各地。農民起義軍節節勝利，官府無力應對，只能找元政府求救。為了剿滅紅巾軍，元朝統治者先是派遣回軍、漢軍應對，結果大敗而回，無奈之下派出大將也先帖木兒進行對抗，結果也先帖木兒大敗而歸。在岌岌可危的情況下，元朝不顧一切，動用一切力量與紅巾軍戰鬥。
紅巾軍畢竟是比較倉促的農民起義，佔領地盤後不懂得如何防守，行軍打仗也沒有詳細的計劃和方案，三路北伐又分散了兵力，給了元朝可乘之機，在元朝的翻幾下，三路兵馬被各個擊破，至正十九年，汴梁城破，至正二十三年二月，張士誠趁其不備，將安豐攻破，首領劉福通遇難，自此紅巾軍起義結束。
縱觀歷史，紅巾軍起義長達十二年之久，可以說在在根本上損壞了元朝的統治，為後來的各處起義打下了基礎。
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