政治

萬曆十歲登基，但是在二十四歲前，朝廷一直由首輔張居正把持，算是最大的權臣，包括當時攝政皇后都要聽其安排，不過張居正還算是個有能力的忠臣，在他手上，明朝的政治、軍事、經濟都得到了極大的提升。不過為了維護皇權，在張居正病死後，萬曆重新獲得大權，第一步就是對張居正的黨羽進行清算。雖然這不是萬曆的本意，但從政治上考慮，這一步是很有必要的。作為一個皇帝，是要牢牢把握住朝廷百官的。可以說清算張居正，就是萬曆從新拿回皇權和一次徹底的政治洗牌。

隨後萬曆自己培養了一批文臣武將，把部分權力下放給他們，同時使用東西廠作為監察部門，替他監察百官。可以說這一手從政治上說，即使不上朝，也不會威脅到自己的地位。

經濟

經濟上除了延續之前張居正改革的成果，隨後又推出了礦稅。這個礦稅非常重要，雖然在後世中對評價不高，甚至認為明朝的滅亡，礦稅這一制度有百分之70的責任，其實不然。

先從用途上看，萬年二十年，撥內帑十萬錢糧用於河西邊疆用兵。萬曆二十七年（1599年）十二月十二日，戶部因京師庫銀減少，邊餉告急，請神宗撥內帑，朱翊鈞雖然責怪戶部未提前做好庫銀儲備，並且不要因為有內帑而有恃無恐，但仍迅速撥發內府庫銀救急。萬曆三十一年（1603年）四月，戶部更是因北部邊疆兵餉告急，請撥內帑百萬兩，朱翊鈞最顧及邊情，所以同意照數撥用。另外，含礦稅銀的內帑也用於國家救災，如萬曆二十二年（1594年）三月初九日，因河南饑荒，撥內帑三萬三千兩用於賑災。可以說皇帝的內帑不僅僅幫助國家財政擦了屁股，也給所有人吃了一顆安心丸（國家沒錢，皇帝有錢）。

在此以前，內庫主要依靠南直隸地區的田賦。不過內庫所有收支最終仍由戶部負責，並對皇帝的使用進行嚴格的干預和管理。自從礦稅的執行，慢慢的大部分錢財都歸於皇室，也就是萬曆手中。從此就相當於握緊了明朝的經濟命脈，也更加的鞏固了皇權。