關於石嶺禪寺的傳說有很多，經由口口相傳，逐漸凝固成一種信仰，對於店口人而言，在他們遇到人力不能解決的困難的時，這些傳說就成了一種精神寄託，人們對此深信不疑，並藉此獲得走出困境的勇氣。
有一則傳說是關於神馬的。相傳石嶺禪寺內有一匹泥塑神馬，高大威武，人稱‘馬明王’菩薩，據說十分靈驗，有求必應。可是泥馬很調皮，常常晚上溜出廟，偷吃各家稻苗，第二天人們發現，剛插上的稻苗就不見了蹤影，但誰也沒有親眼看見它偷吃。一天晚上，泥馬又悄悄溜出廟，正在埋頭吃稻苗時，被一位農民發現，他用泥鍬在馬腳跟上猛剷下去，泥馬立即逃跑，在石嶺禪寺附近霎時不見了蹤影。農民第二天走進寺廟去，看到泥馬的腳跟上掉下許多被泥鍬剷下的泥塊，才發現泥馬變活馬的真相。為了保護稻苗，人們在馬明王菩薩外圍築起一人高的木柵，從此以後，再也沒有發生過稻苗被吃的情況。泥馬吃稻苗的傳說一經傳開，人們深信不疑，眾多香客點起香燭，在馬明王神像前磕頭跪拜，祈求神靈保佑，保佑子女長壽，連取名也以馬為名，比如馬發、馬生、馬傳等等。
曾經栓神馬之所在
另一則傳說是關於三個菩薩站立起來的秘密。石嶺禪寺泰山殿前有三個菩薩，當中坐著泰山菩薩，兩邊坐著南鬥和北斗菩薩，香客從石階上走到殿前，原來坐著的三個菩薩立即都站立起來，笑臉相迎。燒香拜佛的香客因此不敢上石階，只是在石階下面點香燭，磕頭跪拜。後來才知道菩薩站立起來的“秘密”，原來是能工巧匠在雕塑梁木時，在菩薩身上安裝猛線，猛線連著石階，上去的人一踩踏著猛線，菩薩就會站起來。為了讓香客不受驚嚇，把猛線拆掉後，從此就坐著不動了。香客可以大膽進殿前點香燭拜菩薩。
石嶺禪寺戲臺二側，原有二口水井，水源很長，水質清甜可口，大旱天井水任然取之不盡。如今僅存一口井，另一口井已經被填塞。好好的一口井為什麼要填塞一口？原來是，經風水先生鑑定：石嶺禪寺廟基是塊風水寶地，這二口井是龍脈的眼睛，因此廟中怪事盡出不窮；泥馬會出廟吃莊家，木雕菩薩會出來嚇人，閻王殿夜間會有郎朗的鐵鏈條聲。人們相傳，填了井之後，怪現象就平安無事了。
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