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肝癌的确诊必须要实验室全面的检查才能诊断。需要做哪方面的检查呢？
1、甲胎蛋白（AFP）是诊断肝癌的主要指标和特异性最强的标记物。
AFP是胎儿时期肝脏合成的一种胚胎蛋白，由胎儿肝细胞、卵黄囊细胞内粗面内质网核糖颗粒所合成。胚胎早期（约14周）即合成，20周达高峰，其后急剧下降，出生后1～2周消失或仅存微量＜20μg/L，常规方法测不出。在成人，如果血清中出现高浓度的AFP，提示肝细胞性肝癌或生殖腺胚胎瘤，在儿童则提示肝母细胞瘤或肝细胞肝癌。少数胃、胰、胆管、结直肠癌AFP也可升高，但其绝对值不如肝癌高。慢性肝炎、肝硬化可有AFP的分子变异体。因此，血清AFP检测结果必须结合临床与B超、CT等检查才有诊断意义。
2、r-谷氨酰转移酶（r-GT），在r-GT胎儿期很高，出生后急剧降低，故又叫癌胚酶。
无论在癌前阶段还是肝癌形成阶段，肝细胞中r-GT值显著增高。因此；测定血中r-GT可作为早期诊断肝癌的依据之一。然而胆道梗阻、胆道癌及转移性肝癌患者血中r-GT亦可增高，故r-GT对肝癌缺乏特异性。近年来，用聚丙烯酰胺凝胶梯度电泳法，可将r-GT分为11～13条区带，其中，肝癌特异的是Ⅱ、Ⅱ'和Ⅰ'带。其中，r-GT2在原发性和转移性肝癌的阳性率可提到90%，特异性达97.1%。非癌肝病和肝外疾病假阳性率低于5%。r-GT2与AFP无关，在低浓度AFP肝癌及假阴性肝癌中，也有较高的阳性率。小肝癌r-GT2阳性率为78.6%。
3、异常凝血酶原（AP），肝脏合成凝血酶原无活性前体，经维生素Kr羧化为活性形式。
肝癌时，肝癌细胞的微粒体内维生素K依赖性羧化体功能障碍，羧化酶活力下降，导致谷氨酸羧化不全，从而形成异常凝血酶原。肝癌细胞自身具有合成和释放异常凝血酶原的功能。用放射免疫法测定AP，以≥250μg/L为阳性，则肝癌患者的阳性率为67%，而良性肝病，转移性肝癌时仅少数呈阳性，故对亚临床肝癌有早期诊断价值。
4、血清岩藻糖苷酶（AFu）AFu属溶酶体酸性水解酶类，主要生理功能是参与含岩藻糖的糖蛋白、糖脂等生物活性大分子的分解代谢。
AFu超过110nKat/L应考虑原发性肝癌，诊断原发性肝癌敏感性为75%，特异性为90%，对AFP阴性肝癌和小肝癌阳性在70%以上。继发性肝癌、良性肝占位病变均阴性，但肝硬化、慢性肝炎的假阳性较高。
5、α1-抗胰蛋白酶（AAT）肝癌细胞具有合成分泌AAT的功能，当肿瘤合并细胞坏死和炎症时升高。
6、碱性磷酸酶同工酶I（ALP-I）ALP-I是一种癌胚蛋白，由肝癌细胞产生，几乎仅见于肝细胞肝癌，特异性强，但阳性率低。
7、血清铁蛋白和酸性同工铁蛋白（HIF）肝脏含丰富的铁蛋白，也是清除循环中铁蛋白的主要场所。
肝病时铁蛋白从受损的肝细胞中逸出，肝脏本身处理铁蛋白的能力减退，致血清中铁蛋白浓度升高。同工铁蛋白在肝癌时由于肝癌细胞合成增多，释放速度加快，故对肝癌诊断有一定意义。有些学者认为血清铁蛋白对肝癌具有中度敏感性与特异性。其特异性虽低于AFP，但对AFP阴性者具有诊断意义。若肝硬化患者AFP与铁蛋白均为阴性，则合并肝癌的可能性极小。铁蛋白升高，往往可以发现低AFP含量。HBsAg阴性，有嗜酒史患者的小肝癌。肝硬化等疾病血清铁蛋白虽可升高，但常同时伴有血清铁及转氨酶的升高，可资鉴别。因此同时测定AFP与血清铁蛋白，在高发人群肝硬化中检出肝癌是一种十分有价值的方法。
8、醛缩酶同工酶A（ALD-A）醛缩酶同工酶有A、B、C3种形式。
9、M2型丙酮酸激酶（M2-PyK）。
丙酮酸激酶（PyK）是糖酵解中的关键酶，有L、R、M1、M2型4种同工酶，胎肝及肝癌组织中主要是M2型。可视为一种癌胚蛋白，ELISA夹心法可测到Pg级微量灵敏度高的癌标志。在小肝癌阶段即已明显增高，分化愈差M2-PyK值增高愈明显。消化道肿瘤亦可升高，而肝炎、良性肝肿瘤不高。
10、电子计算机断层扫描（CT）CT具有图像清晰、分辨力高，为无创检查等优点。
注射造影剂后，可增强组织对比度，更提高了肝癌的检出率。在各种影像检查中，CT最能反映肝脏病理形态表现，如病灶大小、形态、部位、数目、有无病灶内出血、坏死以及门脉有无癌栓，病灶的浸润性等。CT是首选的非侵入性诊断方法。
11、X线肝血管造影
是目前最敏感的诊断肝细胞肝癌的影像诊断方法，检查准确率达88%～93%，对2cm以下的小肝癌往往能做出更准确迅速的诊断。
12、肝穿刺活检
肝穿刺有一定的局限性和危险性。由于超声能准确显示肝细胞肝癌结节的部位，深度及大小，故近年来国内外广泛开展在超声引导下活检或细针穿刺行组织或细胞学检查，以获得肝癌的组织学诊断依据。
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