清朝入關後，為了更好統治漢地十八省，壓制漢人反抗，在沿襲明朝制度，各省分設巡撫、布政使、按察使等要員以外，又在臨近的兩省、三省之地，設置統一管理數省軍政大權的總督一職。到乾隆年間以後，遂成定製：
直隸總督：駐保定，後移至天津；管轄直隸省（今河北省、北京市、天津市），清末又兼任北洋大臣；
兩江總督：駐江寧（今南京），管轄江蘇省、安徽省、江西省，（今江蘇省、安徽省、江西省、上海市），清末又兼任南洋大臣；
湖廣總督：駐武昌，管轄湖北省、湖南省；
兩廣總督：駐廣州，管轄廣西省、廣東省（今廣西區、廣東省、海南省）；
四川總督：駐成都，管轄四川省（今四川省、重慶市）；
閩浙總督：駐福州，管轄福建省、浙江省（今福建省、浙江省、臺灣省）；
陝甘總督：駐蘭州，管轄陝西省、甘肅省，清末又增加新疆省（今陝西省、甘肅省、寧夏區、新疆區）；
雲貴總督，駐昆明，管轄雲南省、貴州省；
而山西、河南、山東三省，在之前的順治、康熙、雍正年間，也一度設置過山西總督、山陝總督（轄山西、陝西兩省）、河東總督（轄河南、山東兩省），後來都裁撤了，從乾隆時期起，就專設巡撫統管一省軍政，不再設置總督。
清末，又增設東三省總督，駐盛京（瀋陽），管轄黑龍江省、吉林省，奉天省 （今黑龍江省、吉林省，遼寧省）；
和之前常設的八大總督，合稱為九大總督。
其他如漕運總督、南河總督、北河總督等官職，有總督的名頭，但和前面這些地方總督的本官品級都不一樣，要略低一等。
各大地方總督是：“兵部尚書銜，兼都察院右都御史銜”，兼管軍政，從一品的封疆大吏；
而漕運總督和河道總督，只加“都察院右都御史”銜，從一品；
乾隆後期以後，河道總督也和各省巡撫一樣，是“兵部侍郎兼右副都御史”銜，正二品。
名義上，清朝各個總督當然是平級的，但實際上自有高下之分。 一般來說，都公推直隸總督居首、兩江總督次之。
兩廣總督、閩浙總督管轄地方富庶，沿海通商，同樣是熱門的要職。
內陸地區的各大總督中，雲貴總督因為清朝雲南銅礦大規模開採的緣故，也是油水多的好缺。
張之洞因為是慈禧寵臣、欽點探花，又大力推行洋務運動，他的湖廣總督也當得風生水起。
只有陝甘總督，地廣人稀，常年戰亂，一直算是油水最少的。
而東三省總督是清末才設立的，當時東北地區已淪為半殖民地，那裡各項土地財限，早都被日本和沙俄分得七七八八了，清朝的總督和巡撫衙門，也就相當於地方維持會長。
清朝的兩江總督，通常被認為是僅次於直隸總督，坐穩疆臣第二把交椅的要員。
清朝的兩江，即江南和江西的合稱，康熙年間，原江南省被拆分為江蘇和安徽省，到了現代，江蘇省又分出了上海直轄市。所以兩江，就是今天的江蘇、江西、安徽和上海市這三省一市之地。
坐鎮江寧（南京）的兩江總督，理論上管轄江蘇、江西、安徽三個省的軍政大權， 但不同於其他總督，兩江官制經過一番別出心裁的設置，彼此互相牽制和制衡。要作為總督的官員個人有足夠能力和威望，才真正抓得住權。
如湖北巡撫和湖廣總督的駐地都在武昌，廣東巡撫和兩廣總督的駐地都在廣州，雲南巡撫和雲貴總督的駐地都在昆明，正所謂“督撫同城”，實際上這種和總督同城的巡撫，施政相當程度上被總督節制，都可算是總督的直接下屬。
而江蘇巡撫駐地卻在蘇州，並不受駐江寧（南京）的兩江總督管轄，直接掌控蘇南各府軍政大權。 所以若是皇帝更寵信的蘇撫，完全可以不理會江寧的總督。而天高地遠的安徽巡撫、江西巡撫更不用說，兩江總督對他們的節制，也就是個名義。
甚至管理江蘇、安徽兩省綠營兵的江南提督，也並不駐節江寧，而在松江府，同樣與其他各省提督駐節省城，受督撫節制大不相同。
所以若是皇帝寵臣擔任的兩江總督，本身又有能力與威望，方可以名副其實壓制三省巡撫與江南提督，成為軍民兼管的三省之主，如鎮壓太平天國運動時期的曾國藩，否則就僅僅是個政令只行於蘇北、蘇中各府與江寧一城的地方民政官罷了。
清代二百餘年，最有名的兩江總督，莫過於曾國藩。他剛剛鎮壓太平天國之後，封“兩江總督，並以欽差大臣奉旨督辦四省（蘇、皖、浙、贛）軍務，其巡撫、提鎮以下悉歸節制” ，有二十萬湘軍為輔翼，真正在蘇、皖、浙、贛四省說一不二的藩鎮，幾類於裂土封王了。 並獲得世襲罔替的一等侯爵位，並加首席大學士頭銜，被稱為元輔，雖然他的本官還是兩江總督，卻已是無可爭議的當朝第一大臣，遠非其他任何總督、朝官可比。
只是曾國藩年事已高，加上嫡系子孫也無帝王才，長子曾紀澤本是一介書生，即使起事成功，也不過是給自己的弟弟曾國荃，或者是李鴻章作嫁衣，才寧可自減羽翼，裁撤湘軍，效忠清朝到底，以全一時令名。
豈料還是終究難得滿清皇室信任，被慈禧巧借天津教案，輕輕鬆鬆毀其一世英名，淪為舉國皆唾罵之“漢奸”。
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