自从蒙元灭宋以来，对于蒙元的正统地位问题，历来争议不断。作为中国历史上最后一个汉人正统王朝，明朝人对于前朝蒙元的看法，也经历一个从肯定到否定的转变过程。
明太祖朱元璋
明朝初年，对于蒙元王朝的正统地位，无论官方还是民间都是给予肯定的。在洪武元年正月颁布的《 即位诏 》中，明朝官方表明了对前朝正统地位的认可："朕惟中国之君，自宋运既终，天命真人于沙漠，入中国为天下主，传及子孙，百有余年。"将元世祖称为"天命真人"，无异于承认其政权拥有"天命"，具有正统性。此外，明太祖下令编修《元史》，将元朝列为正统，并在洪武六年将元世祖入祀历代帝王庙，地位与唐太宗宋太祖等相等，也是明朝初年官方承认元朝正统地位的明确表现。特别是成书于洪武初年的官修《元史》， 完全是将蒙元当作中国历史上的正统王朝来看待，该书不仅承认元世祖建立的元朝的正统地位，甚至将其正统性上溯到了成吉思汗建立的大蒙古国，首卷即为《太祖纪》。
在民间，初刻于宣德七年《资治通鉴节要续编》， 是明朝前期最为流行的一 部历史教科书，该书序言就明言："以宋为统，辽金分书之，元则直续宋统。"此书主张元承宋统的正统谱系，与明初官方的蒙元史观是吻合的。
明初之所以认可蒙元的正统地位，是因为明初的正统观看重的是"混一寰宇"的"大一统"，对于统治者夺取政权的方式和民族身份并不关注。但是，到了明中后期，主流的正统观则开始强调华夷之辨，强调正统的"正"。
这一思潮起源于明初的名臣方孝孺。他在《释统 》一文中写道："取之不以正，使全有天下，亦不可为正；夷狄而僭中国，治如苻坚，亦不可继统矣。"根据此"夷狄不得为正统"的理论，方孝孺否定了蒙元的正统地位，但当时他的主张并不受人待见，被普遍嘲笑。
方孝儒
土木堡之变后，明朝人的民族情绪开始高涨，对于华夷之辨日益重视，方孝孺的主张渐渐成为了主流观点。成化年间，丘濬作《世史正纲》， 明确表示继承方孝孺的观点，否定元朝正统，声称要"严内夏外夷之限，以为万世大防，故以《世史》为名。" 在该书之中，有一段对辽朝耶律德光的论述，很能表现出该书的正统观念。作者说"后代的人们，在议论元朝时，总是以元朝曾经统一中国为由，就把它与汉唐并列为正统，这是什么歪理邪说？耶律德光也曾经占领过中原一段时间，忽必烈与他，都是同样的夷狄，只不过占据的地盘大小不同而已，仅因为地盘大小的不同，就论定一个算正统，一个算非正统，这不是以功利的角度去论断是非吗？这样的观念岂能符合春秋大义？"
不过，在成化年间的官方史书中，虽然开始有了华夷之辨的观念，但只是比《元史》的立场后退了一步，并未彻底否认元朝正统。当时的官方史书，认为宋朝灭亡之前的元朝不是正统，宋亡之后的元朝才是正统。因此在宋亡之前都以宋年号纪年，直到宋朝灭亡后，才以元朝年号纪年。
明朝人对于蒙元正统性看法的根本转变，是嘉靖年间的事情。嘉靖皇帝下令将元世祖像从历代帝王庙中移走捣毁，将配祀孔庙的元朝大儒吴澄等以"大节有亏"名义逐出，又下诏重修元史，虽未修成，已经昭示了官方态度的彻底转变。成书于嘉靖二十五年的王洙《宋史质》， 则是最能代表当时士人彻底否定蒙元正统态度的一部史书。作者主张"胡元者，赵宋之闰位"，书中将元朝国号、年号、皇帝谥号等全部削去不表，对于元朝皇帝直呼其名，不称皇帝，表示这是为了"辩人类而明天道也。"为了彻底否定蒙元正统，王洙还直接以明统继宋，追尊明太祖之高祖为德祖元皇帝，在南宋少帝之后继为正统，将宋明之间的元朝彻底抹去。
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