潇湘夜雨l
明朝的两京制与历史上的两京、多京制比较，最大的不同就是在留都也设有一套完整的中央机构。
正统六年（1441）年，两京制正式定型。南京所设立的机构近乎与北京对称，也有五府、六部、九卿等衙门，品级与北京也完全相同。南京也有自己的特点，某些地方不同于北京。我来简单聊一聊。
南京半壁江山的事务全交给几个公、侯、伯掌管，皇帝不是很放心，于是在设立南京守备之后，洪熙元年（1425）又命内官监太监郑和以下西洋官军守备南京。初设守备太监一人，以后增为二人，一正一副。皇帝不在南京，南京就不设内阁了。
表面上看，南京守备和南京守备太监是平行的，不相统属。但南京守备太监是“司礼监外差”，天子“三千里外亲臣”，所以守备虽以公、侯、伯之尊，也要屈尊俯首。南京守备厅会议议事时，太监通常“据首席”，目的是保障南京权力核心与整个国家的核心——皇帝保持高度一致。
以南京吏部为例，谈一谈具体运作问题。南京吏部掌管南京及南直隶的文官管理，与北吏部无隶属关系，但有时也要受北吏部的制约。
因为管理文官属皇帝大权，南京远离天子，所做各项决定必须咨送北吏部，奏请执行。如“凡南京各衙门新除、复任官员，吏部咨开职名到部，各取到任日期，并各衙门缴到各官文凭，收侯年终，类交吏部”。又如南京文职初授、升授、加授散官，也“类咨吏部，具奏给授”。这两段引文中的吏部，都是指北吏部。
南吏部职务，唯考察一事最为重大。南京考察主要由考功司具体负责。《明史·职官志》云：“凡南京官六年京察，考功掌之，不由北吏部。”
可见与北京对称的南京机构，虽然品级一样，但是执掌范围是不一样的。南京职位一般比较清闲、责权小。邓海春
明朝在北京中央和南京各设置吏、户、礼、工、刑、兵六部，与前代相比，明朝最初在每部增加尚书侍郎各一名。南京六部除兵部（掌管南直隶与浙江、江西等省的军队）、户部（掌管南方户籍）外，其他四部基本没有实权，是被排挤出中央官员的“养老之地”。
南京兵部尚书一般挂“参赞机务”衔，会同镇守太监和南京守备勋臣(开国功臣的后人)共同管理南京的全部事务，一般这三个人中以南京兵部尚书为主。 所以说，南京真正有实权的就三人：镇守太监、南京守备、和参赞机务(南京兵部尚书兼任)。
明朝南京户部负责征收南直隶以及浙江、江西、湖广诸省的税粮（此四地所交税粮几乎占了明帝国的一半），同时还负责漕运、全国盐引勘合（明朝从始至终，南京户部一直负责这一事务）。因此南京户部侍郎经常兼任总理粮储。
南京吏部负责南京官六年一度的京察考功，北吏部不得干涉。
南京刑部负责南京诸司、公侯伯府、京卫所的刑名。
南京工部的职责与北京中央的工部相仿，只是管辖地区限于南京及附近各省。
南京礼部倒确实没有什么职权，因为皇帝几乎不来南京，礼仪祭祀活动不多。
另外南京也设大理寺和都察院，由此可见，不能说南京六部是无事机构，他们也有一定职权。不过跟北京六部以及其他部门比起来要差很多，有的完全是养老衙门，以讹传讹之下，就变成“没有职权的养老院”了。
易祥好好说
分两个时期吧。迁都前，南京作为京师，基本上在京的官员都是朝廷重臣，手握大权。这一时期包括朱元璋、朱允炆、朱棣三代君主，随着朱棣迁都，南京的地位逐渐下降，更多的是成为了一个象征性意义的地方。
只是作为前京师，明太祖的孝陵所在，明代在南京还是有所布置的，南京保留了与北京相对应的一套职能机构，如六部尚书等。
迁都后，相比之下，南京官员权力都要小很多，六部尚书也不能跟北京六部尚书一样，入阁参政。不过，南京官员也并非全是闲职，如南京兵部尚书，就掌管南京兵权，南京户部也都负责漕运等事务，两者都是具有实权的职位。
浮沉于史
明朝时期的南京和北京一样，都属于国家中心城市。朱元璋、朱允文在位时，都是国家都城，即京师。朱棣属于藩王，封地在燕地，自己的心腹，部将都在北京地区。因为长期和少数名族打交道，练就了马背上的功夫，定都北京的目的是严防北方游牧名族南下侵略，同时扼守关东地区，保证国家统一。保留南京“南都”是为了以防后世国家出现危机了，国家也可以正常运转。
会游泳的小老鼠
因为明太祖那个独裁皇帝也怕后代没有他那样的精力和权术来驾驭整个大明朝而亡国，从而设立了六科廊和都察院监察皇帝和百官，而且这两个部门都有封驳权，圣旨也有可能被反对回去。可以说真个明朝属于那种独裁民主制，
八卦研究室
想当年朱元璋坐收渔翁之利智取应天（就是南京），随着自己实力的不断扩大加上打败了主要敌人陈友谅就想着称帝，和李善长刘伯温商量后决定定都应天。后来永乐帝朱棣迁都北京，主要是考虑到防范元朝余孽，维护边境稳定。但是应天作为陪都一直地位稳固，有着自己的一套官僚机构，包括三省六院各个衙门。海瑞，王阳明等等都是应天官僚机构的著名代表人物。
千户大人3
因为皇帝在北京，南京虽然有北京的一整套系统，可就差个皇帝，所以基本上是高级官员们养老的地方了。有实权的人基本都在北京。
梦醉红颜48111714
兵部和户部有点实权，因为是管理南直隶的军队和户口钱粮，其他的就纯粹是养老部门了
Andy苏州
明朝有备份却不用！
