清代中樞機構的變化有一個過程，清初時是議政王大臣會議，之後是內閣，到了雍正時期有了軍機處，再到晚清出現了總理各國事務衙門。需要指出的是，軍機處和總理衙門在很長一段時期內是同時存在的，因此不少人認為這兩個機構是平行的，總理衙門在一定程度上削弱了軍機處的權力。
總理各國事務衙門成立於咸豐末年，由親王、貝勒、軍機大臣等親領其事。有學者指出：“清自雍正七年而後，軍機處關係一代大政所從出，最為重要；迄於咸豐十年，軍機之權，轉而移於總理衙門，遂以辦理各國通商事務為其當務之急。”
那麼，總理衙門有沒有削弱或轉移軍機處的權力呢？下面分幾點來說。
一，從恭親王奕訢奏請設立總理衙門的初衷來看
咸豐十年（1861年）十一月初三日，恭親王奕訢聯合桂良、文祥上奏《統計全局折》，在該折後附章程，即提出設立總理各國事務衙門。為了獲得咸豐帝的支持，他們強調指出：“俟軍務肅清，外國事務較簡，即行裁撤，仍歸軍機處辦理，以符舊制”。
從而可以明確兩點：其一是奕訢所言“仍歸軍機處處理”表明，總理衙門經營之外國事務原為軍機處辦理，如此一來，顯然是削弱了軍機處的一部分權力；其二，總理衙門僅是臨時機構，這表明奕訢等人此時設立總理衙門之時，並無侵佔軍機處權力的想法。
此外，在提議中，還有軍機大臣兼領總理大臣一款，奕訢等人對此的解釋是：一是因“軍機大臣承書諭旨，非兼領其事恐有歧誤，請一併兼管。”二則“因俄國條約第二款，載有嗣後行文，由俄國總理各國事務大臣，或徑行軍機大臣，或特派大學士往來照會”等語。那麼，俄國如此，其他國家想來也是如此。
事實上，奕訢在以上兩點原因之外還有另外的意思，即告知咸豐帝及諸軍機大臣一個事實，軍機大臣兼領總理各國事務衙門大臣一職，實亦有軍機大臣仍擁有本應由軍機處管理之對外事務的權力。以此再次表明奕訢等創立總理衙門並無侵越軍機處權力的想法。
軍機大臣兼領總理大臣，而總理衙門又將於“軍務肅清，外國事務較簡”之時“即行裁撤”。這重申了總理衙門不過是一個臨時機構，專門為了應付各國事務而已。
二，從同治朝軍機大臣兼領總理大臣情況來看
咸豐十一年總理各國事務衙門初設之時，僅有文祥一人作為軍機大臣兼領總理大臣之職。辛酉政變後，以恭親王奕訢為首的幾位主要總理大臣都入值軍機處，而後又有主要的軍機大臣兼總理大臣之職，入寶鋆、沈桂芬、李鴻藻等。
同治一朝，軍機大臣兼總理大臣的比例在逐年增加，最多時兼總理大臣的軍機大臣佔了一大部分，這種情況在同治一朝十三年中持續了六年之久，幾乎佔了一半。此外，這些身兼軍機大臣的總理大臣在總理衙門中皆屬位高權重。恭親王奕訢以議政王身份位列首席軍機大臣，併兼領總理衙門，可謂一人把持清廷的內政、外交兩大中樞機構。
文祥以軍機大臣兼管總理衙門，該衙門“所有大小事務皆親自裁決”。有關總理衙門內大臣地位的額森嚴，英國使臣威妥瑪就曾有過這樣的記述：“每使臣發一議論，則個人以目光相視。大臣視親王，信任署之大臣，又視舊在署之大臣。若王發一言，則個人矗然響應，亦莫非是言，唯沈君某者似覺不可復默，乃首答曰：‘今日天氣果好’，於是王大臣莫不曰：‘今日天氣果好’”。
威妥瑪對這段記述對總理衙門內部親王、軍機大臣遵崇地位之描寫可謂入木三分。由此可見，在同治一朝總理衙門的大權仍然是軍機大臣所把持，從一點來看，軍機處的權力並未有所轉移或削弱。
三，從軍機大臣、總理大臣的主要職掌來看
軍機大臣職掌主要包括：“掌書諭旨，綜軍國之要，以贊上治機務；常日直禁庭以待召見，駐蹕圓明園入直亦如之，行在所亦如之；諭旨明降既述則下於內閣，諭軍機大臣行者，既述則封寄焉……”由軍機大臣職掌可見，軍機處是一個備皇帝顧問並能夠參與最高決策的中樞機構，是清朝皇帝實現專制集權統治的工具。
而總理衙門的職掌是：“與各國締結條約、與外國使臣往來照會、各國通商、中外疆界、傳遞電奏、辦理外使覲見、接到外使及與之往返交涉等。”就主要職掌來看，總理衙門是負責洋務、外交各項事務的行政機構。
兩相對比可知，總理衙門的成立並未取代軍機處的主要職能與地位。反之，我也也會看到這樣一種現象：只有身兼軍機大臣的總理大臣才會位高權重，總理衙門也因軍機大臣的兼任地位才顯得高於六部。
綜合以上三點可知，同治一朝兼任總理大臣的軍機大臣，不僅參與了洋務文化教育、海防海軍建設等洋務、外交事務的決策過程，事實上他們也幾乎全程參與了這些事務的籌議和具體實施的過程。所以說，軍機處的權力非但沒有被削弱，反而在一定程度上有所增強。
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