明代末期，黨事紛亂，政治腐敗已到極點，士大夫分邪正兩派，互相攻擊，宦官魏忠賢又與邪派勾結，合力迫害比較正直的朝臣。萬曆三十二年無錫籍大臣顧憲成被革職回鄉，修宋朝學者楊時（號龜山先生）所建的東林書院，聚會失官歸隱的一些大臣高攀龍、錢一本、薛敷教等人講授程朱道學。
一時政治上不得志的士大夫等皆進書院聽講。書院除誦習古書外，兼議論時政、批評人物，一時成為全國輿論中心，在朝的一部分正派官員，也與東林通聲氣，依靠輿論力量對抗邪黨。在朝的邪派官員則以“東林”二字為犯罪的代名詞，給政敵加上東林名號，便可惜題攻擊。雖然朝廷中有些人並不承認自己是東林黨人。但有些人卻要求掛名於東林黨自以為榮，這種黨爭攻擊一直到明朝滅亡為止。
顧憲成、高攀龍為首的政治集團大多是無錫人，他們活動的區域一般也在無錫附近，為何人們不像稱他們的政敵浙黨、宣黨、昆黨等一樣，稱他們為錫黨，而稱他們為“東林黨”呢？
從最簡單的解釋來看，這是由於他們聚眾講學的書院之名“東林”而形成的，東林書院，舊址在“錫邑城東隅弓河之上”（今無錫市蘇家弄3 號），相傳稱為“東林精舍”。宋楊時寓居無錫的講學處，後曾一度廢為僧庵。明萬曆年間在常州知府歐陽東鳳和無錫知縣林宰的贊助下，罷官歸裡的顧憲成、顧允成等人在廢址上重建書院，仍以“東林”名之，從此東林“諷議朝政、裁量人物”。一時“士大夫抱道忤時者，率退處林野，聞風響附”。“東林”之名大著，傳聞中外。那麼，原先建造書院的南宋學者楊時，為何用“東林”二字來命名其講舍呢？有學者考查過宋代以前的所有無錫城鄉的地名，均無“東林”之名。那麼“東林”之名從何而來？還必須以題名者楊時本身的經歷和思想言行方面去尋求答案。楊時早年中進士，因敬羨程顥、程頤的學問人品，“調官不赴”，專程以師禮見“兩程”、“程門立雪”之後，“杜門不仕者十年，久之歷知瀏陽、餘杭、蕭山三縣，皆有惠政，民思之不忘”。當金兵大舉南侵之際，他極力主張反對投降、主張加強邊防，並提出收復失地要以“收復人心為先”的建議。然而執掌朝政的蔡京、童貫之流卻置之不理，救國無門，所以他屢次“乞歸林泉”。這期間，他曾遊廬山東林寺，追懷東晉文學家陶淵明，名僧慧遠，道士陸修靜等人談儒論經的雅事。並留有《東林道上閒步》詩三首。清代初年，有人就根據這些猜測“先生或愛廬山東林之勝而移名吾邑講學處，亦未可知”。這種猜測是有一定道理的。歷史上，常有一些文人學士，因留戀或嚮往某處名勝古蹟而將其美名移至他處，北宋蘇舜欽被讒遭貶後，居蘇州，買水石築亭造園，因慕湖南滄南之水可濯纓灌足，故名之日：“滄浪亭”。蘇東坡客宜興丁山，頗愛此處山水，欲買田種桔，在此定居，但又懷念家鄉四川，故名這裡的山為“蜀山”。有學者認為，楊時所以要“移名”與蘇舜欽、蘇東坡有所不同，並非單純出於“愛廬山東林之勝”，更主要是執意繼承和發揚白蓮社之風。位於廬山西北麓的東林寺，是我國佛教淨土宗（蓮宗）發源地。東晉太元六年，名僧慧遠在此建寺講學，並創設白蓮杜，倡導“彌陀淨土法門”，後世推尊他為淨土宗始祖，國內外許多名僧來此求經拜佛。唐時極盛，揚州高僧鑑真東渡日本前也來該寺，後與該寺和尚智恩同渡日本傳經講學，慧遠和東林淨土宗的教義也隨之傳入日本，至今日本東林教仍以廬山東林寺慧遠為始租。慧遠創立的“淨土宗”的主要教義認為世俗眾生居住的世界為所謂“穢土”、“穢國”，而佛居住的地方為“淨剎”、“淨界”、“淨國”。因而他邀僧俗18人成立“白蓮社”，發願往生西方淨土。楊時先生起名自己的書舍為“東林”，也就有它特殊的含義。
楊時先生的這種志向和意圖，後來也被東林黨人所繼承，他們不但修復了東林書院，還建造楊時祠堂——“道南詞”（取意於程頤目送楊時南歸時所說“吾道南矣”之語），聚朝野之臣、林下之士講學於其間，仿廬山東林寺，莊嚴肅穆，溪雲庭月、景色幽美，追慕古賢、聊舒胸臆、遠思悠悠；抨
擊時弊，慷慨陳詞，與當時統治階級內部最腐朽的勢力——閹黨邪黨抗衡，力訐他們的穢狀劣跡。“進則正言直諫於朝，退則明善淑人於野；丹心矢謁於少壯，素節不改於暮齡”。天啟五年，魏忠賢矯詔殺死了顧命大臣楊漣、左光斗以及魏大中等東林黨人，又毀了復興20餘年的東林書院。為復建東林書院而竭盡全力的高攀龍來到那兒，他明知自己即將遭害，仍然書寫下了成為千古絕唱的《過東林廢院》詩，其中一首雲：“蕞爾東林萬古心，道南祠畔白雲深。縱令伐盡林間木，一片平蕪也號林。”這也清楚他說明了“東林”
兩字被顧憲成、高攀龍等人承名後，又有了新的更進一層的含義，他們以林比書院，以木喻黨人，堅信東林黨人伐不盡，正義之氣世間永存。
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