荷魯斯之亂
在改變一切的荷魯斯之亂中，共有一半的基因原體背叛了帝皇。其中第一個受到蠱惑的是懷言者的基因原體羅嘉，但是起決定作用的叛亂原體無疑是帝國的戰帥荷魯斯，本來帝皇在大遠征中抽身離去就已經給荷魯斯帶來了一絲不快，在一場混沌的陰謀中，荷魯斯身中混沌毒素昏迷不醒，在睡夢中荷魯斯看到了混沌四神給與他的預言，預言的具體圖景尚且不為人知，我們只知道荷魯斯在甦醒之後就人格大變，他認為只有推翻帝皇的統治才能真正拯救人類的未來，但他的所作所為卻是一切災難的開端。
荷魯斯的叛國行為在後世被稱為 "荷魯斯叛亂"，帝國大約一半的軍事力量，包括帝國衛隊、九大叛徒星際戰士軍團和機械神教的泰坦軍團參與了叛亂。這場可怕的內戰持續了整整七年，最後在泰拉之戰中，叛軍大舉攻佔了皇宮，將戰爭推向了高潮。忠誠軍團來不及回援，泰拉岌岌可危，經過55天的殘酷戰鬥後，在神聖泰拉的近地軌道上空，人類帝皇和荷魯斯在荷魯斯的旗艦 "復仇之魂 "號戰艦展開決鬥，此時的荷魯斯獲得了混沌四神的祝福，力量膨脹到可以與帝皇一戰的水平，帝皇最後付出沉重的代價才徹底毀滅了荷魯斯，將他的靈魂也一併抹除，即使是混沌神靈也無法再次復活他。沒有了他們的領袖，混沌軍團很快就崩潰四散而逃，隨著極限戰士基因原體羅布特·吉利曼率領的忠誠派援軍抵達太陽系，混沌空間軍團和他們的盟友們退到了被稱為恐懼之眼的巨大亞空間裂縫中。
這場可怕的內戰中，帝國付出了無法承受的代價，帝皇身負重傷昏迷不醒，半數軍團叛亂，忠誠的戰士犧牲無數，就連戰無不勝的基因原體也所剩不多：20位基因原體中有兩位在叛亂前就消失在歷史中；剩餘的18位中有9位背叛了帝國；忠誠派的9位基因原體中有兩位在大叛亂中就犧牲了，他們是血天使的聖吉列斯和鐵手的馬努斯；剩餘7位忠誠原體也相繼失蹤：火蜥蜴的伏爾甘在不為人知的地方等待復活，暗黑天使的莊森因為部下的叛亂身負重傷在軍團的要塞中昏迷，太空野狼的魯斯去尋找救治帝皇的方法蹤跡全無，白疤的可汗消失在精靈的網道中，帝國之拳的多恩也在戰鬥中失去蹤跡，暗鴉守衛的科拉克斯融入了亞空間追殺叛徒不問世事，而極限戰士的羅伯特基利曼在沉睡一萬年之後被艾達靈族救醒，現在只剩下他一個人支撐著諾大的帝國。
在帝皇自己的指示下，帝皇的殘廢身體被安裝到了被稱為黃金王座的精神力放大器的機械式生命維持機制中，他的身體無法支持他在人間行走，但是他的精神依然像太陽一樣在亞空間內照耀，他化身亞空間星炬指引著亞空間內的帝國艦隊，他的強大精神力可以與混沌神匹敵，星炬是帝國的通訊、商業和星際旅行的命脈。
在索塔星球上的一場小規模的叛亂戰役，吸引了泰倫蟲族艦隊的注意，這個可怕的新敵人進入了戰場，成為了所有勢力的噩夢。
大清洗時期(約014-021.M31)
大清洗，是人類帝國對叛軍軍團的大反擊。它是在荷魯斯叛亂結束後立即開始的，在31k的泰拉之戰中，戰帥荷魯斯死後，四散而逃的叛軍躲進了在被稱為 "恐懼之眼 "的亞空間裂縫中。在被永久禁錮在黃金王座的生命維持機制中之前，帝皇已經對叛徒們宣佈了審判：他正式宣判他們為 "叛徒"（Excommunicate Traitoris），所有關於叛徒軍團的記錄和記憶都將從帝國檔案中刪除。
像伊斯特萬五號和達文這樣的世界，因為混沌的入侵，星球上所有的生命都無條件消滅。叛徒軍團的相關部隊，來自黑暗機械軍團、泰坦軍團，或者是帝國陸軍和帝國海軍都將一併被消滅，或者是被趕入恐懼之眼。在叛亂事件結束後，大清洗的戰鬥又持續了7個年頭。眾多混沌星系被清洗乾淨，被置於新生的宗教裁判庭的監視之下。
帝皇的夢想是開啟一個新的啟蒙時代，一個人類從迷信和無知中解脫出來的時代，荷魯斯叛亂徹底毀滅了這個未來，人類帝國已經無力支撐大遠征，只有虔誠的宗教迷信和高壓統治才能維持現有的局面。大清洗之後，帝皇和眾多神靈般的原體都隱入歷史的幕後，凡人們作為主角在陰暗危險的宇宙中掙扎求生，這樣的局面持續了一萬年，被稱為 "帝國時代"。
