鄭成功
滿清於1644年入關，鄭成功是在1661年（清順治十八年，永曆十五年）率軍橫渡臺灣海峽，翌年擊敗荷蘭東印度公司在臺灣大員（今臺灣台南市境內）的駐軍，收復臺灣的。中間相隔17年。
明末臺灣
1645年（清順治二年，弘光元年）清軍攻入江南，不久鄭芝龍降清、田川氏在亂軍中自盡；鄭成功率領父親舊部在中國東南沿海抗清，成為南明後期主要軍事力量之一，一度由海路突襲、包圍清江寧府（原明朝南京），但終遭清軍擊退，只能憑藉海戰優勢固守泉州府的海島廈門、金門。所以在鄭成功退守臺灣之前，他的根據地是廈門和金門，現在廈門的鼓浪嶼還有鄭成功的遺蹟。
而在鄭成功統治臺灣之前，臺灣雖然名義上歸屬明朝，但明朝對臺灣是沒法真正有效統治的。
三國東吳發現臺灣
臺灣島雖然發現很早，在三國時期孫權就派兵前往過，但一直到明朝，臺灣的漢族移民都很少，主體民族還是臺灣土著（即現在高山族）。真正意義上的臺灣大開發，還得等到明末開臺王顏思齊開拓臺灣，後期鄭芝龍繼承顏思齊的地位，成為臺灣的真正統治者。
但後期荷蘭人佔據了北臺灣，鄭氏勢力在臺灣衰弱。
直到1661年，鄭成功打敗荷蘭人，佔據臺灣，鄭氏勢力重新籠罩臺灣。
鄭成功原本效忠的是隆武帝，鄭成功名字的由來也是因蒙隆武帝賜明朝國姓“朱”，賜名成功，所以人稱國姓爺。
鄭成功北伐
隆武帝被滿清俘虜死後，鄭成功名義上向永曆帝效忠，但永曆帝是李定國和孫可望等人支持的，所以鄭成功一直保持著事實上的獨立。
佔據臺灣之後，鄭成功也並未稱帝，繼續效忠永曆帝。鄭成功死後，鄭經上位，自稱延平王，仍奉已死的永曆帝正朔，成為了南明抗清的最後根據地。人稱鄭明。
所以這期間臺灣還是名義上屬於明朝的。
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