1898年6月11日，臨政光緒皇帝頒佈《定國是詔》，決定變法。同年8月，譚嗣同被光緒帝徵召入京。9月5日，光緒下詔授給譚嗣同和林旭、劉光弟、楊銳四品卿銜軍機章京，參與變法。
三十三歲的譚嗣同、沒有通過科舉、卻靠真才實學進入仕途，成為四品大員。
然而，當了大官的他，心裡盤算的不是當更大的官，而是做更大的事。
此時康梁也加入了變法的官方陣營。康有為出任總理衙門章京，梁啟超負責京師大學堂譯書局事務。
維新派陣營裡，人人都想大幹一番，但是，他們遇到一個問題：實權。
這些人群裡，竟無一位是實權派。
怎麼辦呢？
他們沒有坐而論道，而是主動出擊。
裡應外合，借力發力。
裡應，拉住漢族軍帥袁世凱。
此時袁世凱經過朝鮮敗績後，已經恢復了部分元氣。被朝廷重新啟用，出任直隸按察使，主持小站練兵，此小站之兵，是為新軍，即後來的北洋軍。
維新派之所以拉攏袁世凱，一是因為袁世凱表面上也是支持變法圖強的；二則袁世凱手裡有兵，可以幫助維新派得到實權。
應該說，這些維新派、改良精英們的想法是好的，但卻有些脫離現實。因為他們只聽袁世凱表面表態擁護維新，但沒有看穿此人本質：仍是一箇舊人。已經在與日鬥士中失敗的袁世凱，可以稱得上是一代奸雄。但絕非新人，更非精英、政治家，本質上他和李鴻章一樣，沒什麼政治信念，當官是他的最大追求。理想和信仰在他們眼裡是個虛無的東西，他絕不會為了所謂國家進步，拿榮華富貴冒險。
所以，這個樣子的袁世凱既不是什麼改良派，也不是保守派，而是一個堅定的騎牆派。見風使舵、左右逢源是他最強項。1895年，他慈禧親信保守派頭子榮祿打得火熱、獲得了在天津小站主持按練新兵的兵權。而1898年變法運動起，他又靠近維新派，報名參加康有為等組織的“強學會”，假裝進步。
如此一個袁世凱，就相當迷惑了一些書生氣十足的維新人士，年輕的光緒帝對他也寄予莫大的希望。
為了尋求支持變法的軍事力量，光緒帝接見了袁世凱。光緒帝問他新政是否合宜？他滿口讚揚。並磕頭髮誓，竭力報答皇上厚恩。於是皇帝提拔袁世凱為侍郎候補，令其專辦練兵事務，以此恩遇拉攏袁世凱支持變法。袁世凱在這個時期之所以熱心支持變法，主要還是因為當時維新派正得勢，如康有為、譚嗣同等人都成了光緒身邊的知己。由於變法前景尚不明朗，袁世凱這種慣於趨炎附勢之徒不能不給自己留一手。一旦變法大功告成，他也不失為有功之臣。
就在維新派拉攏袁世凱之際，形勢發生突變。
以西太后為首的實權派準備反擊。形勢緊張，譚嗣同自告奮勇，冒著生命危險，悄悄到法華寺袁世凱的住處，坦率地說明自己來訪的目的。動員袁世凱殺掉榮祿，包圍頤和園，迫使慈禧等就範，救護光緒，保護新政。袁世凱當場慷慨激昂地應承。
維新派以為大功告成，裡應準備完畢，下面是外合了。
外合，請來伊藤博文。
1898年9月，伊藤以私人身份訪問中國。維新派對伊藤博文來訪的熱切盼望，並請其指教。以康有為為首的中國維新派，對伊藤博文此次訪華成果抱有很大期望。公開提倡以日為師，實行新學新政。相通的文化，相近的位置，人家做到的，我們應該也能做到。
那不是簡單的勾兌，是化學反應，不是物理反應
而且康有為還提出一個大膽政治構想——“中日合邦”。由康有為、伊藤博文等人挑頭，實行專家治國，全面接管中國的政治、軍事、財政、外交等一切事務。
在康有為看來，中日兩國因為“同文同種”，如果像歐洲的一些國家那樣，聯起手來，則新生有望。
9月20日，光緒皇帝在勤政殿會見伊藤博文，伊藤博文向光緒皇帝表示，讚賞中國新政。這一天非同尋常，它是“戊戌政變”前夜，光緒皇帝退出中國政治舞臺的“末日”。
當伊藤博文讚揚中國的變法、對光緒表示欽佩、表示他可以為中國的變法做點事情時，光緒皇帝的答語裡，也包含了維新派請伊藤博文為“變法總顧問”的一層意思，有點“準帝師”之意。足見光緒皇帝與維新黨一樣，對伊藤在中國變法的“外援”之力上，抱有很大期望。
然而，背靠的東西，畢竟是他助，總不能取代自助。常言道，自助者天助，無法自助的維新派，自然也得不到天助。他們機關算盡，結果卻是一切差強人意。
首先，是裡應之力變節。
向譚嗣同信誓旦旦拍了胸脯的袁世凱，連夜趕到天津，向榮祿告密。慈溪太后發動政變，宣佈自己再次臨朝訓政，下令囚禁光緒帝，抓捕維新黨。
裡應倒戈，那麼此時外合力量如何？
戊戌政變發生時，伊藤博文還在中國境內逗留。維新黨跑的跑逃的逃，康有為梁啟超逃入日本使館，而日本公使林權助因無東京指令，不知所措。仍在北京的伊藤博文當即表態：救梁啟超等逃往日本。並表示“如至日本，由我來照顧他。梁這位青年，對中國來說，實在是寶貴的人物。”
眼見著中國政治改良功虧一簣的伊藤，不知心裡做何感想？我們不得而知，伊藤博文選擇中國政變前夜訪華，是有預謀還是“不期而遇”。但是，有一點是可以肯定的，他對中國的維新派，情有獨鍾。這當然不能排除他的大原則——為日本的國家利益考慮——加深日本對中國的影響，使日本在中國利益最大化。但是，“志同道合”談得來，大概也是拉近距離的重要原因。
從他積極營救維新流亡者的態度看，他對中國百日維新的失敗是同情和惋惜的。但是，正像他對光緒皇帝表白的那樣：外臣當竭其所知以告。“外臣”兩字，表露了他的真實意思——有些事力所能及，有些事鞭長莫及。中國的事情，即便維新黨想借力發力，本身也要有“內亂”的實力方可成事。
在這次政變中，以康梁為首的維新派大多選擇了逃避，而譚嗣同是唯一可逃，卻不逃的重量級人物。
他和其他五位逃不掉的同仁（注： 林旭、楊深秀、劉光第、楊銳、康廣仁，史稱“戊戌六君子”）一起，被遊街示眾、押往菜市口斬首。罪名是——
“倡邪說，惑世誣民”“乘變法之際，隱行其亂法之謀”“糾約亂黨謀圍頤和園，劫制皇太后”“私立保國會，言保中國不保大清。”
這幾條罪狀，哪個不是開天闢地救民水火的千古功績？
當譚嗣同這個為國分憂的新士人受刑時，百姓對他們的“罪行”義憤填膺，這幫“愛國的”家奴們爭先恐後在菜市口拿大菜梆子往他臉上扔。還有行刑的劊子手，為了增加欽犯的痛苦，故意用了一把鈍刀“鋸”譚嗣同的頭。
劇痛中的譚嗣同不知在想什麼。
也許他在悔不該被舊官僚的假象迷惑，沒有看透袁世凱這個“莫逆之交”的真實嘴臉，輕信導致失敗。
而在袁世凱看來來，這個不為自己著想、只想為國作為的譚朋友實在是傻，太不可理喻了。
事變後，袁世凱因通風報信有功，受到慈禧的器重，從此攀上了西太后這棵大樹，官位一升再升，最終成了影響清政府內政外交的北洋集團首腦人物。
對比二人結果，也許有人說譚嗣同天真，讚賞袁世凱的成熟。殊不知英雄偉大作何解，不超越個人榮辱做大事，如何道“偉”？
譚嗣同就義後，他的巡撫父親也遭牽連，被連坐，削藉回家。想起兒子，這個小心翼翼的大員也不免悲憤，奮而寫詩，追悼亡子：
謠風遍萬國九洲，無非是罵；
昭雪在千秋百世，不得而知。
——挽長子譚嗣同
百日維新澆滅了近代中國第一代精英最後幻想，他們想改變慈禧太后把持的政權，他們也知道，如果變法想取得成功，必須先讓光緒皇帝收回皇帝的實權，但是他們做不到。
維新派的最大亮點，不是頭領康梁，而是譚嗣同。
他思想超前，勇氣非凡。摧枯拉朽，臨死不懼。臨終幾言，永垂青史——
“各國變法無不從流血而成，今日中國未聞有因變法而流血者，此國之所以不昌也。有之，請從嗣同始”。
“望門投止思張儉，忍死須臾待杜根。我自橫刀向天笑，去留肝膽兩崑崙。”
“有心殺賊無力迴天。死得其所。快哉快哉！”
思想和劍，他一樣不缺。可謂頂天立地一精英、真死士。自古書生造勢，唯舌與筆，但“一言而興邦”“一支筆可抵三千毛瑟槍”云云，卻顯誇張，除了譚嗣同敢於動刀動槍，其餘維新派康有為們的造勢手段，不外乎上書、開學堂、辦報、編書，成立各種學會，這些文斗的招數，終歸殺傷力有限。
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