故事梗概一笔带过：浪矢雄治爷爷开的解忧杂货店，在他在世时和去世33年后的纪念日——9月13日发生了5个完整独立（看起来）的咨询故事。这些故事中的主人公又都与皆月奶奶创立的孤儿院——丸光园有着千丝万缕的联系。书的最后交待，年轻时的浪矢雄治携皆月私奔未果，两人各开了为人解忧的杂货店和帮助孤儿的丸光园。此谓“两点”。
接下来说“五线”。
33年后的故事，有三个。
话说三个自小在丸光园长大的小偷，2013年9月12日晚因闯空门出逃路上车抛锚，临时破门进到一个无人居住的杂货店，静待天亮混入人群逃之夭夭。不曾想，从里面被焊住的生锈卷闸门外，竟有人往里投咨询信。
第一封信来自“月兔”，其真名为北泽静子。她是一名击剑运动员，正为次年将在日本举行的奥运会紧张备战。此时，同为运动员且是她的教练的爱人却身患癌症，时日无多。月兔在两者中难以取舍。三个小偷通过信件细节，分析出这竟是一封来自33年前的信，而咨询者所处次年的1980年日本奥运会，因参加抵制运动未能如期举行。于是，三个小偷劝她放弃备战，专心守护爱人。她与邻居家的养女武藤晴子无话不谈。
第二封信来自“鱼店音乐人”，其真名松冈克郎。在继续音乐道路还是接手年迈体弱父亲的鱼店两条路上，他矛盾纠结。三个小偷奉劝他三年的时间在音乐上都没能有任何发展，不如趁早放弃。他来到杂货店门前，吹响了自己原创口琴曲《重生》。三个小偷惊讶地发现，这首歌是日后一个叫原水芹的著名女歌手每场演出的必唱曲，据说是为了纪念一位恩人。他们鼓励他把音乐作为爱好，必有传承。在一次前往丸光园的表演中，为救一个女孩的弟弟，松冈克郎葬身火海。被救男孩的姐姐原水芹，为报恩将《重生》唱红。
第三封信来自“迷途的汪汪”，其真名武藤晴美。迷途的汪汪在白天工作、晚上当酒家女的边缘徘徊，想辞掉OL的工作当全职酒家女，赚更多钱报答因父母车祸身亡被送进丸光园，最后收养了她的姨婆一家。三个小偷极力阻止她滑向堕落的深渊，对她描绘了日后日本的经济走向，让她倾尽所有投资房地产和股票，并在90年代全部清空。晴美一步步成为大公司社长，但因她想收购重建丸光园，被三个小偷误认为对丸光园不利，于是在2013年9月12日夜闯入其宅行窃泄愤。
33年前的故事，有两个。
33年前，浪矢雄治爷爷开的杂货店，开始只是回答一些小孩奇奇怪怪的问题。杂货店收到的第一封严肃的信来自“保罗·列侬”，其真名和久浩介。他当时是一个初中生，也是披头士的死忠粉，家里很富有，收集了披头士所有唱片。然而，父亲因公司负债决定举家潜逃和披头士解散的消息让他无所适从，便求助于浪矢爷爷。爷爷劝他“一家人总要在一起”，可他劝在半路上逃离父母，化名“藤川博”，最后辗转至丸光园，成为一名木雕匠人。在丸光园，他曾经送了一个木雕给武藤晴子。
浪矢爷爷的第二封信来自“绿河”，其真名川边绿。她怀上有妇之夫的孩子，向浪矢爷爷咨询后决定生下孩子独自抚养，却将载着一岁多的女儿的车开进了河里，当时被传为自杀。女儿被丸光园收养，因恨母亲带着自己自杀而不肯原谅母亲。后因同为丸光园儿童的水原芹劝说，得知真相：母亲死时体重仅30公斤，当时的自己却有15公斤；车落水时，窗户打开着；房间里除了奶粉，一无所有……她日后成为原水芹的经纪人。
33年前没有写给浪矢爷爷的重要的第三封信。一直坚持一个人独守杂货店的爷爷，有一天突然要求去儿子浪矢贵之家居住，并马上关闭杂货店。儿子困惑，直到看到那则刊登在报纸上的川边绿携女儿坠河身亡的新闻，浪矢爷爷担心自己的回答给咨询者造成了困惑，才突然决定关店。并要求儿子在自己死后33周年忌日——2013年9月13日的凌晨至24时，复活一天，接受那些曾接复浪矢爷爷咨询过人的反馈信。浪矢贵之早早离世，未能完成与父亲的约定。他的孙子浪矢骏吾在网上发布33周年纪念日咨询复活通告。
很多人得知消息赶来写信。和久浩介得知自己半途逃走后，父母为保护他制造全家沉船现场，双双离世。但仍然决定感谢浪矢雄治先生；川边绿的女儿以“绿河的女儿”的笔名也写信致谢浪矢杂货店。三个小偷赶在9月13日24时前塞了一封装着一张白纸的信投进杂货店投递口，想做测试，不想在后门的牛奶箱竟也收到了来自33年前浪矢爷爷的回信：“你的地图是一张白纸，所以即使想决定目的地也不知道路在哪里。地图是一张白纸，这当然很伤脑筋，任何人都会不知所措。可是换个角度来看，正因为是一张白纸，才可以随心所欲地描绘地图。一切全在你自己。对你来说，一切都是自由的，在你面前是无限的可能。这可是很棒的事啊。我衷心祈祷你可以相信自己，无悔地燃烧自己的人生。”三个小偷就此改过，重新做人。
一个杂货店，一部时光机，穿越33年时光，编织起一个个有着烦恼的普通人的感人故事。
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