清末刺马案是一大奇案，时任两江总督的马新贻在回署衙的路上被张汶祥所刺杀，作为朝廷的一方大员，在身边有军士警卫的情况下刺杀成功也是令人很意外的。
关于此案，《清史稿》的记载，“九年七月，新贻赴署西偏箭道阅射，事毕步还署。甫及门，有张汶祥者突出，伪若陈状，抽刀击新贻，伤胁，次日卒。”也就说张汶祥是假装要告状，才有机会靠近马新贻并刺杀好成功。至于张汶祥为何要杀马新贻，当时朝廷官方给出的理由是，“汶祥尝从粤匪，复通海盗。新贻抚浙江，捕杀南田海盗，其党多被戮，妻为人所略“这个就个张汶祥定性了，对于晚清朝廷来说，他之前是太平军的遗留的叛逆，现如今是海盗，马新贻在上任两江总督后打压海盗，其同伙多被其所杀，妻子还被抢了，所以怀恨在心，实施了刺杀马新贻的计划。
不过如果真相这么简单，此案就不会被称为奇案了，后世大多认为此案是清廷和湘军集团的一次政治博弈，刺马案扑朔迷离，朝廷当时派人调查，来调查的都玩暧昧，搅浑水，越调查，越离奇。据说慈禧太后在朝堂上阴阳怪气的问曾国藩，“此事甚奇啊”？老曾跪在哪就回了一句“嗯！臣也觉得此事甚奇”。慈禧也无奈啊，当时两江总督成了湘军集团的禁脔，曾国藩走，也该用其他湘系人代替，结果朝廷用马新贻来搅局，慈禧是犯了众怒。以后的两江总督，左宗棠，刘坤一，曾国荃，沈葆桢，张之洞，个个都与湘军有关。张之洞虽不是湘军直系，但他是湘军元老胡林翼的得意门生，盘根错节，复杂异常。从这个细节来看，两江总督已然是朝廷不可染指的了，马新贻的死说和湘军无关谁信呢？
正所谓兔死狗烹，太平军一被剿灭，湘军也非常危险，湘军掌控两江之地，慈溪岂能不防，岂能不反而化之，不过左宗棠，胡林翼，彭玉霖，这些人都是湘系，曾左齐名，都各有自己的班底，不受曾国藩节制，镇压太平天国时可以合作，如果曾国藩反清自立，他们是不会追随的，况且曾国藩以忠孝立身，平时标榜的就是忠君，如果他反叛，立身之本扔掉了，何以号召天下？另外，清朝当时还没有到穷途末路，不是一推就倒。曾国藩在和他的杨姓幕僚探讨形势时也看到了这些。所以不是曾国藩没有觊觎之心，而是大势没到，条件不具备而已！
但是曾国藩久在江南，苏、皖、赣各省大小官员均为曾的部下、门生、故旧，湘军驻防三省各地，而这三省的赋税收入占了清廷年收入的三分之一。这样一股庞大的地方势力，已成尾大不掉之势，清皇室已对此颇为忌惮，所以朝廷急需减弱湘军集团的势力，马新贻也就是在这个时候被安排在了两江总督这个烫屁股的位置上。
马新贻很有可能就是慈禧派来暗地里调查湘军集团贪污行为的，在某些地方触碰到了湘军集团的神经，于是乎就被灭口了，慈禧也是太心急了，当初打仗时朝廷不出钱粮，任由湘军自行解决。好了仗打完了，又要根根计较要查湘军所获财物去向，还秘密派出马来暗查，自然触动到湘军的核心利益。所以那怕慈禧派十个马来查都会牲命不保。故慈禧只能草草收场，不敢再查下去了。
其实在剿灭太平天国后，曾国藩主动裁军，换来的是清政府与汉人精英阶层达成了权力分配的默契，但是之后慈禧试图反悔拿回更多权力，所以派马试探性的整顿湘军势力，结果被一巴掌直接呼脸上，只好被迫退回之前的默契。所以说刺马案最有可能的策划者和实施者就是曾国荃，曾国藩最初可能不知道这件事，但是刺马案发生后他可能第一时间就想到了自己的弟弟，或者在刺马案发生前曾国荃就已经把计划告知了曾国藩。马新贻作为慈禧手中的关键一把利刃，扎到曾国藩集团的手心上（湘军和太平军作战主在江浙皖，湘军根据地也主在此处），曾国藩集团没有反应肯定不合常理，曾国藩作为湘军集团的老大，即便没有主谋，他肯定也是预先知道这件事。
刺马案最大的影响就是，汉族地方大员明白了朝廷的软弱，由此为以后的东南互保埋下伏笔，以至于清朝结束的时候，地方基本没有大反应。因为刺马案没有很好的政治解决，为清廷的下一步执政树立了先例，极大的削弱的了皇权。
按当时的情形，曾国藩确实不敢犯上作乱，湘系淮系内部并不团结一致，如果朝廷再坚持施压，湘系顶不住压力或许还真会交出一个够级别的替罪者，即能保湘朝廷威信，又能打压湘系，应该能为后期延续统治注入一些力量。但慈禧最终牺牲马新怡，让各地官民看到了朝廷的软弱，无论如何，太平天国运动以后，清廷逐步失去对中层汉族士大夫的控制，庚子之变时，李鸿章等人的东南互保，预示着清廷完全失去了控住，清亡已经只是时间问题了。
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