洪武元年（至正二十八年，1368年）正月，朱元璋稱帝建明。到八月，徐達大軍攻入大都，明朝的北伐以勝利而告終，自此，元朝滅亡。不過，蒙古人的帝國並未就此終結，就在徐達攻入元朝上都前夕，元順帝攜帶家眷和大量北元官僚逃亡到上都，繼續元室的統治，史稱北元。
北元雖然偏安一隅，疆土遠不及元朝，但是它卻是蒙古族歷史上經濟、文化快速發展的時期。對於明朝統治者來說，北元是他們的眼中釘、肉中刺，誓要將它覆滅不可。從朱元璋到朱棣，明朝曾多次北伐，進攻北元。可是，明朝始終沒有徹底將北元勢力剷除，這個由蒙古人創造的北方帝國，伴隨了整個明朝的歷史。
退守北漠，中原盡失
徐達將軍率軍攻佔大都前夕，元順帝攜帶家眷，逃亡上都。元朝滅亡了，但對於元順帝來說，他並非沒有南下反攻的機會。這時的蒙古人，除了元惠宗坐鎮的蒙古故地以外，還有擴廓帖木兒佔領的山西、甘肅，納哈出佔領的遼東，把匝剌瓦爾密管轄的雲南。而且，北元與高麗、畏兀兒等勢力仍保持著聯繫。所以說，北元手中還有著一份不可小覷的力量。
可是，北元面對的是從戰火中建立起來的大明，是身經百戰的朱元璋、徐達和常遇春等人。至正二十八年（1368年）冬，元惠宗命大將擴廓帖木兒從山西出兵奪回大都，但還在行軍途中，朱元璋就洞悉元軍意圖，他命徐達率軍突襲太原。元軍回救，損失慘重，山西被明收復。次年，上都被明軍攻破，元軍一萬將士被俘，元惠宗退往應昌。
即使這樣，蒙古人還是心心念念著黃金家族遼闊的疆土，他們不捨土地和財富，不斷南侵，試圖奪取政權。明朝深受其害，為了剷除禍患，十五萬明軍於宣光元年（1371年）兵分三路，出擊漠北。然而這場北伐明軍卻沒有佔得便宜，馮勝率領的西路軍和徐達率領的中路軍都失敗了，只有李文忠率領的東路軍取得勝利。
此戰給北元贏得了喘息的機會，朱元璋也不敢輕舉妄動，他轉變思路，設置衛所，招降北元的諸王將士。這個政策起到了很好的作用，北元諸將士紛紛歸附明朝，反對明朝的勢力被大大削弱。
從北方稍微騰出手以後，朱元璋向雲南出手了，他命傅友德、藍玉、沐英等人率軍進攻雲南。不久，雲南平定。平定完雲南以後，朱元璋又讓藍玉等人進攻遼東。見明軍來勢洶洶，納哈出率部投降，遼東盡屬明有。
皇權旁落，內鬥不止：
收復遼東以後，明朝將北元和高麗等地的聯繫切斷。朱元璋抓住機會，發動了捕魚兒海之役。這一戰以後，黃金家族喪失了在蒙古人中的中央汗國地位，蒙古各部落紛紛獨立，北元陷入內亂。這期間，有兩支蒙古勢力崛起，他們分別是韃靼和瓦剌。
在明成祖和仁宣之治時期，不論是韃靼還是瓦剌，都不敢拂逆明朝。可是到明英宗統治時期，統治了蒙古東部的也先以明朝拒絕貿易為由，率部進攻明朝。土木堡之戰中，也先擊潰明軍，生俘了御駕親征的明英宗朱祁鎮。三個月後，也先捲土重來，率部進攻北京。于謙等人堅守北京，擊退了也先，這才避免了亡國之禍。
也先回到瓦剌以後，與傀儡大汗脫脫不花發生爭執。也先發兵攻打脫脫不花，並下令，“凡故元頭目苗裔無不見殺。”在將黃金後裔大量屠戮以後，也先自稱“天聖大可汗”，建號“添元”。也先利用軍事和外交手段，“乘勝迫脅諸蕃，東及建州、兀良哈，西及赤斤蒙古、哈密”，自此，瓦剌勢力達到鼎盛。（《明史》）
然而，也先的舉動也招致了許多人的不滿。最終，也先被人暗殺身亡，他死後，瓦剌逐漸衰微，後分為其長子博羅納哈勒統領的杜爾伯特部和次子阿失帖木兒統領的準噶爾部兩部分。
當然，對於黃金家族來說，也先和瓦剌人都是外來者，成吉思汗的後裔才是北元的正統。但是，當也先死時，成吉思汗的子嗣們卻忙於內鬥，他們爭權奪利，一直到達延汗上位，北元才實現短暫的中興。
然而，正當蒙古人有了喘息的機會時，先前被他們征服的女真人，卻悄然崛起。努爾哈赤和皇太極不斷對式微的蒙古帝國用兵，許多察哈爾部的勢力紛紛投奔後金。
1632年4月，皇太極率軍西進，庫圖克圖汗只能狼狽西逃。兩年以後，這位想要重現元朝輝煌的大汗，在孤獨和無奈當中死去。他死後的次年，多爾袞再次率軍西征，孛兒只斤·額爾孔果洛額哲獻出傳國玉璽。至此，大蒙古國的汗位斷絕，北元徹底覆滅，蒙古帝國走向終結。
《明史》
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