青黴素族的阿莫西林，大環內酯類的四環素、克拉黴素，喹諾酮類左氧氟沙星、莫西沙星等抗生素，都被證明可以用於根除幽門螺桿菌。
枸櫞酸鉍鉀除了是一種胃粘膜保護藥，還可以殺滅幽門螺桿菌。不過鉍是重金屬製劑，它在體內有蓄積，蓄積後會對腎功能有損傷，因此，腎功能不全的病人一定要慎重，小孩和年老體弱的患者也不能用。
以奧美拉唑為代表的質子泵抑制劑等抑制胃酸分泌的藥物，可以降低胃部酸度，變得不適合幽門螺桿菌生長。
要徹底根除幽門螺桿菌，目前推薦含鉍劑的四聯療法，按時連續口服10-14天為一療程。一個療程結束以後，要停掉所有藥物至少一個月以後再複查呼氣實驗，或者做胃鏡的檢測，幽門螺桿菌是陰性，才能夠確定它已經根除。
不過，目前根除率只有80%左右。這可能跟我國抗生素濫用，幽門螺桿菌的耐藥有一定關係；患者每天要吃好幾種藥，連續十多天，不少病人難以堅持，也是難治的原因。
此外，對於不少兒童患者，抗生素聯用的治療方式對於身體的作用往往是弊大於利，過早給兒童使用抗生素，可能會造成抗生素的耐藥性，對未來的健康不利。如果有持續感染的兒童，專家會建議到孩子長到16歲~18歲之後再檢查和治療。
因此，我們需要在未感染時就應對幽門螺桿菌充分重視起來，預防其各方面感染，減少其傳播的可能性。
日常生活中注意以下幾點，減少幽門螺桿菌的傳播。
飯前便後要洗手；
生冷食品要洗乾淨才能吃；
集體用餐時最好用分餐制，給人夾菜用公筷；
家有幽門螺桿菌感染患者，要給他準備專門的碗筷；
成人不要用嘴去觸碰嬰兒的奶瓶、勺子，更不要嚼碎了東西喂孩子。
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